第二次直奉战争虽因冯玉祥的倒戈而以直系失败而告终，但整场战争实际并未产生出一个确定的赢家。北京政变后，中央政府暂时落入冯玉祥的掌控之中。冯玉祥最初采取暂时维持现状的办法，企图“挟天子以令诸侯”，借曹锟来压服吴佩孚和直系各督。但吴佩孚于10月25日通电声明曹锟所下停战等命令为冯玉祥所“捏造”，并宣称奉曹总统密谕，“便宜行事，贯彻戡乱”，仍借曹锟的名义号令直系各方。直系长江各督相继通电讨冯。冯玉祥乃转而决定请段祺瑞出山，以便借重段的名望促成山东郑士琦和山西阎锡山出兵阻截直系援军北上。10月26日，冯玉祥发表通电，拥段祺瑞为国民军大元帅。10月30日，张作霖与奉军各将领亦联名通电拥段为反直联军统帅。数年蛰居天津的皖系首领段祺瑞顿时成为收拾北方时局的核心人物。

10月31日，在冯玉祥的操纵下，曹锟任命黄郛代理国务总理，组织内阁。11月2日，曹锟被迫通电辞总统职。黄郛于11月5日以代理国务总理摄行总统职务。国务院摄政制度源自1913年10月的《中华民国大总统选举法》所规定的当大总统与副总统同时出缺时，由国务院摄行其职务。北洋时期，内阁摄政计有六次，此前于1923年6月黎元洪总统被逐时，由内阁阁员高凌霨等宣布摄政。黄郛的摄政内阁为第二次。

摄政内阁是正式政府成立前的过渡政权。黄郛内阁的摄政时间甚短，至11月24日“临时执政政府”成立后结束。在此期间，冯玉祥做了一件大事，即驱逐清废帝溥仪出宫，然后由摄政内阁通过《修正清室优待条例》，规定“大清宣统帝从即日起永远废除皇帝尊号，与中华民国国民在法律上享有同等一切权利”，清室“即日移出宫禁”。

冯玉祥想通过黄郛内阁操纵中央政府，奉系张作霖自然不愿冯玉祥独自操纵的黄郛内阁长期存在下去。直系军队败退后，奉军大举入关。奉军与冯玉祥的国民军在争夺地盘和收编吴佩孚的败兵等问题上互不相让，冲突随时有可能发生。而此时国民军的力量远逊于奉军。冯玉祥为了不使中央政权落入张作霖之手，同时也为了缓解政变之后来自国内外各方的压力，乃积极联络段祺瑞、孙中山等各派名流，请他们出面共同主持大局。张作霖虽具有较强实力，但毕竟一介武夫，缺乏政治号召力，不足以取曹锟而自代。张作霖与段祺瑞的历史关系甚深远，张氏父子和奉军一般高级将领对段都很尊敬，把段看做是北洋元老中最有希望的人，故对冯玉祥拥段出山亦表示赞同。

段祺瑞自1920年直皖战争失败后一直蛰居天津，早有东山再起之心。冯玉祥、张作霖既争相“拥戴”他，他乃乘时而出。段祺瑞复出，南方直系各督亦表示欢迎。因为齐燮元、孙传芳、萧耀南等直系将领不愿见中央政权落入冯、张之手，而宁愿让没有军事实力的段祺瑞上台。段祺瑞是北洋老前辈，拥他上台，对直系将领而言尚不为耻，吴佩孚也不便反对。

各方在北京政变之后都表示拥段的政治立场，正是当时任何一方均没有能力取代曹、吴独掌中央政权和继续武力统一政策的写照。所谓“非段莫属”的表态，在很大程度上是各方在相持不下的僵持局面下的一种应变手段。奉军将领何柱国分析说：“段以北洋元老的资格，对于北洋军阀，无论哪一个，虽然都吸不住，却都罩得下。”在这种情况下，段祺瑞自然成了收拾北方时局的最合适人选。

冯玉祥在通电拥段为国民军大元帅后，于11月初多次电邀孙中山北上主持大计，并派马伯援持冯的亲笔信南下迎孙。冯玉祥与孙中山及其国民党人早有接触和联络。冯玉祥调任陆军检阅使后，徐谦等一批国民党人与冯玉祥时相往还，企图说服冯玉祥参加国民党，在北京发动“中央革命”。孙中山甚至亲笔手书《建国大纲》赠冯阅读。但从这个时期冯玉祥的日记可以看出冯对孙中山领导的革命尚缺乏真正了解，且信心不足。直至北京政变发动前夕，孙中山和一些国民党要人对冯玉祥能否参加革命也没有把握。政变发生后，孙中山在黄埔军校发表演说称：“这回北京事变没有发生以前的五六个月，便有几位同志从北京来许多信，催我先到天津去等候，说不久他们便可在北京发起中央革命。筹划这回事变的人数很少，真是本党同志的不上十个人。他们的见解，以为本党革命二十多年，总是不成功……推究此中原因，就是由于从前革命，都是在各省，效力很小，要在首都革命，那个效力才大。所以他们在二三年前，便在北京宣传主义，布置一切……到江浙战事发生之后，他们又来催促，要我赶快放弃广东，到天津去等，说首都革命，很有把握，发动的时期，就在目前。这个时期，是千载一时的机会，万不可失。如果就广东的计划，由韶关进兵，先得江西，再取武汉，然后才想方法去定北京，那是很迂缓、很艰难的；假若放弃广东，一直到天津去发动一个中央革命，成功是很迅速、很容易的。”但孙中山当时不大以为然。当事变真正发生后，孙中山又有几分失望，因为他看到中央政权仍在官僚军人之手，“对于本党表同情的，只有几个师长旅长，普通士兵都是莫明其妙”。于是他断言北京政变“毫不能算是中央革命”，“毫没有中央革命的希望”。尽管如此，孙中山还是决定进京，因为他认为“经过这次事变之后，可信北京首都之地，的确是有军队来欢迎革命主义的。从今以后，只要有人在北京筹划中央革命，一定可以望天天进步。”除了广东之外，“北京也可以做革命的策源地”。正是基于这样的考虑，孙中山决定北上，“借这个机会，可以做宣传的工夫”。

就冯玉祥而言，他深知自己的政治声望和军事实力都难以独当一面，且其倒戈行为有悖北洋体系的传统行事准则，在操守上颇遭谴责，“社会上谅之者甚少”。故他想将各派头面人物纠合在一起，组织一个委员制的中央政权。故他在通电拥段之后不久，又电邀孙中山北上会商国是。孙中山并非冯玉祥所邀请和推戴的唯一人物。孙中山对此亦了然于胸。孙中山虽然致电冯玉祥表示择日北上，但仍迟迟其行，意在静观时局的变化。

北京政变发生后20天，即11月13日，孙中山才由广州起程北上。从他起程前所发表的演说来看，他对北京政变的看法有所改变，起初以为北京政变“毫不能算是中央革命”，而是时他又认为北京政变是“中央革命的头一步”。他说：“他们（指冯玉祥）这次能够发动中央革命，便可证明革命在北京已经有了力量，这次虽然没有彻底成功，但可相信革命在北京有可以运动的余地，北京可以作革命的好地盘。”“这次北京的变动，不过是中央革命的头一步；头一步通了，再走第二步、第三步，中央革命一定是可以大告成功的。”“我信这次到北京去可以自由行动，能够在北京自由活动去宣传主义，组织团体，扩充党务，我想极快只要半年便可以达到实行三民主义、五权宪法的主张，极慢也不过是要两年的工夫便可以成功。所以我这回为革命前途计，便不能不到北京去筹备。”这表明孙中山对北上和在北京进行“中央革命”抱持乐观的看法。但孙中山强调他北上的目的主要不是争权位，而是宣传主义，扩大国民党的政治影响。

孙中山在北上前后，多次发表宣言。对外宣言与对内演说的内容有所不同。如他在11月10日发表的北上宣言和19日在上海对全沪新闻记者的谈话，都强调北上有两个目的：一是召集国民会议，一是废除不平等条约。前者是针对军阀的，后者是针对帝国主义的。

中国共产党对孙中山北上，最初表示反对。蔡和森在《向导》周刊上公开著文说：“中山先生肯亲身去参加他们所号召的和平会议或委员制的政府吗？那么不仅是要上帝国主义与军阀的当，而且无疑是宣告自己是与军阀及帝国主义的工具处于同等地位。所以在原则上与策略上，中山先生不仅要在消极方面拒绝参加，而且要在积极方面号召人民起来反抗帝国主义宰制中国的阴谋，根本否定帝国主义的工具——祸国殃民应受国民裁判之军阀有召集会议冒称解决国是之权限。”蔡还断言：“中山先生现在若上午进京，我可断定他在革命上的信用，下午就要破产，然后，再尝一次广州七总裁的味道，结果不仅是终遭军阀排斥，而且要被帝国主义玩弄奚落，迫到苦笑不能的时候下台。”但11月以后，中共改变了态度。11月1日，中共中央发出第21号通告，指示“中局政策略有变更，现在我们对于孙中山北上参加北方和会，并不根本反对，然我们当警告中山在和会中本着国民党的党纲政纲及北伐宣言所说，揭破帝国主义在和会中勾结宰制中国的阴谋。”中共政策变更的原因，当与共产国际的指示有关，因为鲍罗廷与加拉罕均极力主张孙中山北上。

国民党此时在北方，除了得到一批青年学生和少数大学教授的拥护外，尚无多大影响。北方军阀武人中，除冯玉祥较早与国民党人接近外，大都不把国民党放在眼里，对于没有多大军事实力的孙中山仍然以空发议论的“大炮”相看，没有真正与他合作的意思。但因联合反直的历史关系，未便骤然置之不理，所以当冯玉祥电邀孙中山北上时，段祺瑞、张作霖辈也致电表示欢迎之意。

但未等孙中山启行北上，冯、段、张三人已于11月10日会晤天津。同日，直系各督联名自南京发表通电，请段祺瑞主政，加强了段的地位。13日，齐燮元在南京召集苏、浙、皖、赣、闽、鄂、豫、陕八省及海军联防会议，组织八省同盟，并由齐燮元、萧耀南、孙传芳等联名通电，声言因中央政府中断，对北京摄政内阁所发命令概不承认。冯玉祥与张作霖为了共同对付长江流域各省直系势力的挑战，觉得有即行解决中央政权的必要。

推倒曹锟贿选政权后，各方多主张废弃法统，重新创造，但对于新政府的组织形式问题，各方意见不一。国民党在北方的人士主张采用合议的委员制，以取代独裁的总统制。舆论亦不乏主张委员制者。第二次直奉战争后，国人普遍厌弃武力统一主义，以为借强有力人物解决国是的办法已经不再适用；实行委员制，则庶政合议，无专断偏重之弊，且可趁此废除总统，以免将来再演贿选、武力统一种种谬误。一时间，采用委员制的空气十分浓厚。但委员制具体如何实行，各方想法参差：有的主张以孙中山、段祺瑞、张作霖、冯玉祥为骨干，再加入几个名流，联合组织；有的设想每个省区各举一人为委员，组织委员会，由委员会中互选一人为委员长，行使总统职权；还有的建议中央设置5至7名行政委员，政务处理采取合议制，委员不必兼领部务，其地位犹如唐代的同平章事、明代的内阁，或清代的军机。其时政界、学界名流如唐绍仪、章太炎等均主张实行委员制。素来标榜“自治”的南方实力派如云南的唐继尧、湖南的赵恒惕、广东的陈炯明等，此时亦趁机响应委员制和复倡联省制的主张。

冯玉祥最初赞成委员制，但在11月10日开始举行的天津会议上，因段祺瑞与张作霖均不赞成委员制，冯亦未再坚持。张作霖提出，在新政府产生之前，暂组临时执政政府；执政政府不设国务总理，而由临时执政召集国务会议，并推段祺瑞为临时执政。冯表示同意，并于11月15日与张作霖、卢永祥、胡景翼、孙岳等联名通电，公推段祺瑞为中华民国“临时执政”。“执政”的含义，一方面表示废除了崇高的大总统，另一方面表示不是委员制。“执政”之前冠以“临时”，又标示其过渡性和非正式特征。

11月24日，段祺瑞宣布就任中华民国“临时执政”。即日还公布了一个简单的《临时政府制》六条，规定临时执政总揽军民政务，统帅海陆军，对外代表中华民国；临时执政设置国务员赞襄临时执政处理国务；临时执政命国务员分掌外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育、农商、交通各部；临时执政召集国务员开国务会议。这些条文意味着临时执政兼有总统、内阁和国会之多重权力，其集权程度实为民国以来所罕见。

不过，对自身缺乏军事实力的段祺瑞而言，置身冯玉祥、张作霖两大势力夹缝之间，形式上大权独揽，实际上难施展布。段祺瑞的处境与曹锟有所不同。曹锟执政时，其权力基础寄托在直系实力派吴佩孚身上。吴佩孚在直系内部虽然相当专横，但对“老帅”曹锟却存有几分“愚忠”，每逢关键时刻，“他就毫不犹豫地执行曹锟将军的命令并尊重他的权威”。而段祺瑞自身早已丧失皖系鼎盛时期所具有的军事政治基础，而“拥戴”他的各方都没有吴佩孚对待曹锟那样的“臣属”心态。尽管段祺瑞不甘受人支配，实际却摆脱不了政治傀儡的尴尬地位。