二次革命的失败，基本终结了自民国成立起始的一段短暂的西式政党民主政治实验期，北洋系军阀从此独掌北京政府，袁世凯则以其军事强人地位成为北京政府的主宰。他一方面下令在全国悬赏缉捕革命派领导人，在各地搜捕及残杀参与革命的主干力量，“构党狱以残异己，布鹰犬以钳舆论”，革命党人“或以莫须有之事而被捕，或以一二字之微而见杀”，造成一派政治肃杀气氛，以利于其个人专制统治；另一方面论功行赏，先后任命自己的亲信张勋为江苏都督（后易为冯国璋），倪嗣冲为安徽都督，李纯为江西都督，刘冠雄为福建都督，汤芗铭为湖南都督，龙济光为广东都督，全面控制了南方各省。袁世凯曾对张勋有言：“两年来，我非驴非马，忍人所不能忍，受人所不堪受”，表示出他对革命派的极度怨恨。而在镇压了二次革命之后，袁世凯总算有了出头的感觉，可以此一展其个人之“宏图大业”了。他随即开始着手组建新的内阁班底，对各派政治力量分而治之；并筹划选举正式大总统，以使自己早日摆脱《中华民国临时约法》制度框架与临时大总统地位，获得名正言顺的执政名分及资源。
自宋案证据被公开后，国务总理赵秉钧即以生病为由请假，以躲避舆论责难及法律处分，国务总理一职由袁世凯手下的头号军事大将、陆军部长段祺瑞暂代。但国务总理对外毕竟是政府代表，考虑到文官治政的传统，也考虑到不予外界军人当政之责难，袁世凯仍在寻求他中意的文官主政。他本属意其多年老友徐世昌，但因为国会议员的反对而不成，其后，他在1913年7月31日推出进步党人、曾任唐绍仪内阁财政总长的熊希龄组阁，一则因进步党为其镇压国民党的政治盟友，以此任命而酬劳他们的贡献，以利他们继续为其所用；二则可以利用熊希龄的名流身份说话，对外显示其重视人才，以利其政治拉拢。
时在热河都统任上的熊希龄受任组阁，一时使进步党人颇为兴奋，认为是实现他们的从政夙愿与政治主张之良机，自视甚高的进步党领袖梁启超甚至主动表示愿入阁任财政总长。可是，袁世凯提名熊希龄组阁，非有爱于进步党，无非是利用进步党为自己做事而已，故袁在提名熊组阁的同时，已经为他圈好了主要各部总长的名单，全部由其属意的北洋系人马担任，而财政总长一职也早就留给了周自齐，只有所谓“闲曹”——如农商、司法和教育总长，可由熊希龄自己提名人选。袁世凯此举无异给进步党人不切实际的政治幻想兜头浇了一瓢冷水。虽然熊希龄一再为梁启超力争，但袁世凯始终不松口，直到最后才给熊一点面子，同意他自兼财政总长，改任周自齐为交通总长。熊又提名进步党人梁启超为司法总长，汪大燮为教育总长，著名实业家张謇为农商总长，经国会通过后，9月11日熊希龄内阁正式告成，并被当时舆论称为“第一流人才内阁”。熊希龄也颇为此自负，自诩“此次拟选择有经验之国务员，与总统府划清权限，勉成责任内阁人员，当不顾利害，积极负责任”。梁启超是熊阁的政治谋士，自诩“大政方针本出自予一人之手”，自认可以借此一展身手。他为熊阁起草了《政府大政方针宣言》，以“破坏之时告终，建设之时方始”为出发点，提出各项施政方针。其主要者为：外交方面，“开诚布公以敦睦谊”，“审时相机以结悬案”；内政方面，重点整顿财政，严控预算，量入为出，修正税制，增加收入；建设方面，保护并奖励国内工商业，对外资实行开放，“谋自立以渐进于富强”；政治方面，实行军民分治，取消行省制，改行道、县制；“整饬纪纲，齐肃民俗”，“以孔教为风化之本”，“养成法治国家”。就熊希龄内阁的施政方针本身而言，体现出进步党人当政后希图有所作为的一面，果能实行，对改革弊政、发展经济、实行资本主义或不无益处。但进步党人的施政方针，多数停留在纸面上，因为他们没有实力推行这样的方针，政府的真正权力并不在他们手里，其下属各部门和地方各省份的要文公电均直呈总统府，而不报国务院。与革命党人在民初力图实现的民主政治理想相比较，进步党人希望实现的政治理想或许在本质上与革命党人的距离并不如外间表现得那样大，如对责任内阁制，两党的主张与实践颇有相通处。说到底，他们不过是从不同的立场，以不同的方式，表现出各自对民主政治的理解和追求。这大概也是后来他们能够携手发起反袁称帝的护国运动的政治基础。但不幸的是，他们在民初却未见及于此，而是互为针锋相对、有时甚至是势不两立的政治对手。进步党人在相当程度上充当了袁世凯消灭革命派的政治盟友，结果被老谋深算的袁世凯玩弄于股掌之上，不久之后也就“狡兔死，走狗烹”了。
拉拢进步党是袁世凯政治手腕的一部分，而分化国民党则是袁世凯政治手腕的另一部分。在二次革命前，袁世凯分化国民党的目的是削弱国民党的力量，瓦解国民党的反抗；而在二次革命后，袁世凯这样做的目的则主要是为了拉选票，因为国民党毕竟是国会中第一大党，袁要名正言顺地出任正式大总统，还需要国民党议员选票的助力。这就形成了二次革命之后十分怪异的政治现象。作为袁世凯的政治对手，一方面国民党领导人在被通缉和追捕，另一方面多数国民党议员却安坐于北京国会之中，照常出席议事，发表政治见解。不过这只能再次说明袁世凯政治手段之老辣高深与国民党人政治上之浅见短视。
二次革命前，在袁世凯的分化下，国民党内已经分裂出若干政治小团体，如由孙毓筠、王芝祥等主持的国事维持会，由刘揆一领导的相友会，由刘公负责的癸丑同志会，由景耀月等发起的政友会等。这些小团体的成立宗旨无不打着“维持时局”、“调和党见”、“不偏不倚”等旗号，实则削弱了国民党的实力与团结，对袁世凯更为有利（据称袁对政友会议员每人月付津贴200元）。二次革命爆发后，以参议院议长张继为代表的国民党激进派议员多数南下参加讨袁，但以吴景濂、张耀曾、谷钟秀等为代表的多数稳健派议员和少数激进派议员仍滞留于北京。此时，袁世凯一面以国民党议员支持“内乱”为名，下令逮捕冯自由、居正、褚辅成等人，杀害了伍持汉、徐秀钧等人，对国民党示以警告；另一面又对国民党议员诱以如宣布与讨袁阵营脱离关系，“政府自当照常保护”。结果，留京国民党议员决定遵袁令办理，将黄兴、李烈钧等讨袁领导人从国民党除名，从而得以继续苟且于北京政治，参加国会和制宪、选举等活动，为袁世凯当政抬了最后一次轿子。
在镇压了二次革命、组建了新内阁、分化了国民党之后，袁世凯关注的头等大事就是选举正式大总统，因为只有由“临时”变为“正式”，袁世凯才能心安，才能名正言顺地实行其个人专制统治。此时，袁世凯手握军权与实力，基本得到了列强的支持，而且国内没有政治对手，有产阶级与舆论均倾向于他，在竞争大总统职务方面，可谓无人与之争锋。但袁世凯仍不放心，因为此前国民党议员主张先制定宪法，后选举总统，理由是总统的地位和权力源于宪法，只有先定宪法才能赋予总统以合法权力，符合法治的精神。他们的主张得到了部分进步党人的支持，因此国会两院于6月底通过制定宪法案，并在1913年7月12日成立了宪法起草委员会，以天坛祈年殿为开会场所，开始议定宪草（通称“天坛宪草”）。先制宪不仅将拉长袁世凯的正式大总统梦，而且也不利于袁以正式大总统身份控制制宪，以扩大宪法中的总统权力，所以当国会决议先制宪、后选举，袁世凯即重袭故技，发动拥袁议员、地方都督连续电致国会，要求先选总统、后定宪法，以“定人心，固国本”。此等所谓舆论反映的是袁世凯的意图，而进步党本为袁之政治盟友（此时国会两院议长均为进步党人），不能另持己见，改而同意先选举、后制宪，而国民党在二次革命失败后政治地位一落千丈，国民党籍议员实为在袁世凯手下讨饭吃，自然也不能抗拒。9月5日和8日，国会两院先后以多数票通过了先选举、后制宪案。但袁世凯还担心再有差池，索性指使其心腹梁士诒拉拢一批人，在9月7日组成完全听命于他的御用党——公民党，宣言“以国家权力实行政治统一，增进人民福利为宗旨”；然其实际则以“辅助政府”为号召，提出“正式总统未选，种种态度，不堪言状”，故以促成早日选举正式大总统为依归。
由于袁世凯的强力推动，选举正式大总统的步伐不断加快。1913年9月19日，宪法起草委员会完成《总统选举法》的起草，10月4日经国会讨论通过。而袁世凯已经实在等不及了，选举法刚刚通过，即决定于10月6日进行总统选举。正式出面竞选的候选人只有袁世凯一人，故其当选看上去似无疑问，但袁世凯要求的是万无一失，因此在选举当天，下令派出大批军警“保卫”国会，另组织不少便衣军警，以“公民团”名义包围国会，使国会议员入场后不能退出，以确保自己得到选举多数票。根据《总统选举法》的规定：大总统由国会议员以无记名投票方式选出，必须有议员总数2/3参加投票，以总票数的3/4决定当选人；如经两轮投票还无人当选，则以第二轮投票中的两位领先者进行决选，并以过半数票者为当选。据统计，选举当天到会议员为759人，3/4多数票为570票。投票结果，第一轮袁世凯得471票，黎元洪得154票，孙中山、伍廷芳等也有得票。因无人得到法定当选票数，故进入第二轮投票，参加投票者为745人，结果袁世凯得497票，黎元洪得162票，袁离当选所需的570票仍有相当差距。袁世凯在占尽优势的情况下，通过两轮选举仍不能顺利当选，可见他事先的担心和布置并非过虑，而他胁迫议员投票的种种行径也加剧了议员的不满，使部分议员出于义愤而不愿投他的票。第二轮投票过后，时已过午，议员饥肠辘辘，但因公民团把持国会进出通道，议员欲外出就餐而不能。有些公民团员还公然放话称：“今天不选出我们中意的大总统，就休想出院！”至此，袁世凯以暴力胁迫议员投票选举其出任总统之举昭然若揭，但议员被困在国会中，无论是积极反抗还是消极反抗均难以进行，只好又勉强进行第三轮投票，袁世凯终以507票的相对多数当选正式大总统（黎元洪得179票）。此时天已见晚，月上树梢，虽然国会选举场中灯火通明，但国会外的街市多已黯淡无光，于此种情境下完成之总统选举，倒也颇为形象地反映出此次选举之过程与袁世凯之心境。总统选出后，10月7日国会又进行副总统选举，结果黎元洪在719票中以610票的绝对多数当选。
1913年10月10日，中华民国正式大总统就职典礼在前清皇帝登极大典之举办地——太和殿举行。袁世凯在就职誓词中称：余誓以至诚，谨守宪法，执行中华民国大总统之职务。在就职宣言中，袁自奉“向持稳健主义”，“应时势之所宜，合人群而进化”；谦称将以“成败利钝不敢知，劳逸毁誉不敢计”的态度任职；虔诚声明：“余一日在职，必一日负责！顾中华民国者，四万万人之中华民国也。兄弟睦，则家之肥，全国之人同心同德，则国必兴。”无论袁世凯此时说的是什么，后来的历史事实已经证明他所言不过是虚应故事。或许他选择在象征意味甚浓的太和殿就职的事实本身，就说明了他的政治态度。此时袁世凯的心中所念，更多的恐怕不是民主与共和，而是专制与独裁。
通过所谓“民选”当上了正式大总统的袁世凯，志得意满，自忖已经得到“奉天承运”之授权，没有必要再与国会虚与委蛇了，他以废弃国会民主、实现个人专制为最终目标，对国会步步进逼，首先是在制宪问题上向国会发难。
袁世凯中意的政治体制，以总统权力扩大至无限为最佳。所以，袁世凯通过其御用的宪法研究会（杨度为会长）提交国会宪法起草委员会的“宪法大纲草案”，明文规定大总统得不经议会同意而任命国务员，并有解散众议院之权。如照此办理，以总统权为代表的行政权自趋扩大，而以国会权为代表的立法权自趋萎缩，所谓西式民主政治三权分立的原则即在纸面上亦不复存在，故此为不少国会议员所反对。宪法起草委员会议定的宪法草案仍以维持西式民主三权分立为基本精神。袁世凯对此十分不满，他就任正式总统还不到一周，便在10月16日向国会提出“增修约法案”，企图索性绕过宪法体制，另起炉灶，彻底解决总统权限问题。他提出，《中华民国临时约法》关于大总统职权的规定限制太多，“若再适用于正式总统，则其困难将益甚”，故需要“增修约法”，主要内容是大总统无须经过国会同意即可制定官制官规、任命文武官吏、宣战媾和及缔结条约，同时以一副悲天悯人的口气谓：“我国民喁喁望治之殷，且各挟其生命财产之重，以求保障于藐躬。本大总统一人一身之受束缚于约法，直不啻胥吾四万万同胞之生命财产之重，同受束缚于约法。本大总统无状尸位，以至今日，万万不敢再搏维持约法之虚名，致我国民哀哀无告者，且身受施行约法之实祸。”袁世凯所提增修约法案的本质，与其早先提出的宪法大纲草案同一，均在于扩大总统权，缩小甚至取消国会权。
对于袁世凯提出的扩大总统权的增修约法案，国民党议员的反对自为当然，即便是拥袁的部分进步党议员，也认为总统权的无限扩大将威胁国会的地位，表示了消极抵制的态度，而且与部分国民党议员联合组成民宪党，“以贯彻民主精神，励行立宪政治为旨归”；“有撼摇吾民主国体者，必竭全力以维持之保护之”；“政府而逸出宪政常轨也，吾党认之为公敌”。他们继续进行在原有框架内的制宪工作，此时“解散国会之风声已传播”，宪法起草委员会“不得不以最短之时间”，加速制宪进程，于10月31日完成《中华民国宪法（草案）》（又称“天坛宪草”）11章113条的起草工作，并经三读通过提交宪法会议。“天坛宪草”基本上仍坚持了责任内阁制的精神，如国务总理的任命须经众议院通过，内阁对众议院负责，大总统发布命令须经国务员副署等；同时对总统权有所扩大，如总统可以停止国会会议，可以经参议院2/3同意解散众议院，可以不经国会同意任命部长，可以在时机紧急不能召集国会时发布教令，但须经国会委员会议决并在七日内由国会追认。“天坛宪草”表现出国民党和部分进步党人仍力图通过法制途径，限制袁世凯的个人专断，维持共和国的基本政治体制，但他们的努力在袁世凯的强力压迫下终告无效，“天坛宪草”最终也只能以草案形式留名于民国制宪史。
宪法起草委员会拒绝政府派员出席及加速起草宪法之举，公开违抗袁世凯之意旨，为袁所极度不满，被他痛责为“削大总统及政府之威信，使对内对外均无以保其独立之精神，而为国会之役使，夫何足以当国民之委任之重寄，而维持国家之安全？且一经成立，永无提议改正之希望。前途危险，不可思议。”因为宪法起草委员会以国民党及前国民党委员为最多（起草委员60人中，国民党8人，进步党7人，政友会9人，共和党6人，大中党6人，公民党7人，民宪党16人，无党派1人），袁因此归之于“国民党人破坏者多，始则托名政党，为虎作伥，危害国家，颠覆政府，事实俱在，无可讳言。此次宪法起草委员会，该党议员居其多数，阅其所拟宪法草案，妨害国家者甚多。”声言：“本大总统受托付之重，坚持保国救民之宗旨，确见及此等违背共和政体之宪法，影响于国家治乱兴亡者极大，何敢缄默而不言。”果然，袁世凯即以此为由对国民党下手了。11月4日，他下令解散国民党，同时取消国民党籍国会议员的资格，理由是查获了“暴乱”首领李烈钧与国民党议员徐秀钧的往来密电，表明“此次内战，该国民党本部与该国民党议员潜相构煽”，“乱国残民，于斯为极”。
袁世凯解散国民党并开除国民党籍国会议员之举实际具有双重目的，其一为消除对其统治的潜在威胁，因为尽管国民党议员已经表示“守法”，与孙中山、黄兴等脱离关系，但他们毕竟与袁在政治上有相当的差异，他们在守法的同时仍将对袁的统治构成威胁，制宪之争即为例证；其二为一劳永逸地消除国会制度对其统治的现实阻碍，因为袁世凯早对国会制度对其个人专断之碍手碍脚非常不满，亟思废弃，而国民党为国会第一大党，开除了国民党议员之后，国会将因不足法定人数而无法开会，其作用当消失于无形。于此可知，袁世凯宣布开除国民党议员之后，在具体执行时之所以不仅收缴国民党议员的证书，而且还一并追缴所有前属国民党籍但已宣布脱离者的议员证书，自有其深意所在。最终被追缴证书的议员多达438人，超过国会议员总数870人之半，使国会因不足法定开会人数，只能自然停会。11月12日，袁世凯又下令取消各省议会国民党籍议员的资格，省级议会自此亦多因不足法定人数而无法集会，从中央到地方的各级议会活动全部停摆。
袁世凯通过取消国民党籍议员资格而使国会因不足法定人数无法开会，充分暴露出他借此废弃国会制度的用心，对此即便是拥袁的进步党议员亦无从为其辩护。他们向政府提出质问：“追缴证书徽章，直以命令取消议员，细按约法，大总统无此特权。不识政府毅然出此，根据何种法律？”“政府确为惩治内乱嫌疑耶，则应检查证据，分别提交法院审判，不得以概括办法，良莠不分，致令国会人数不足，使不蒙解散之名，而受解散之实也。”熊希龄不敢违抗袁之意旨，居然答复质问说：“大总统于危急存亡之秋，为拯溺救焚之计，是非心迹，昭然天壤。事关国家治乱，何能执常例以相绳！”确实，袁世凯在当上正式大总统后，已不再需要国会这块“民主”的“常例”招牌，他废弃国会之心已定，对外界的批评、质问根本不予置理，而决定组织政治会议，摆出一副在政治体制方面另起炉灶的架势。
根据袁世凯所发命令，政治会议在中央由总统派出8人，总理派出2人，每部派出1人；在地方由每省派出2人，蒙、藏地方各派8人，共计80人组成；任务是“集众思，广忠益”，讨论根本大计。政治会议的组成人员全由指派，实际参加者不是袁世凯多年之老下属（如杨士琦、梁敦彦、杨度），就是前清旧官僚（如李经羲、樊增祥、宝熙等），自然可为袁世凯控制，所谓“咨询”意见当然也就出自袁世凯之夹袋中。1913年12月15日政治会议开幕，袁世凯指定前清云贵总督李经羲为议长，张国淦为副议长。在开幕致辞中，袁世凯将民国成立后之状况论为“内政遂呈一极不稳固之现象”，“紊乱何堪设想”，发出了“犹欲侈谈共和者，真不啻痴人说梦”之“高论”。他攻击革命派“成则把持大权，牺牲人民，败则席卷公款，逍遥海外”，而人民被其“煽动”，“误认”平等、自由、共和之名与实；表白自己是不惜牺牲“一己之身命财产，以保护全国人民之生命财产”。因此为“巩固政府，整饬内政而伸张国力”，则当“务以国情社习为准，勿徒高谈学理”。袁世凯心目中的所谓“国情社习”，自然就是中国不适合议会民主，而需要个人专断，因此他向政治会议提交的请求咨询案，无非是其早在计划中的废弃国会、增修约法等案。政治会议是袁世凯的御用机构，作出的决议当然不会有违袁之意愿。1914年1月9日，政治会议上呈袁世凯，以国会“非政治良轨”，请其停止国会议员职务。有了政治会议的“民意”表示，袁世凯遂于次日以国会“悉为挟持党见者所**，几酿成暴民专制之局”为由，下令对残留国会议员停职并解散国会；2月3日以“良莠不齐”为由，下令停办地方各级自治会；28日以“牵涉内乱嫌疑”、“办事鲜有成效”为由，下令解散各省省议会。此前，中央和各省议会已因不足法定人数而实际停止活动，但议会和议员的名分还在，名义上的议会制度还在，而此次袁世凯的议会解散令发布后，经过全国大选而成立还不到一年的各级议会全部被解散，议会制度即在法律上也不复存在，袁世凯的行为也再没有任何民意机构之约束，他完全可以在政治上为所欲为了。
熊希龄内阁成立之初，是进步党在政治上最得意的时期，袁世凯要拉拢他们，国民党也要迁就他们。但随着时局的变化，进步党对袁世凯的利用价值渐失，袁对熊颐指气使，不假词色，熊对袁则是来文照办，从无异议。根据《中华民国临时约法》的规定，国会解散令需要总理的副署，熊希龄当然不敢违抗袁之意旨，乖乖地在解散令上签了字，但他在为国会送终的同时，也在为自己的政治生命送终。附署国会解散令实为进步党人为袁世凯在政治上所做的最后贡献，此后他们对袁世凯完全失去了利用价值，被其遗弃并不在意料之外。在袁世凯的操纵下，其下属首先鼓噪内阁制不合国情，要求赋予总统无限权能，同时又以接济饷项要求压迫熊希龄。熊知在此情况下无法再干，只好向袁世凯递交辞呈，而袁在一番虚情慰留后，于1914年2月12日准其辞职，任命孙宝琦暂代总理，进步党阁员梁启超、汪大燮其后也辞职离任。从此以后，内阁即为北洋派一家所把持。
当选正式总统、镇压国民党、消灭国会、独占政府，袁世凯迈向个人专制统治之路程已顺利走完大半，还余下最后一个障碍就是《中华民国临时约法》。还在国会解散前，袁已向其提出增修约法案，但因国会的抵制未有下文。国会解散后，政治会议循袁之意，提出增修约法“毫无疑义”，建议“特设造法机关，以改造民国国家之根本法”，并于1914年1月24日通过《约法会议组织条例草案》。26日，袁世凯据此公布《约法会议组织条例》，规定设立约法会议，专事修改约法之工作；议员名额共计60人，其中每省2人，京师4人，蒙、藏、青海地方8人，全国商会联合会4人。议员虽由选举产生，但候选人全由政府也就是袁世凯提名，要求具备下列资格之一：（1）曾任或现任高等官吏5年以上而确有成绩者，（2）在国内或外国专门以上学校习法律政治之学三年以上毕业或曾由举人以上出身习法律政治之学而确有心得者，（3）硕学通儒富于专门著述而确有实用者。选举人的门槛也甚高，须具备以下资格之一方得参加：（1）曾任或现任高等官吏而通达治术者，（2）曾由举人以上出身而夙著闻望者，（3）在高等专门以上学校三年毕业而研精科学者，（4）有万元以上之财产而热心公益者。符合以上条件的选举人数量本身已很少，再加上其中不少人不愿参加这样的政治游戏，故实际参选者的人数更少。以如此少的参选者，再由政府严密监视进行所谓“选举”，最后当选者57人基本上为袁世凯所控制自为意料之中。
1914年3月18日，约法会议开幕。前同盟会员、后改投袁世凯之孙毓筠出任议长，北京政府法制局局长施愚出任副议长，袁世凯的法制秘书王式通任秘书长，可以直接向会议传达袁之意旨。根据袁世凯向会议提出的“修改约法大纲七条”，修改意见集中在消除“多头政治之弊”，主要是增修后的约法应取消《中华民国临时约法》规定之大总统制定官制、任命官员及缔结条约须经议会同意的条文，增加大总统的紧急命令及处分权，限制立法机关的权限，增设咨询机关，规定不由国会而由专门机构制定宪法。约法会议之组成是清一色的袁党或闲曹，对袁的提议不再有反对的声音，因此由施愚领衔起草的《中华民国约法》很快得以完成通过，5月1日由袁世凯公布实行，《中华民国临时约法》同时被废除。
《中华民国约法》（又简称为《约法》）共16章68条，开篇即规定：“中华民国由中华人民组织之”，“中华民国之主权本于国民之全体”，人民享有身体、居住、财产、言论、结社、出版、集会、请愿、选举等项权利，此虽与《中华民国临时约法》之规定基本相同，但却被加上了“于法律范围内”或“依法律所定”的限定条件，从而在实际上限制了这些权利的实行。此项《约法》在政治体制方面最大的特点，是将《中华民国临时约法》的责任内阁制改成总统制，明文规定“大总统为国之元首，总揽统治权”；“行政以大总统为首长，置国务卿一人赞襄之”。不仅如此，《约法》对总统权几乎未设限制。根据其规定，大总统有权召集立法院，并经参政院同意，得解散立法院；可以不经立法院同意，制定官制官规，任命国务员，缔结条约，宣战媾和，发布紧急命令及紧急财政处分，等等。《约法》美其名曰为“大总统对国民之全体负责任”，而所谓“国民之全体”却无法通过任何代表机关追究大总统的责任，所谓“负责”当然也就成了袁世凯的自说自话。《约法》规定成立的参政院，为“应大总统之咨询，审议重要政务”，并在立法院未成立前代行其职权。参政院名为“咨询”，却有权建议大总统不公布立法院通过的法律，并可以审定宪法，其成员基本出自大总统之提名，如此总统夹袋中的机构，又可为本已无限制的总统权再加一重保险。即便如此，袁世凯仍不放心，又在《约法》中对制定宪法和成立立法院的有关条文予以重重限制。关于宪法的制定，《约法》规定由参政院推举委员组成起草委员会，宪法草案须经参政院审定，再由大总统提交国民会议决定后公布，国民会议则由大总统召集、解散。经此层层限制，确保即便制定了宪法也不会拂逆袁之意旨。关于立法院的成立及权限，《约法》规定，立法院由各省选举之议员组成，名额为275人，职权为议决法律及预算，答复大总统的咨询，收受人民请愿等。但立法院议决的法律须受参政院的再审议，并可被大总统以具有重大“危害”或“障碍”为由而不公布，故其权限实际上十分有限。《约法》规定立法院对大总统有弹劾权，即当大总统有谋叛行为时，得以议员总数4/5以上出席，3/4以上通过，向大理院提出弹劾。但妙就妙在《约法》又规定大理院对弹劾案的审判程序以法律定之，而法律的公布与否又是由大总统决定的，这实际意味着大总统对于弹劾程序的启动具有主动权，从而在实际上几乎使弹劾案成为不可能。
总体而言，《中华民国约法》以中央集权为主旨，限制普遍民权，扩大行政权，压抑立法权，而在行政权中又将总统权扩大到极至，使总统拥有了几乎不受限制的权力。此项约法的通过实行，使袁世凯必欲获得之无限制的总统权获得法理认可，他也因此可以名正言顺地“假总统政治之名，而行独裁政治之实”。而辛亥革命留下的最主要的政治遗产、也是对袁世凯实行个人专制的法理约束依据——《中华民国临时约法》被正式废弃，当年袁世凯信誓旦旦遵守《中华民国临时约法》之誓言早被他抛到了爪洼国中。至此，两年多以前轰轰烈烈而起之辛亥革命，除了留下一个共和国的空壳之外，在政治层面几乎已经找不到什么印记了，而那些曾经领导过这场革命的领袖们，此时正以被“通缉”的身份，暂时羁留海外，反思着其间的经验教训。
历史上的一切独裁者都倾心于无限扩大自己的权力，并希望这样的权力永久为自己所有，袁世凯也不例外。他对赋予其几乎无限权力的《约法》仍不满足，《约法》通过后又在总统任期和继承问题上动脑筋，企望使自己可以在大总统位置上无限期坐下去，甚而传之于自己的后人。在袁世凯当选正式大总统之前，被他后来废弃的国会曾制定过《总统选举法》，规定大总统由国会选举，任期5年，可连选连任一次。本来，根据此项规定，袁世凯至少可以担任10年的总统，修改总统任期问题并非急务。但袁却并不以此为然，有了《约法》赋予总统的无限权力，袁当然不愿将这样的权力留给哪怕还只是在遥远未来的纸面上的竞争者，他企图尽快解决总统任期问题，以安己心。袁既有此心，当然不缺抬轿子的，也不用担心其意见不能通过。果然，1914年8月，参政院提议修改《总统选举法》，随后约法会议开始讨论此议，12月28日通过了修改后的《大总统选举法》。此法规定，大总统任期10年，可无限期连选连任，从而使袁世凯得当终身总统；大总统选举会由参政院参政50人和立法院议员50人组成，但在大选年参政院如认为政治上有必要时，得以2/3以上同意，决定大总统连任，说明袁世凯干脆连选举的形式过场都懒得走了。此法最妙之规定是，大总统继任者由现任大总统推荐3人，书于嘉禾金简，钤盖国玺，于大总统府特设金匮石室密藏之，金匮钥匙由大总统掌管，石室钥匙由大总统、参政院院长及国务卿分别掌管，非奉大总统令不得开启；当选举大总统之日，由现任大总统开启后，将所提名单交由选举会选举。约法会议讨论修改总统选举法时谓之“宜注重共和之精神”，然此“共和”非彼“共和”，此共和非民主选举而乃系“唐虞时代揖让之风”，也就是将共和制下民国总统之选举赋予帝制时代帝王传承之意义。以此法之规定，则不仅袁世凯可成终身总统，而且他还可以将总统之位传之子孙，只要他在藏于“金匮石室”的提名名单上写下他的三个儿子甚或一个儿子的姓名即可。这部选举法可称世界各共和国选举法中之奇观，其间表现的已毫无民主精神，而只有封建气息，大概也只有经历了数千年帝制统治的中国，可以有投袁所好的投机者搞出这样一部不伦不类的总统选举法。不过历史是严酷而公正的，对袁世凯而言，总统确是“终身”，只不过是一任未满的“终身”而已。
《约法》公布、总统选举法修改后，民国政治体制内即再无对袁世凯权力的约束规定，袁之权势大涨，可谓不是帝王胜似帝王。一直醉心于帝王气派的袁世凯开始了对国家政治体制的一系列“创新”改革，以此实践其个人专制统治。
在中央立法机构方面，根据约法会议制定的《立法院组织法》和《立法院议员选举法》（1914年10月27日由袁世凯公布），对立法院的选举人和被选举人都有十分苛刻的资格限制，如有勋劳于国家者，任高等官吏满1年以上者，硕学通儒，有商工实业资本1万元以上者，有1万元以上不动产者，八旗王公世职世爵，高等专门以上学校3年以上毕业者或任教员二年以上者等。以如此条件组成的立法院，权力有限，又有参政院的牵制，势将成为小众政治游戏的场所而非大众民主政治机构。但即便是如此从组成到权限都有严格限制的“民意机构”，终袁世凯统治之世，始终没有成立，而且所有与选举相关的机构都不复存在，于此亦可知袁世凯作为个人独裁者对民意与民主的极端抵触与反对。大总统的咨询机构——参政院于1914年6月20日成立（政治会议至此结束），出任参政的资格为：有勋劳于国家者、有法律政治之专门学识者、有行政之经验者、硕学通儒有经世著述者、富于实业之学识经验者。参政院由副总统黎元洪兼院长，汪大燮任副院长，参政70人概由袁圈定，主要由前清官僚、现任官吏以及需要安置的一些进步党人组成。由于立法院一直未成立，由参政院代行立法院职能，故其开会次数甚多，虽为闲曹实却忙碌，只不过这种忙碌是为袁世凯制造“民意”的抬轿子式的忙碌。
在中央行政机构方面，《约法》公布的当天，1914年5月1日，袁世凯下令撤销国务院，成立政事堂，由国务卿负责，承大总统之命赞襄政务。国务卿实为总统的幕僚长，只对总统负责，袁世凯大权独揽。担任国务卿的徐世昌为袁世凯多年的老下属，一向忠诚于袁，更无与袁争权之意，袁对徐做事也颇为放心，以徐“为其最满意之人”。徐对袁之忠诚与袁对徐之信任，使北京政府内部的政治关系较前平稳，也更有利于袁之个人专制。徐世昌之下，政事堂设左右丞以“赞助国务卿，与闻政务”，左丞为杨士琦，右丞为钱能训。各部直隶大总统，为政务之执行机构。袁世凯又“本九品官人之法”，于7月28日发布《文官官秩令》，将文官分为上、中、少卿，上、中、少大夫，上、中、下士三等九秩，分别对应特任、委任、荐任级官吏。
在中央军事机构方面，《约法》规定，“大总统为陆海军大元帅，统帅全国陆海军”。1914年6月，袁世凯下令成立“陆海军大元帅统率办事处”，作为总统领导下的最高军事机关，成员由参谋总长、陆军总长、海军总长及其他特派之高级军官组成，参谋总长王士珍负责其日常事务。另于7月设将军府，位置解职赋闲之高级军官，以段祺瑞为建威上将军兼管将军府事务。统率办事处的权力并不限于军事，也在一定程度上参与中央及地方重要事务的决策，同时负责编练模范军，其中又以开办以训练军官为主的模范团为编练模范军之基础。模范团一期由袁世凯兼团长，自二期开始由袁之长子袁克定任团长。袁克定本与军事毫无瓜葛，居然出任训练军事精英的模范团首脑，于此透露出袁世凯不信任外人、准备传子，而透过模范团培养其接班基本班底之信息。
在地方行政机构方面，为避免地方权力过大及省长民选对其统治的威胁，袁世凯于1912年10月决定在地方行政机构采用省、道、县三级制，在省与县间加设道，废除原有的府、州、厅制，开始改道试行工作。二次革命被镇压后，地方行政机构改革再度被提上议事日程，1914年5月23日，袁世凯公布省、道、县官制，实行地方行政机构改革。根据此项改革，省下设道，道下再辖县，成为三级行政体制。地方行政官吏的设置为，省设巡按使，道设道尹，县设知事；巡按使管辖省级民政及巡防警备，监督省级财政及司法行政，由中央政府任命，实行军民分治，都督不得兼巡按使；道尹亦由中央政府任命，职权较为广泛，并可呈请任免县知事；县知事综理县务，其任命分考试与保荐，考试资格为曾任、简任或荐任官职满三年以上者及在国内外专门以上学校学习法律、政治、经济学三年以上并有文凭者。据统计，1914年的3次考试共录取1921人，保荐免试300余人，但全国县数不过2000有余，非有县官出缺不能递补，因此被录取者往往不能及时分发补缺，所谓录取也不过名义而已。
在地方军事机构方面，各省原有都督（省级）、都统（边疆省区，如热河、绥远、察哈尔）、护军使（内地省区如贵州，或重要地区如江北）、镇守使（军事要地，如徐州）等名义，前两者的数目是固定的，后两者的数目则各省不一。1914年6月30日，袁世凯下令裁撤各省都督，改设将军名衔，赋闲者加“威”字，在职者加“武”字，有特殊功勋者加“上将军”，如昭威将军蔡锷，泰武将军靳云鹏，宣武上将军冯国璋等；原有各省都督有实际带兵责任者改称“督理军务”，承大总统之命并受陆军部和参谋部监察，如督理湖北军务段芝贵等。袁世凯实行地方行政和军事机构改革的目的，在于以设道缩小省级行政长官管辖的范围及权力；以军民分治虚化都督权力，不使带兵长官与地方行政权力结合，避免形成古时藩镇坐大局面，威胁其个人专制及家传部署。但实际情况非如袁之设计。晚清以来，地方长官权力的扩张已成不易之事实，兵为将有，将以兵贵，军权高涨，民权退缩，有势者问鼎中央，无势者退保地方，辛亥革命并未改变这样的局面，袁世凯当政走的就是这条路，他的下属自然也是照猫画虎、心仪于此。因此，所谓“都督”与“督理”之差别，不过易名而已，毫不妨碍督理仍然在其辖区内呼风唤雨，占山为王。即便是久经乱世之枭雄袁世凯，对此也是心知肚明，莫可奈何，逼之过甚，且有“逼反”之虑。故“都督”之名易为“督理”后不久，袁又有令谓，“所有督理军务各将军，略与原设都督职权相类”，表示出他对现实的让步。
二次革命被镇压后，袁世凯出任正式大总统，革命派暂时已不能对袁世凯构成威胁。其后袁世凯又通过改组政府、解散国会、制定约法等一系列动作，废弃了辛亥革命留下的政治遗产，完成了北洋军阀对中央和地方政权的全面控制。此后，袁世凯又在中央和地方军政制度方面进行了一系列“创新”改革，意图是加强其个人对政治的掌控，为其个人专制甚而世袭家传准备更充分的条件。袁世凯的系列改革不仅毫无民主共和风范，相反却散发出浓重的陈腐封建气息，明显表现出向帝制复归的意图。结果，在袁世凯当政下，满朝文武大员多为前清旧人，机构与官名亦处处陈腐习气。如时论所谓，此“乃承急激的革新之后，而生出大反动，故其所制定者，乃复古之政制”；“往者南京政府时代，以旧为戒，事惟求新；今则以新为戒，事惟复古”。但是，已经握有重权的袁世凯仍不以此为满足，当了临时大总统还要当正式大总统，当了正式大总统还要当终身大总统，当了终身大总统还要复行帝制，总之，非将全部国家权力转移到其个人手中并传之世代不能罢手。当袁世凯的行政改革接近完成之际，也就是他复行帝制呼之欲出之时。