政权的移转，必须得到国内实力派与国际列强的承认，才能具有“合法性”基础。段氏既获国内各方之“拥戴”，临时政府在国内被承认已不成问题。但列强方面，初时颇有几分紧急，后经日本从中斡旋，段氏又声明“外崇国信”，尊重条约，各国使节方于11月28日分班入贺，作非正式承认的表示，继于12月9日向外交部表示承认临时政府。
段祺瑞在北洋军阀中虽然要算资格最老的人物，但仅有资格而无实力。拥戴者主要是尊其资格，希望他作“虚君”式的“共主”。而段氏又不甘于此。在自身无实力可恃的情况下，段氏乃致力于“和平统一”。善后会议的召开，即是一次“和平统一”的尝试。
善后会议主张的提出，实际上是段祺瑞对孙中山召开国民会议主张的回应。孙中山北上之际，提出两项政治主张，一是召开国民会议，一是废除不平等条约。段祺瑞为取得外国列强的承认，对后者自不可能认同，而对前者，段氏觉得有大可运用的空间。段祺瑞在11月21日宣告入京就职时，声称要在1个月内召集善后会议，3个月内召集国民代表会议，表示与孙中山的主张相一致。当时新闻舆论认为，段氏所提出的“制定国宪，促成省宪，改革军制，屯垦实边，整理财政，发展教育，振兴实业，开拓交通，救济民生”等政治口号，均是历来新上台人物所能言者，惟“两会”主张不无新意，足堪注意。其实段祺瑞的“两会”主旨与孙中山的国民会议主张大有出入。
孙、段主张的分歧点集中在两个方面：一是会议的名目，是召开“善后会议”，还是召开“国民会议预备会议”；二是参加会议的主体，是以“实力派”为主，还是以“人民团体”代表为主。
依段祺瑞的设想，善后会议可兼顾解决直奉战后的时局纠纷和国民代表会议的组织筹备两项职能，而国民党方面认为，没有召开善后会议的必要，直接召开“国民会议预备会议”即可。在会议的人员构成上，段祺瑞主张由各方实力派参与，所拟定的《善后会议条例》规定会员资格如下：“一、有大勋劳于国家者；二、此次讨伐贿选制止内乱各军最高首领；三、各省区及蒙藏青海军民长官；四、有特殊之资望学术经验，由临时执政聘请或派充者，但不得逾三十人。”而国民党方面则主张国民会议预备会议应由现代实业团体、商会、教育会、大学、各省学生联合会、工会、农会、反对曹吴各军及政党等九个方面代表组成。
国民党与段政府之间的分歧，实际各有其利益考量。对段氏而言，他此时的身份只是“临时执政”而非正式总统。他在就职通电中虽申言“（善后）会议完成之日，即祺瑞卸责之时”，其实际思虑则是如何名正言顺地登上总统宝座。国民党方面，虽内部意见不一，但亦有不少人期望孙中山北上“握大政权”。孙中山本人则表示说：“其实我并没有想到握大政权，就是他们要我办，我也是不能答应的。”但这并不表明孙中山完全没有出任总统的意图。他即使淡泊个人名利，也不能不为国民党的利益及革命前途着想。不过孙中山十分清楚，此时“国民党力量尚未足”，在这种情况下，如何在未来全国性政权上为国民党争得先机，不能不讲求政治谋略。国民党自改组以来，在联俄容共的推动下，注重民众宣传和民众动员工作，党的组织细胞开始渗透到一些民众团体中。如果国民会议代表以民众团体代表为主，国民党必然占据优势。而段祺瑞显然也看到了这一点。当时社会舆论亦有如下揣测：
段本自待不菲，安福系又欲大有为于将来，因中山在民众方面之势力不可侮，恐国民会议召集之日，即中山被推为总统而率其党员占领政治舞台之日，故殊不欲见国民会议之开幕……至于反侧（国民党方面），则亦有其计划。一则以段乃一军阀之领袖，在民众方面全无潜势力之可言。故国民会议之列席者资格愈泛，国民会议之任务愈重，则国民党在会议席上即可愈得势。而未来之组织政府者，亦除却国民党而莫属。
在不具备军事优势的情况下，国民党以其主义来邀结民心，扬长避短，无疑是一种明智之举。国民党与段政府主张的分歧，引起社会的广泛关注。当时社会舆论更多倾向孙中山和国民党一方。各地成立的国民会议促进会大多支持孙中山的主张。但是也有人注意到，国民党的主张虽然在很大程度上迎合民众的心理，也符合“主权在民”的政治理念，但却没有考虑到操作的可行性；认为在军阀未被彻底打倒之前，欲将实力派撇开，而以“人民团体”为主召开会议、解决国是，显然是不现实的。即使国民会议开成，其所形成的一纸决议，对军阀实力派亦毫不构成约束力。不如屈就现实，先召开以实力派为主的善后会议，让实力派之间达成妥协，更为实际可行。
值得注意的是，孙中山最初只是正面宣传自己的国民会议主张，并未对善后会议提出批评。段祺瑞于12月2日拟出《善后会议条例》草案后，曾数次派人赴天津征求孙中山的意见。但直至12月24日《善后会议条例》正式公布前夕，孙中山一直以抱病为辞，迄无任何明确表示，既不表示赞成，亦不表示反对。在此期间，孙还训令北京国民党人不得擅贴“打倒”段、奉等系人物的传单，认为若对于友军人物不能以诚恳之辞互相勉励，良非本党应取之态度。此时孙中山显然尚寄希望于段政府能对《善后会议条例》草案进行比较完满的修改。
《善后会议条例》公布后，孙中山才对新闻界坦言：善后会议实质是“善军阀官僚之后，非善民国之后”，表示继续坚持其国民会议预备会议的主张。但孙中山此时仍无意与段祺瑞决裂。此时孙中山因病滞留天津，外间传言孙中山不赴京，系因孙、段不能合作，甚至有孙将因此折返上海的传闻。为了消弭谣言，证明孙、段尚保持昔日关系，孙中山于12月31日力疾赴京。孙中山同时又声明本人“虽已入京，决不列席善后会议”。1925年1月3日、6日，在京的国民党中央委员开会，讨论对于善后会议的态度，因内部意见各殊，未能达成一致意见。“反对参加者以此会与真正民意无涉，吾党不宜参与；主张参加者以必须加入后方可防止其包办国民会议，且对各省军事财政为报告之性质，亦有益。”此时，一部分孙中山随从在国民党员中宣布两大原则：“绝对不妥协，又不决裂。”所谓“不决裂”，具体乃指“不与段作露骨之反对”。这两大原则可能即是孙中山本人心态的反映。
与孙中山的犹疑暧昧态度不同，中国共产党始终认为段祺瑞召集善后会议是军阀官僚愚弄国民的阴谋，如果得逞，中国政治必将倒退，因此对善后会议持极端反对的态度，并多次撰文敦促孙中山毅然发表反对善后会议的宣言。1925年1月中旬，《向导》第98期发表彭述之的署名文章，对孙中山公开提出批评。文章写道：段祺瑞公布善后会议条例后，“我们以为代表国民革命的领袖中山必然出来抗议，可是中山先生终未正式发表一言！然而我们还以为中山先生尚未进京，也许进京以后一齐发表，可是现在中山先生抵京又十日了，仍旧是噤若寒蝉！我们忍不住要问了，不知道中山先生的态度究竟如何？”
1月下旬，随着善后会议的开幕日期日趋临近，苏俄顾问鲍罗廷、加拉罕与中共中央决定改变策略，认为国民党与其站在会外消极抵制，不如积极参加进去，变善后会议会场为宣传国民党政治主张的讲坛。但孙中山及部分国民党人对中共的建议难以接受。孙中山表示“最好是抵制”。后经过反复思考后，认识到直接拒绝参加会议将对国民党不利，乃于1月17日致电段祺瑞，表示可以接受善后会议，但要求会议能兼纳人民团体代表。至于“兼纳”多少，国民党方面并未提出人数的比例。当时舆论认为这是孙中山对段政府的重大让步。
段祺瑞接电后，连日召开会议讨论。此时段政府内也有不同意见。一派以许世英为代表，主张调停，部分采纳孙中山的意见，将各省省级教育会、农会、商会等“法定团体”的会长吸纳入会，其他如工会、学生会等暂不纳入；另一派以林长民等人为代表，力持异议，认为这样做，会使加入善后会议的法定团体代表人数多达130余人，占全部与会代表之半，势必引起奉系张作霖的反对。21日，段政府再次开会，经过激烈争论后，最终采纳了许世英的折衷调和办法，认为“中山既有明白之表示，自不能不予以尊重；但中山之意见，固须尊重，而执政府之威信，亦必须保全”。29日，段祺瑞复电孙中山，正式表达了21日会议的意见。段在解释了不便修改条例、延缓会期的原因之后，允聘各省及特别行政区议会、教育会、总商会、省农会等四会会长以及京津沪汉四大商埠商会会长为善后会议“专门委员”。也就是说，段政府对孙中山提出的“九法团”打了一个对折，以“四法团”取而代之。应该说，段政府还是作出了一定让步，并非完全拒纳国民党的要求，在一定程度上拓宽了善后会议代表的社会基础。当时有舆论认为，此次会议的代表“较从前所有之会议扩大”，亦属实言。
接到段祺瑞的复电后，在京国民党要人开会讨论，一致认为段氏未完全容纳孙中山的主张，决定对善后会议予以抵制，通告要求所有国民党系的善后会议代表不得出席善后会议。但同时又议决“再力争加入人民代表”。2月1日，善后会议开幕，绝大多数国民党系会员自觉服从党的决议。3日，国民党中央执行委员会根据孙中山的意旨通电全国，解释国民党不能赞同善后会议的缘由。7日，在京国民党政治委员会再次开会讨论对善后会议的态度及应对执政府的方针，与会委员“大致对执政府仍主友谊的规劝，对善后会议认其无讨论国民会议组织法之权，同时促全国国民会议促进会从速自行召集，草定国民会议组织法大纲”。可见国民党至此仍未下定决心要与段政府决裂。“欲迎还拒”是当时大多数国民党人和孙中山的态度。
但段祺瑞方面实际无意容纳国民党的主张，自2月9日起召集法制院起草国民代表会议组织法，准备提交善后会议表决。至此，孙中山及其国民党人完全绝望。2月10日，国民党中央通电声明：国民会议组织法，不得由善后会议制定。反对由善后会议产生国民会议，同时正式号召人民团体自动制定国民会议组织法，以与善后会议相抗。该电的发表，可以视作孙中山公开反对善后会议的标志。自此，孙中山与段祺瑞在政治上彻底决裂了。
国民党中央虽然完全否定了善后会议，但后来仍有少数急欲接近北京政权的国民党人参加了会议。
在善后会议召开前夕，国民党与段政府之间在“江西地盘问题”上亦产生了分歧和矛盾。自段祺瑞入京主政后，对各实力派的防区和地盘分别作了划定：奉张控制天津并向津浦铁路沿线扩展，冯玉祥的国民军则控制京畿及京汉路沿线。孙中山作为反直三角同盟的一方，从广东挥师北上，意欲夺得江西。但当北伐军进入江西时，段政府却以“南军师出无名”为由致电孙中山制止，并任命素与国民党不睦的方本仁督办江西军务。孙中山对此极为不满，要求段政府任命李烈钧为江西省长，段未照允。江西地盘之争亦是导致国民党与段政府关系紧张并直接影响国民党对善后会议态度的一个重要原因。
尽管遭到国民党的抵制，善后会议仍照常举行。各方实力派虽对善后会议表示积极支持者少，但亦无人坚决反对。多数代表对会议之预期结果虽不无怀疑，但仍抱尝试而乐观其成的心理。到会议开幕前夕，各方所派代表或允派之代表达130余人。在会议拟聘会员名单中，段祺瑞最为看重，认为最不可少的有7人，即代表国民党的孙中山，代表奉系的张作霖，代表国民军的冯玉祥，代表西南联治派的唐继尧，代表旧直系的萧耀南，代表政学系的岑春煊和代表研究系的梁启超。这7人大概要算是此时中国最具实力或名望的人物。7人中，梁启超拒绝与会，乃因已宣布脱离政治，并非故意与段氏为难；唐继尧、岑春煊虽不主动，但允派代表参加；真正抵制不加入者主要是国民党方面。
段祺瑞最终不顾国民党的抵制而按其预定计划召开善后会议，表明此时国民党在全国的政治影响和发言地位还相对有限。国民党亦自知力量不足，故而对善后会议的抵制采取“欲迎还拒”的态度。表面观之，国民党未能成功制止段祺瑞的善后会议，似有所损。但我们可以推想，若果真段祺瑞接受了孙中山的主张，召开国民会议，亦未必有何实际结果，因为在各方军阀没有被推倒以前，和平统一只是一种幻想。其最终的出路，仍只有进行“打倒列强除军阀”的国民革命。事实上，国民党通过与段政府在善后会议问题上的斗争和较量，大大扩大了国民党在全国民众中的政治影响，这才是国民党的最大斩获。
善后会议自2月1日开幕后，中经休会、延会，至4月21日闭幕，历时两月有余。段政府想通过善后会议集中军权、财政于中央，以巩固临时政府的基础。而参加会议的各地方实力派则想通过善后会议谋求扩张本派系的利益。会议开始后，段祺瑞即以临时执政的身份向会议提交了包括《收束军事大纲案》《整理财政案》《国民代表会议条例》等议案。段知道这些议案将触动各省军阀的既得利益，乃仅定大纲，未提出具体办法，企图蒙混通过后，再自由确定办法。各实力派代表洞悉其谋，群起攻击，声称整理全国财政、军事，关系何等重大，而中央在事前不征询各代表的意见，表明中央对各省毫无诚意。
奉系自恃军事实力最强，在会议上亦最霸道。为了让段政府满足己派的要求，动辄以退会相要挟。奉系代表占有21席，如果退席，会议将不足法定人数。西南联治派的幕后人物为云南的唐继尧和湖南的赵恒惕。会上，西南联治派代表提出议案，要求改组临时政府，中央实行“合议制”，各省实行“联省自治制”，以保持其地方割据状态。他们与一些不满于段政府的名流政客如熊希龄、梁士诒等相串联，颇能左右会场，形成一股要求改组政府的强大声势。但奉系对此表示反对。由于各派系均以自我利益为中心，致使会议历时逾月，而段政府所提议案无一通过。奉系代表邴克庄在致张作霖的密电中如此形容段政府的窘态：“政府近来步骤颇形紊乱，遇一问题发生，元首则朝拒而夕纳，左右则甲是而乙非，欲赞助而苦无定向，欲解脱而又违初衷，既防南以谋我，又觉进退维艰。”
为了打开困局，段政府一方面宣布休会、延会，同时派人与各方实力派疏通，试图以地盘换取奉系的支持，并联合奉系共同扼制和搁置西南联治派提出的议案。对冯玉祥的国民军，答应以孙岳为河南省长，以岳维峻为河南军务督办。尽管如此，段政府有关整理军事、财政的两个大纲仍未能获得通过。当时社会舆论担心，“善后会议恐不能自善其后”。对段政府而言，如果所提议案不能通过，将大损政府威信。在这种情况下，段政府退而求其次，不管实际如何，首先得在形式上保全政府体面。著名报人邵飘萍在《京报》发表评论称：“时局不因善后会议而善后，然善后会议本身却因面子关系而有善后之必要。故延期以后之善后会议，非图时局之善后也，乃图会议之善后而已。若无面子关系，则一月期满，即宣告毫无结果而散会可也。今因毫无结果散会与面子大过不去，始不得已而出于延期。然则此二十日以后之成绩，至多为会议善后耳，与时局之善后又有何关系耶？”
经过与各方实力派协商，后者终于同意协助政府圆场：凡政府所视为在体面上必须议决而又无损各实力派利益的议案，如国民代表会议条例，同意修正议决；对有损各实力派既得利益的议案，如整理军事、财政两个大纲，名义上分别并入《军事整理委员会条例草案》和《财政整理委员会条例草案》内，实际则取消。
对段政府而言，为了撑住体面，不致陷入塌台的境地，只好委曲求全。段政府最后的底线竟是：议案的内容尽可让步，或改变面目，甚至无形取消，但议案在形式上必须通过。对各方实力派而言，只要会议的议决案对他们的行动自由不加约束，会上殊不必对段政府作拆台的举动。善后会议以“解决时局纠纷”为初衷，最后以敷衍圆场而结束，对时局的善后毫无裨益。
如果说，第二次直奉战争是北洋军阀内部最后一次“武力统一”之举的话，那么，善后会议则可视为南北各方最后一次“和平统一”的努力，但两者的结局均以失败而告终。