日军为配合太平洋战场作战的需要，为确保其占领区的“治安”，对华北、华中中国抗日根据地继续“扫**”、“蚕食”。1941年12月，中共中央发出指示：日寇目前从华北、华中抽兵南进，我军不要用主力与敌对峙，军事上粉碎敌人可能的“扫**”，收复敌人撤退的地区；对深入战区之据点，尽可能使其陷于孤立，自动撤去；对某些最必要的地方，可以个别地采取强攻收复手段，但不可采取大规模攻势，以免引起报复“扫**”。中共中央规定敌后抗日根据地的总方针，是长期坚持游击战争，准备将来反攻。假如敌人“扫**”，应坚决反抗；如不“扫**”，则除进行必要的游击战外，应休养兵力，恢复元气。
敌后中共根据地经过日军扫**、清乡的困难阶段后逐步恢复，并趁日军南进和发动“一号作战”，华北兵力空虚之机，进行局部反攻，扩大根据地。
太平洋战争爆发后，为牵制日军兵力被转用，为策应英美盟国作战，军事委员会虽然继续要求开展对日游击作战，但留置在敌后对日游击作战的国民政府军由于日军的扫**，加以国共军事摩擦，多数渐趋衰微，只有少数地区坚持到抗日战争胜利结束。
一 八路军华北敌后根据地的反“扫**”作战
1942年2月，日军华北方面军施行“治安肃正作战计划”，“重点放在以剿共为主的作战讨伐上”，首先针对冀东、冀中地区，然后是太行山北部中共根据地。5月初，日军对冀中根据地实施“五一大扫**”。日伪军5万余人对冀中中心区深（县）、武（强）、饶（阳）安（平）地带合围，反复合击。至6月上旬，日军占领了冀中根据地所有县城和重要集镇。冀中军区部分主力高度分散，配合民兵游击队就地坚持斗争，开展地道战、地雷战、麻雀战，灵活袭击日军。6月底，日军主力缩回主要城镇，反“扫**”作战基本结束。据载，此役歼敌1.1万余人，冀中部队减员1.6万余人（占总兵力46.8%），被杀被抓群众达5万余人，根据地大部被日军所占，异常困难。冀中部队主力被迫转移至冀鲁边、冀南等地区。
1942年4-9月，日军先后三次对冀南根据地进行“铁壁合围”。冀南军民艰苦作战，7-10月，连续战斗，根据地大致恢复。
1942年5月19日至6月17日，日军对太行、太岳区发动了两次大“扫**”，5月24日，日军对八路军总部驻地武乡县南关铺形成合围。第385旅（王维舟）第769九团掩护八路军总部机关突围。25日，八路军副参谋长左权镇静指挥。当他率领最后一批人员突围时，在辽县麻田地区英勇牺牲。6月9日，日军1.2万人“扫**”太行南部地区，将第129师一部合围于涉县西南地区。太岳、太行地区部队继续转移突围，避强击弱，打击日军，直至6月20日日军从太行南部地区撤退。6月10日，黎城、东阳关同时收复。
1942年春，日军对晋西北“扫**”1个月，5月中旬又进袭根据地领导机关所在地兴县。19-20日，晋西北部队在兴县田家会猛击日伪军。
1942年9月至1943年初，日军以“拉网合围”战法，向鲁中、胶东、鲁西、清河、冀鲁边根据地发动大规模“扫**”。八路军山东部队英勇抗击日军进攻，击退日军“扫**”，但根据地受到严重破坏，有些变为游击区，有的成为敌占区。
为抗击日军“扫**”、“蚕食”，1942年1月1日，中共中央华北局决定建立“武装工作队”（简称“武工队”），规定其任务为：开展宣传战，收复人心；开展群众工作，发展敌后秘密武装；开展敌伪军和伪组织下层工作；打击敌人，铲除汉奸。各根据地派出武工队到敌占区活动。晋察冀军区提出“到敌后之敌后去”的口号。1942年11月，第115师第2旅在滨海海陵地区发起反“蚕食”战役，开展政治攻势，6天内攻克敌伪据点16处，大批伪军投降反正。该部随后又攻克郯城。
经历了1941年、1942年日军的“扫**”、“蚕食”后，华北敌后抗日根据地大为缩小，遇到极大困难。中共中央北方局要求：巩固敌后抗日根据地，坚持游击战，“克服困难，积蓄力量，为反攻及战后做准备”。
1943年，八路军进一步派遣敌后武工队向敌占区展开政治、军事斗争，建立小型的隐蔽根据地，变敌占区为游击区，变游击区为根据地。太行、太岳、冀鲁豫地区通过上千支武工队的活动，根据地逐步恢复。冀南区恢复10个县的根据地。太行军区将平汉路西侧广大地区大部分恢复为游击区。1942年底，晋察冀军区平汉路西的武工队几乎对所有敌占区的县城和较大据点都发动过袭击，数日内俘获6000名伪军和伪组织成员。武工队将宣传品发至保定。保定市日军戒严3日，紧闭城门搜查。1943年，晋绥区共摧毁827个村“维持会”，在535个村恢复抗日政权，297个村“维持会”变为“两面政权”。绥南地区一支武工队，半年内由9人发展为一支600多人游击支队，建立了和林格尔县政权。山东军区武工队在1943年开辟7000多个村庄为游击区或根据地。鲁南铁道游击队活跃在枣庄至临城段的铁道线，破铁路，劫火车，炸桥梁，夺取军用物资，给日军很大威胁。
1943年，华北各敌后根据地加强民兵建设，民兵总数达600多万人，群众性的游击战广泛展开，到处袭击敌人。1943年上半年，晋西北民兵对同蒲铁路和一些公路发起8次破击战，割电话线，使日占区的通信中断。1943年1月，山东滨海区民兵和群众在临（沂）郯（城）公路进行4天的万人大破袭，将日占区的交通通信设施和岗楼碉堡毁坏殆尽。山西沁源民兵与决死一纵队所部，从1942年11月起组织起对沁源县城长达两年多的围困，至1945年3月，对城内日军发起最后围攻，日军被迫撤退。晋察冀、山东等根据地的地雷战炸得日军魂飞胆丧；冀中清苑著名的冉庄地道战，打得日军晕头转向；白洋淀水上雁翎队利用芦苇掩蔽，出没无常；山东沿海民兵在海上游击，捕获日军运送作战物资的船只，成为海上运输线的“暗礁”。人民战争大显神威。
1943年，日军继续对华北各抗日根据地进行扫**。山东地区，日军出动千人以上兵力的“扫**”46次，万人以上4次；晋察冀边区，对北岳“扫**”12次，冀东14次，冀中多达40余次。各根据地进行反“扫**”作战。5月6日，日军对太行山根据地中心区进行“梳篦式扫**”，企图消灭八路军总部和第129师主力。八路军总部先行转移。第129师主力转移至外线，与内线一部配合，加以太岳、冀南区军民对白晋和平汉铁路作破袭战，击退日伪军。9-11月，日军对华北各根据地又进行秋季大“扫**”。各区军民联合抗击。10-11月下旬，日军华北方面军司令官冈村宁次亲自指挥对太岳区“扫**”，采取“铁滚式”，分3层进行“扫**”。太岳区军民进行抗击。太岳区和晋察冀军区北岳区反“扫**”，击歼日伪军均甚众。日伪军于9-10月“扫**”晋西北五寨、岢岚、保德地区。晋绥军区阻击、伏击。10月5日，在兴县甄家庄围歼日军700余人、伪军100人。
八路军在华北根据地进行反“扫**”作战并挺进敌后之敌后，根据地逐渐恢复和扩大。至1943年末，北岳区建立5个县抗日政权；冀中区攻克、逼退敌据点，收复村庄多处；晋绥区拔除日伪军据点58个，收复村庄1000多个；晋冀鲁豫边区在边缘区建立许多小块游击根据地，收复大片根据地；山东军区拔除日伪据点，促使伪军溃散逃亡。1942年被迫转移至长城以北的冀东部队于1943年2月返回，恢复基本区作战，从7月起，经3个月作战，除蓟县外原基本区恢复。冀鲁豫边区于7月底至8月19日发起卫（河）南战役，歼滑县以南的伪军，收复被侵占区，新建3个县抗日政权。8月18-26日，太行、冀南军区发起林（县）南战役，开辟林县南及辉县北大片新区。在山东，11月15日，鲁南军区歼费县西南伪军刘桂堂部；19日，滨海军区瓦解伪军，攻克赣榆县城周围碉堡多座；12月上旬，鲁中军区进攻鲁山南及沂水西北之伪军吴化文部，攻克据点20余处。
二 华中敌后根据地新四军的反“清乡”斗争
新四军在华中的发展，对日伪的统治构成威胁。日军在华中进行“清乡”。汪精卫伪中央政府于1941年3月成立“清乡委员会”，汪亲任委员长。6-7月开始，日伪军对苏中、苏（州）常（州）太（仓）地区“清乡”，9月扩大至锡（无锡）澄（江阴）虞（常熟）。太平洋战争爆发后，日伪加紧“清乡”，对根据地人民的屠杀、掠夺更加残酷。1942年下半年，清乡从苏南扩展到浙江省和上海市郊，1943年扩展至江南镇江地区和苏中南通地区。新四军华中各抗日根据地展开了反清乡斗争。
（一）苏中
1942年6月起，日伪军先后对苏中进行“清剿”。新四军第1师（粟裕）主力转至外线寻机进击，取得8月9日南通石港攻坚战、9月25日南通两次歼灭战的战果。在如东县丰利、东台县三仓（新四军第1师师部所在地），新四军经过半年的激烈争夺才击退日伪军。临泽（兴化北）南北坚持原地斗争的部队损失较大，根据地大部变为游击区。
1943年，日伪清乡最为猖狂。10月，日军大队长山本率机动队“清剿”南通地区，12天抓捕群众560人，在石港镇一山脚下，一次用马刀砍杀23人。是年4月至年底，苏中新四军指战员牺牲300余人，群众被抓6万余人，被杀1026人，被烧房屋5124间。苏中区军民坚持斗争，直至1944年4月彻底粉碎清乡，恢复被占领地区。
（二）淮海淮北
1942年11月15日，日伪军合击淮海根据地六塘河两岸和淮北根据地中心区青阳（属泗洪县）、半城（在泗洪县南部、洪泽湖西）。新四军第3师（黄克诚）、第4师（彭雪枫）先行转移。日伪军分区清剿。淮海区、淮北区军民经1个月作战，击退日伪军“扫**”。11月末，日伪军“扫**”淮南抗日根据地，亦被击退。
1942年底，新四军军部离开盐阜（盐城、阜宁）区，1943年1月10日转移至淮南盱眙县黄花塘。1943年2月17日，日军分多路向盐阜区“扫**”，搜寻新四军主力决战未成，乃分区“清剿”。日军所过之处，特别是滨海的单家港、八滩，阜宁的东沟、益林、陈家集诸镇和许多村庄被洗劫一空。新四军第3师一部与民兵游击队坚持在根据地内斗争，主力则于外线攻击日伪军据点，第1、第2、第4各师打击当面之敌，进行策应。日伪“清剿”、伪化未成功，于3月11日撤退。苏北军民全面反击。至4月14日，反“扫**”结束。
（三）苏南
1942年5-6月间，日伪军对太滆（太湖、滆湖）地区扫**，新四军第16旅（钟国楚）独立第2团损失较大。该旅于7月攻克当涂博望、小丹阳等据点，恢复了石臼湖以北游击根据地；年底，恢复金丹武（金坛、丹阳、武进）、大官圩和镇句（镇江、句容）地区根据地。1943年2-3月，日伪军扫**延陵、丹（阳）北和茅山、太滆地区。7月9日，日伪军“扫**”溧武（溧水、武进）路北和溧水、溧阳地区。第16旅分散游击，11月初开辟郎广（郎溪、广德）地区，22日发起溧高（溧阳、高淳）战斗，毙伤日伪军多人。
（四）皖中（皖江）
1942年4月，新四军第7师（张鼎丞）一部进入和含（和县、含山）地区，另一部沿江而进，在贵池、东流地区开展游击战争，形成皖中皖江地区。第7师副师长傅秋涛兼皖江军区代司令。9月，谭希林任第7师代师长。1943年3月17日和4月30日，日军两次“扫**”皖中巢无（巢湖、无为）地区，被第7师击退。
（五）鄂豫边
1942年4月以后，日军频繁扫**鄂豫边区根据地，7月以后扫**更频繁。12月17日，日军向大小悟山进逼，第5师（李先念）主力突围，留原地部队袭扰日军，外线部队袭入夏店（大悟东南）敌据点和平汉铁路、河汉（河口至汉口）公路据点。1943年1-3月，日伪军对鄂豫边区进行春季大“扫**”。第5师一部于3月进军襄南，6月9日攻克潜江熊口镇，向洪湖、排湖前进，恢复了襄西根据地。1943年6月后，日军先后对鄂豫边岗中、云梦、大小悟山、洪湖等地“扫**”“清乡”，各根据地军队主力转移，地方武装与群众就地坚持斗争，逐步击退日伪军。1943年11月常德会战期间，第5师一部渡江向洞庭湖滨发展，进入桃花山地区，建立石首、公安、华容三县政权。
（六）浙东
新四军开辟浙东根据地较晚，该地区包括四明、会稽（后为金萧）、三北（余姚、慈溪、镇海三县姚江以北地区）和浦东（后为淞沪）四个地区。浙东部队先取得国民政府军番号。1942年浙赣战役期间，浦东南渡部队与四明山地区游击队组成南进支队，越曹娥江，向会稽山挺进，以诸暨枫桥为中心展开游击战争。8月19日，浙东军政委员会成立。同月，成立第三战区三北游击司令部，何克希为司令员，谭启龙为政治委员，初步建立以四明山为中心的浙东抗日根据地。1943年2月、5月，根据地反击日伪军的“扫**”“清乡”。9月，国民政府军第32军（李默庵）在天台设前进指挥部，国民政府军与新四军间发生摩擦。12月22日，三北游击队正式编为新四军浙东游击纵队，主力从四明山根据地返转三北地区；另一部进入会稽山，与诸暨、义乌、东阳一带武装会合，成立“金（华）萧（山）支队”。
三 八路军、新四军局部反攻
进入1944年，日军在太平洋战场节节失利，为进行打通大陆交通线之“一号作战”，从华北不断抽调兵力，大量日军从碉堡、据点中撤离。个别县，如高阳，除县城外，余均无敌，任丘、蠡县各仅有1个据点，一些重要据点已相继撤除。中共中央指示华北八路军：“应乘虚尽量消灭根据地内之伪军、顽军及敌军小据点，扩大根据地。”
八路军从1944年春季即开始发动攻势。太行军区于2-3月间攻克日伪军重要据点蟠龙镇（武乡东）和榆社县城；4月1-14日，进行水（冶）林（县）战役，收复林县县城。冀鲁豫、冀南太岳军区部队攻克朝城（阳谷县西）、沁水县城及其他据点。晋察冀部队一度攻克定襄、宁城、肃宁、赵县等县城，攻克大量据点，并在桑干河以北开辟了部分新区。山东军区于3月25日至4月20日歼伪军吴化文部7000余人，攻克据点50余处，收复村庄1000多个，打通沂山、鲁山、泰山、蒙山各根据地间的联系。晋绥区亦攻克据点多处。
接着，八路军又发动夏季攻势。5月中旬，冀鲁豫区部队收复据点50余处，月底攻克清丰县城，将正在城内开会的伪冀南道道尹及其所辖13个县县长和日本顾问全部俘获。6月下旬，微山湖西部队歼日伪军1300余人。6-7月间，太行军区在邢台、沙河（邢台南）和新乡、辉县地区发动攻势，攻克据点多处，建立了新辉抗日政权。太岳军区于6月在济源、垣曲地区发动攻势，攻克据点，开辟部分新区。
晋察冀军区北岳区部队6月间消灭日伪军1500余人，袭击了保定、望都、完县、涞源、灵丘等县城。7月，开辟了察南、雁北新区。冀中区5-6月间攻克据点40处，歼日伪军2000余人；8月，攻克肃宁、任丘、河间、深泽等20余座县城，一度袭入天津市。冀东区一部开辟了通县以南地区，打通了与冀中的联络。晋察冀军区北岳区在7-8月间攻克平山以西据点多处，克复曲阳以北100多个村庄。冀东区于8月下旬收复蓟县、平谷、三河间大片地区。1944年8月下旬至9月下旬，晋绥军区攻克据点48处，收复村庄440个。
山东军区鲁南区在费县南崮口山区歼伪军荣子恒第2师。8月11-17日，渤海军区攻克利津城。8月15-17日，鲁中军区收复沂水县城。滨海区在诸城东南泊儿镇地区攻克据点40多处。鲁南区于8月下旬展开交通破袭战，一度切断滋（滋阳，今兖州）临（沂）和临（沂）枣（庄）公路。胶东区于8-9月间展开分区攻势，歼日伪军5000余人，攻克文登、荣成县，攻克或逼退据点138处。渤海区8-9月歼日伪军5000余人，攻克乐陵、临邑、南皮三座县城和沾化、青城两县大部地区。山东军区于11月进攻莒县，莒县伪军政人员3500人反正，并攻占临沂、费县外围一些据点，收复栖霞县城。
1944年全年，晋绥军区共收复村庄3100多个，人口40余万；晋察冀边军区攻克碉堡1677个，收复村庄9917个，人口758万；晋冀鲁豫军区收复县城11座，国土6万多平方公里，拥有人口500多万；山东军区攻克县城9座，收复国土4万平方公里，拥有人口930万。
1944年，新四军也展开了局部反攻。1-2月间，新四军苏中部队攻克据点17处；3月5-13日，在淮安、宝应以东发起车桥战役，攻克车桥等据点，控制了淮、宝以东地区。6月23日，新四军在如东县海河滩全歼日军1个中队；26日，攻克如东掘港镇东之南坎；同时，在南通、海门、如皋等地展开破击战，破坏公路700公里。9月，发起45天攻势作战，基本恢复日军在“清乡”中所侵占的地区。
苏北军区黄克诚师从1月起发动攻势，攻克史集、杨庄、塘沟、钱集（沭阳南）等据点30余处；4月19日至5月4日攻克高沟（涟水北）、杨口等14个据点，收复六塘河两岸地区；6月下旬至10月，又在滨海地区发动攻势，一度攻克日伪掠夺棉、盐资源的基地合德镇（今射阳县治），在灌河、射阳河间开辟了部分新区，同时攻克运河线上林公渡，全歼日军金井中队。
淮北彭雪枫师从3月16日起，经50天持续战斗，在运河至津浦路间攻克大店集、归仁集（泗洪北）等据点51处，收复泗县、睢宁、灵璧、宿迁间大片地区；6月初至7月12日，攻克泗县以北张楼及其外围据点。8-9月间淮南罗炳辉师一度袭入盱眙、定远县城。
在江南苏浙皖边，3-4月，新四军谭震林师第16旅击退日伪军对郎溪、广德地区的扫**；8月下旬发起长兴战役，攻克据点25处，一度攻入长兴县城；10月下旬连克周城、社渚（溧阳西南）等据点；12月中旬，攻克宣（城）长（兴）公路上的泗安镇。
鄂豫皖军区李先念师一部于1月开辟了嘉（鱼）蒲（圻）临（湘）地区；5-6月间在鄂豫皖边区攻克敌据点多处；7月，以一部兵力沿平汉路向北发展，开辟豫南，挺进豫中，在舞阳、信阳间建立根据地，建立了7个县的抗日政权；8月至年底，又在监利、沔阳歼敌，俘伪军副军长汪步潜等。鄂南地方武装夜袭武昌附近的青山机场。
12月27日，粟裕率新四军第1师3个团及地方干部，由苏中渡江南下，至1945年1月中旬，在浙江长兴成立苏浙军区，粟任司令员，控制苏浙皖边长兴、广德、临安、余杭10个县的大部地区，2-3月间，击退日伪军多次进攻。
四 华南抗日游击武装的活动
1942年初香港沦陷时，广东人民抗日游击队曾对香港文化界人士、社会活动家等800人进行秘密大营救。他们派出武工队员、交通员进入港九地区，从1942年1月5日晨开始，将这批人员从香港送至九龙交通站，再到宝安白石龙村根据地，安全转移至大后方。
香港沦陷后，中共南方工委成立广东军政委员会和广东人民抗日游击总队。1942年，东江抗日根据地非常艰苦，除日伪军进攻外，又发生国共军事摩擦。1943年11月18日，日伪军对东（莞）宝（安）根据地进行大扫**，广东抗日游击总队突围。后根据地逐步击退日伪军进攻。12月2日，广东人民抗日游击总队改称“广东人民抗日游击队东江纵队”，曾生任司令员，林平为政治委员，王作尧任副司令兼参谋长，公开接受中国共产党的领导。东江纵队向东江北岸发展，建立了以罗浮山为中心的抗日根据地。
自广州失陷后，珠江三角洲南海、顺德、番禺、中山（含今珠海市）四县出现抗日武装，称“广州市郊游击第2支队”，吴勤为司令。1942年5月，吴勤被暗杀，林锵云接任司令员。是年，中山抗日武装获得发展。11月，该支队主力撤出西海，分向番禺南、禺顺（番禺、顺德）边、中山转移。1943年在禺南成立珠江指挥部，以林锵云为司令员，重点开辟五桂山根据地，10月指挥部迁至五桂山。
华南各抗日游击队1944年间积极向敌占城镇和交通线发动进攻。1-2月间，活动在惠阳、东莞、宝安一带的东江纵队袭击广九铁路常平、平湖等车站，破坏了一些铁路；4-5月间，数次袭入九龙和香港，并炸毁九龙铁桥。是年，东江纵队组成北上先遣队，挺进粤北，开展翁源、英德新区。
潮汕地区揭阳、普宁等县于1944年8-9月间组织抗日武工队。次年1月成立潮汕人民抗日游击队，7月中旬改编为“广东人民抗日游击队韩江纵队”，林美南、谢育才为负责人。
1944年1月成立的中山人民抗日义勇大队于4月下旬袭击横门岛和新造等据点。12月，广州市郊游击第2支队编成广东人民抗日游击队珠江纵队，林锵云任司令员，梁嘉任政治委员。珠江三角洲游击部队派一支队赴粤中新会、鹤山、高明，与当地武装会合，依托皂幕山开展游击战争，11月中旬成立“广东人民抗日解放军”（称“中区纵队”），梁鸿驹为司令员。
1944年4月成立的“雷州人民抗日游击队”，于次年1月与当地其他抗日游击武装合编成“广东南路人民抗日游击队”，周楠任司令员兼政治委员。
海南岛琼崖抗日游击总队在太平洋战争爆发后遭到日军的“蚕食”“扫**”。日军对琼（山）文（昌）根据地施行“三光”政策，制造无人区。琼崖游击总队以内外线结合，广泛开展游击战，打击日军。1942年12月，琼崖游击总队主力转移，指挥机关转至澄迈县绿现山；一部西渡南渡江，至澄迈、临高、儋县一带开辟临高、琼山边的儒万山抗日根据地。1943年夏秋间，琼崖抗日游击总队击退日伪军的扫**。1944年，该总队改编为琼崖抗日游击队独立纵队，冯白驹为司令员兼政治委员。琼崖纵队积极开展对敌斗争，先后在海南岛东北部之琼山、乐会（今属琼海县）等8县建立抗日政权，派出一部进入白沙县阜龙乡地区，为创建白沙中心根据地作准备。
据载，1944年底，华南抗日根据地人口达300余万，游击武装达数万人（其中主力1万余人）。
太平洋战争爆发时，日军为策应其香港作战，于1942年1月12-27日向芦苞（三水北）、博罗、惠阳、莲塘等地进犯。第四战区部队从1943年1月3日起向新街、从化、源潭等地袭击，牵制日军兵力。1月30日，第157师便衣队于广州至从化的公路设伏，击毁日军运输车辆多辆。8月16日，战区独立第9旅及惠州（今惠阳）、淡水（惠阳南）守备一大队，于常平（东莞东）、东莞一带给予由石龙（东莞北）南犯的300余名日军以打击。9月12日，闽粤赣边区总指挥部第186师、独立第20旅、挺进第1纵队及江南岸支队反攻潮安，与日军激战近旬，因该处日军获得增援，攻击未能奏效。11月15日，花县第154师一部反攻广州，予敌以重创。
五 八路军开辟河南根据地
因豫中会战，国民政府军败退，河南大片国土沦陷。1944年，八路军乘机开辟河南抗日根据地。5月11日，中共中央指示：要在河南组织抗日游击队，建立抗日根据地；郑州以西由北方局负责，平汉路以东的豫东地区由冀鲁豫分局负责，豫南及皖北地区由华中局、豫鄂边区党委及淮北党委负责。中共中央北方局和八路军总部从太行区抽调部队组成豫西抗日独立支队（后改为“豫西抗日游击第1支队”）挺进豫西，9月从林县出发，由济源渡黄河，进入嵩山一带建立根据地，并开辟伊川以西地区，逐步建立偃师、巩县、伊川、登封等县抗日政权和嵩山专署，2月成立豫西第一军分区。太岳区组建的豫西抗日游击第2支队于10月中旬渡过黄河，进入洛阳以西，在陇海路南北新安、渑池、陵县地区开辟抗日根据地，1945年1月成立豫西根据地第二专署。1945年2月，陕甘宁晋绥联防军抽调部队组成豫西抗日游击第3、第4支队，由王树声、戴季英率领抵达豫西，与豫西第1军分区会合，成立河南军区，王、戴分任司令员和政委。3月，太行区组织的第六支队到达。豫西根据地拥有3个专区20个县。
按照中共中央部署，冀鲁豫军区组织南下支队进入水东（黄泛区黄河东），与当地独立团转战于睢县、杞县、太康及淮阳、西华一带。1945年1月，冀鲁豫区又派第28团南下水东，5月中旬，该团渡过黄泛区，进入水西区，在临颍、*陵、郾城、上蔡、商水建立抗日政权。6月，又增派第29团到水西，共同成立豫东指挥部。
六 八路军组织支队南下湘赣粤
1944年，日军向湘桂进攻，中国军队败退。为扩大根据地，并在南方建立战略支点，是年11月，中共中央决定派第120师第359旅组成南下支队，分批南下，先在湘中建立以衡山为依托的根据地，尔后与广东东江纵队打通联系，依托五岭山脉创建根据地。王震、王首道率4000人经山西、河南，于1945年1月27日进抵湖北大悟山，与新四军第5师（李先念）相会，后渡长江，到达湘北。该支队3月26日占领平江县城，改称“湖南人民抗日救国军”，打退日伪军进攻，与国民政府军发生摩擦，在鄂湘赣边开辟了有13个县政权的湘鄂赣根据地。7月初，这支南下支队冲破拦阻，于8月28日到达广东南雄西北的百顺地区。因遭到国民政府军的围攻，难以立足，该支队乃北退，于10月5日回到鄂豫皖边根据地。此时抗日战争已结束。
七 国民政府军的敌后游击作战
（一）原冀察战区部队鲁西游击区
原冀察战区游击部队于1940年3月退出河北境内，以鲁西为基地，继续游击。1942年春，战区总司令部仍位于鲁西濮县（今属濮阳县）。战区总司令高树勋兼任第39集团军总司令，辖新编第8军（高树勋兼军长）、第69军（米文和）。4月下旬，日军分途向高部进攻。高部全力反击，相持至5月14日，战区主力向菏泽、观城间转移。总司令部退至定陶以东的侯集。6月初，日军分三路向单县东北的曹马集一带围攻，砀山日军北进，均被击退。3日，高军一部从杨集车站（虞城东）以西越陇海铁路南移。次日，高部在夏邑千佛阁将日军击退，自身伤亡1100人。此后，战区留置第181师于单县、丰县地区，并指挥鲁西及砀山、丰县地方团队继续在鲁西游击，其余各部越过陇海路向皖北涡阳转移。汤恩伯所部向陇海路沿线攻击，予以接应。
（二）第一战区太行山游击区
1942年春至1944年秋，冀察战区司令长官由第一战区司令长官蒋鼎文兼任。第24集团军（庞炳勋，后蒋鼎文兼任）之新编第5军（孙殿英）、第40军（先庞炳勋兼任，后马法五兼）、第27军（刘进兼任）在太行山、中条山一带苦战。
1940年后，第一战区太行山根据地实施游击作战，击退日军数次进攻。自1941年中条、太岳两游击根据地先后被日军攻陷，太行山成为冀鲁豫边区国民政府军唯一据点。1942年6月11日，日军向太行山国民政府军队围攻。太行山部队在林县、陵川、临淇（鹤壁西）、东姚集（鹤壁西南）各据点附近与日军激战。日军付出极大代价，虽一度攻陷各据点，但待日军兵力分散后，太行部队利用优良地形和山区民众之协助，于7月上旬逐次反攻，深入之敌被迫撤退，日军占据之各据点相继收复。7月15日恢复战前态势。
1943年4月，日军抽调5万余兵力、50余架飞机，集中于太行山四周。其华北方面军司令官冈村宁次亲至新乡指挥，对太行山根据地围攻。时第24集团军庞炳勋指挥马法五军于林县附近，孙殿英军于临淇镇东南地区，刘进军于陵川方面，共同迎击来犯之敌。各路守军奋勇抵抗，终因兵力相差悬殊，陵川于4月17日晚失守。庞集团军损失颇重。22日，日军攻陷林县、临淇二据点，同时陵川日军亦步步深入，日军合围态势形成。为保存实力，庞集团军以一部分留置山区游击，主力向外转移。新编第5军军长孙殿英在临淇镇以西中敌埋伏而被俘，所部大部被日军冲散。刘进军、马法五军与日军苦苦周旋，继续游击。庞集团军总部因突围，与各部失去联络。28日，刘进军最后据点夺火镇（陵川南）复陷。马法五军坚守多日的东姚集亦于4月30日被迫放弃。
日军搜索山区。时庞炳勋因腿部旧创复发，行动不便，避居临淇镇附近的东峡垴，5月6日为敌侦知而被俘，被挟往新乡。日军命写招降书招降第40军副军长李振清，庞氏拒绝。日军伪作庞令，又为李振清军全体将士坚拒。据白崇禧回忆：庞炳勋在新乡密派亲信人员告第40军李振清军长，协同第27军刘进部队继续游击。李振清军协同刘进军继续作战。
1943年7月上旬，日军对守军作第三次猛攻。此时马法五军已调河南整补，只留刘进军于太行山孤军苦斗。军事委员会特命第27军军长刘进为太行山游击总司令。该军仍回旋于陵川一带与平顺、壶关间山区，继续游击。至7月10日，该军主力被日军各个包围攻击，伤亡很大。刘进率部突出重围，绕攻敌后。该部向西突进，与八路军一部遭遇摩擦。刘进率该军第46师主力绕经夺火镇向西突进，沿途不断与八路军遭遇，发生摩擦。军事委员会乃令该军撤回黄河南岸。8月1日，部队南渡完毕。至此，国民政府军在冀、察两省基本上已无活动。太行山区只留有八路军与日军对峙。
（三）第一战区河南地区
第一战区独立游击第8支队分别由董良俭、王国然任正、副司令，曾活跃于新乡一带，在平汉路沿线开展游击，后向太行山南麓转移。司令部设于辉县石门口，1941年初迁至修武县柿园村。夏，该部集中到荥阳县史村，改编为独立第16支队，调郑州以北花园口、京水口一带，执行邙山以东河防任务。1942年冬，第一战区司令长官部将其改编为河北挺进军，再次进入黄河北岸游击，刘国勋与王国然分任正、副指挥。其余各部，除第1团编入汤恩伯军第12旅外，扩编为13个支队。王国然率原第8支队之张昆峰部进入封丘、长垣、滑县、原武（今原阳县西）、阳武（今原阳）等县活动。第10支队岳得功部在获嘉、武陟一带与日军多次激战。武陟汤王堤村一战，击毙日军第35师团关根井一郎联队长，毙伤日伪军数百人。1944年春，岳得功在嵩山一带组织“国民革命军胜利集团军”。第一战区司令长官胡宗南任其为第17纵队司令，河南省政府主席刘茂恩令岳兼任郑州专区十余县联防抗日指挥官。岳率部随王国然在郑州、荥阳、密县边区继续抗日。抗战胜利时，胡宗南曾派岳为先遣军司令入郑州受降。
1944年8月下旬，豫中会战后，临汝县县长毛汝林联合邻近5县游击队，兵力约1000人，以半礼为中心的地区活动。10月10-12日，第12军（贺粹之）暂编第55师（王守正）正拟攻击伊阳（今汝阳），与日军发生遭遇战。
（四）第二战区
太平洋战争爆发后，第二战区为掩护部队整训，准备反攻，随时以游击战的方式对敌袭击。1942年3月27日，蒋介石手令各战区设立混成破坏队，破坏敌伪建设，牵制敌伪兵力。5月，为突破日军对征运粮食的封锁，第二战区吕梁山根据地各部对日军展开反击。第34军军长王乾元率该军及第4游击纵队在荣河、猗氏、万泉、安邑、闻喜、夏县等地，施行广正面游击。6月间，王乾元军长负伤，第54师师长王凤山殉国。7月24日，暂编第43师新收编之王文虎部20余人潜入夏县地区内，与反正的伪军袭占夏县县城。
1943年3月27日，暂编第59师特工队潜入永济城内，焚坏日军仓库。
1944年2月1日，第二战区遵军事委员会令，派第61军梁培璜部及暂编第39师东渡汾河，经浮山进击上党，在浮山境内受阻。3月16日，军委会电令梁军速进长治，控置晋东；另以一部由稷山向晋南三角地带进袭，策应第一战区作战。4-5月间，梁军东进中与八路军遭遇，发生摩擦冲突。8月底，第二战区令史泽波军之第68师及挺进第2纵队进入浮山。浮山日军向战区东进各部攻击，梁培璜军之暂编第48师迎战不利，向浮山东南地区转移，伤亡与失踪共2000余名。
（五）第八战区
1941年12月，第八战区朱绍良遵军事委员会令，命伊克昭盟黄河右岸部队及大青山游击队深入敌后游击。绥（归绥）包（包头）日军不时进攻，绥远部队积极抗击。1942年6月6日，袁庆荣师在向马边湾增援途中与日军在万盛隆遭遇，激战伤亡甚重，日军联队长渡边战死。
第八战区绥远部队不断向日军袭击。1942年9月5日，五原东南的晋察绥边区挺进军（邓宝珊）骑兵第2纵队第4支队由五原东进，经固原、武川深入敌后，9月底到达察哈尔省张北、商都中间地区，与当地游击队会合，向敌袭击，11月初折返原防。
10月，傅作义在绥远省组织混成队，派遣官兵400余人混入敌占城镇机关，发动大规模暴动，不少人被敌捕获，多数人不惜牺牲，达成任务。
1943年2月14日，骑兵第5挺进纵队一部在武川西与敌战斗，诱击、伏击敌军。骑兵第1纵队第1支队击退日军黑石部和伪军对大青山游击根据地的联合进攻。3月，绥远安北等地游击队割断电线，使日军电信中断。6月上旬，新编第32师在包头西南击退日军进攻。大青山根据地游击部队反复击退日军优势兵力的围攻。
1944年9月，日军围攻大青山游击根据地，经分别阻击，予以击退。10月下旬，日军回窜。绥远部队积极开展对伪军的策反工作，亦取得不少成效。
（六）鲁苏战区
1942年春，鲁苏战区总司令部位于鲁南沂蒙山区内。牟中珩接任总指挥兼山东省政府主席，所部为第51军。该战区部队对日军袭扰，日军对之进行扫**。其时第51军内部发生分化。1942年8月4日，第111师旅长万毅发动师长常恩多投向八路军。是年冬，莱阳之暂编第12师遭日军围攻，加以与八路军之间发生摩擦，几乎全部覆灭。1943年2月18日，鲁南新编第四师师长吴化文投敌。
1943年5月12日，日军向沂蒙山区围攻。牟中珩军迎击，战至15日，沂水附近及蒙阴东北之守军向南突围，遭日军截击。牟军奋勇反击，杀伤日军甚多。19日，日军撤退。时八路军占领沂蒙山区，国共两军间发生摩擦，鲁南行署（设于安丘）主任秦启荣战亡。牟中珩军向皖北转移。牟中珩辞去山东省政府主席的兼职，何思源接任。山东省政府迁驻寿光县城。省政府指挥保安队张景月部两团向日军游击。
苏北方面，坚持抗日游击作战的国民政府军原有韩德勤、李明扬、李长江等部。自各部与进入苏北的新四军之间于1940年在泰兴黄桥、泰州姜堰、海安曲塘、宝应曹甸发生摩擦战斗后，战力削弱。1941年3月，高邮、宝应日军攻陷江苏省政府所在地兴化县城。韩德勤部人员向淮东转移。转移中，韩部在盐城附近与新四军粟裕部之间又发生了摩擦。
1943年2月13日，日军向第89军（顾锡九）发起进攻，主力猛攻凤谷、车桥（淮安东）两据点。经顾锡九军各部分别阻击，激战至20日。守军除留置一部于原地阻击日军外，主力分向阜阳及淮泗区转移，沿途复遭日军袭击，激战月余，伤亡很重。韩德勤部在新四军掩护下大部退入淮海抗日根据地。
继而，新四军彭雪枫师、黄克诚师与鲁苏战区韩德勤副总司令部、独立第6旅、保安第3纵队之间又发生摩擦冲突。独立第6旅旅长李仲贤、保安第3纵队队长王殿华战死。官兵伤亡3000人以上。至3月中旬，韩部转移至安徽省阜阳附近。至此，国民政府军苏鲁战区在苏北的根据地全部丧失。苏北敌后只有新四军活动。
（七）第五战区大别山游击根据地
第五战区鄂皖根据地策应第三次长沙会战，于1941年12月19日发起广泛游击，平汉路附近各部向应城、随县、安陆、花园、孝感、白螺矶等地袭击，津浦路附近李仙洲军等部分向合肥、含山、滁州、怀远、蒙城、淮阳等地袭击，打击当面之敌，破坏交通。
1942年夏至12月中旬，大别山以南地区部队不断向长江沿岸挺进，予日军威胁甚大。日军乃向大别山以南各城镇大举进犯，并改派冢田攻为驻武汉第11军司令官，担任该方面作战指挥。冢田攻于12月18日由南京飞汉口履任，座机经太湖县张家坪上空时，被中国挺进部队第138师击落，冢田与同机9名高级军官毙命。日军为报复，并寻觅其残骸，于23日开始对大别山根据地进攻。李品仙集团军各部在浠水、英山、罗田、麻城、立煌（今金寨）、商城逐次抵抗。12月下旬，日军先后攻陷麻城、罗田、浠水、广济、黄梅、宿松、太湖、潜山等地。至此，大别山以南各重要城镇被日军攻陷。
日军向北进攻，攻占光山、潢川、商城、立煌、桐城。各地守军与日军激烈战斗。1943年1月2日，日军攻陷立煌后，第五战区部队乘日军疲惫，开展反攻。日军5日西进，6日陷固始、商城，一部经英山向太湖东进。刘和鼎军与莫树杰军向商城反攻，刘汝明军第143师经平汉路向潢川挺进，以作策应。日军乃弃商城、固始，经光山、潢川西进。莫树杰军跟踪追击。信阳日军千余人东进罗山，接应西进日军，退向信阳。