一 推行新县制
基层组织的薄弱及基层政权的松散，是过去国民政府统治的一大弱点。抗日战争要求最大限度地动员民众，开发一切可供利用的人力和物力资源，因此强化基层政权的建设便成为一个迫切问题。1938年的国民党临时全国代表大会已经注意到这一问题。大会通过的《抗战建国纲领》决定“实行以县为单位，改善并健全民众之自治组织，施以训练，加强其能力，并加速完成地方自治条件，以巩固抗战中之政治的社会的基础”。1939年6月，蒋介石在国民党中央训练团党政训练班作了《确定县的地方组织问题》的讲演，更为明确地提出了推行新县制的目标和原则。蒋介石强调县政机构在抗战建国的进程中至关重要。同月，国民政府在行政院下设县政计划委员会。于是，以加强地方自治、刷新基层政治为号召，新县制开始推行。
1939年9月19日，国民政府正式颁布《县各级组织纲要》。随后，行政院通令各省普遍实行新县制，要求至迟在3年内全部完成。12月，行政院颁布《县各级组织纲要实施办法》。行政院要求各地“无分敌后与前方后方，一律遵照实施，战地各县尤须尽量提前完成”。
在将县定位为“地方自治单位”的基础上，新县制加强了县政权的权力，提高了县长的地位。《纲要》规定县长主要有两项职权：一是“受省政府之监督办理全县自治事项”，二是“受省政府之指挥执行中央及省委办事项”，而此种委办事项应以公文注明。可见，县长的职权主要以办理全县自治事项为主。当其履行这一职权时，省政府只是“监督”，而不是“指挥”。县行政机构也较以前更为充实。新县制废局改科，取消原来公安、财政、建设、教育四局的设置，改设民政、财政、教育、建设、军事、地政、社会各科。当然，并非所有的县都可设此七科，当视县的等级及实际需要而定。
新县制特别对县财政作了明确规定，将以下各种收入列为县收入：（一）土地税之一部（在土地法未实施之县，各种属于县有之田赋附加全额）；（二）土地呈报后正附溢额田赋之全部；（三）中央划拨补助县地方之印花税三成；（四）土地改良物税（在土地法未实施之县为房捐）；（五）营业税之一部（在未依营业税法改定税率之前为屠宰税全额及其他营业税20%以上）；（六）县公产收入；（七）县公营业收入；（八）其他依法许可之税捐。此外，还允许“县政府应建设上之需要，经县参议会之决议及省政府之核准，得依法募集县公债”。这样，各县拥有了自己的特定税源，成为财政自治单位，而不受制于省政府的拨款多寡。《纲要》还明确规定：“所有国家事务及省事务之经费，应由国库及省库支给，不得责令县政府就地筹款开支。”
在此前的国民政府的县组织法中，虽也曾有过设立县参议会的规定，但实际上从未成立。新县制既强调县为自治单位，民意机关的成立则为必不可少之举。新县制规定县参议会为“全县人民代表机关”，它由各乡镇选举的一位议员及职业团体选举的议员（其人数不超过总数的十分之三）组成；县参议会拥有审议县预算决算、治安保卫、民生救济、医药卫生、文化教育、募集县公债、其他增加县民负担事项，以及制定县单行法规等权力。另规定“县参议会暂不选举县长”。
县以下政权结构也进行了调整，取消了区级政权，将原来的县、区、乡（镇）三级调整为县、乡（镇）两级。同时规定“县之面积过大或有特殊情形者，得分区设署”，但此种区署并非一级政权机关，而是“县政府辅助机关，代表县政府督导各乡（镇）办理各项行政及自治事务”。乡镇之下，则分设保、甲。乡镇划分以10保为原则，不得少于6保及多于15保；保之编制以10甲为原则，不得少于6甲及多于15甲；甲之编制以10户为原则，不得少于6户及多于15户。
在乡镇以下基层政权中，行政、武装、教育的权力结合为一体，掌握到乡镇长、保长手中。在武装组织方面，新县制规定：乡镇设乡镇国民兵队，保设保国民兵队，甲设民兵班，各级队长分别由乡镇长、保长、甲长担任。在教育方面，乡镇设中心学校，保设国民学校，校长分别由乡镇长、保长担任。此外，乡镇公所设有民政、警卫、经济、文化四股，各股主任及所用干事由副乡镇长、乡镇国民兵队队附及中心学校教员担任；保办公处设民政、警卫、经济、文化干事各一人，分由副保长、保国民兵队队附及国民学校教员担任。这样，通过所谓“管教卫合一的三位一体体制”，乡镇长、保长的权力得到了加强，国民政府的社会控制力也由此获得增强。
到1943年，已有1106个县完成了新县制的调整。国民政府内政部总结说：“过去地方行政组织之通病，省庞大而县弱小。县以下则尤空虚，致有宝塔倒树之讥。”新县制实施后，县政机构获得充实，使县政府科室人员的设置能与实际需要相配合，能负起执行国家政令、办理地方自治的重任。县以下之组织过去多为区与联保。联保主事者仅二三人而已。抗战以来，征兵、征粮、征工、募债、劝储等重要政令及各项地方自治事业之推行，莫不以乡镇为基层执行中心。“原有单弱组织，实不足以负荷如斯重任”。新县制实施后，建立和扩大了乡镇一级的编制，使之成为基层政治组织的重点。至1943年9月，全国设立的乡镇公所已达30470所。乡镇公所的编制，大的有4股，小的也有2股。此外还有各种横向的组织，如合作社、卫生所、国民兵队部、中心学校、造产委员会、调解委员会及各种民众团体作为辅助力量。故内政部称：“新县制下之乡镇，其充实程度较往日之联保，实不可以道里计，不仅树立地方自治之基础，且对于抗战亦有莫大之贡献。”
新县制的推行和保甲制的强化，虽有加强社会动员力的功效，但也含有强化国民党党治及限制“异党”活动的消极意图。新县制规定县长应由国民党员担任，如不是党员，应介绍其入党；基层的保甲长，也要“以本党党员充任为原则”。《防制异党活动办法》规定：“地方机关对于保甲之编制，应当选择本党党员及思想纯正之青年，担任保甲长并经常授以各种政治常识及防止异党活动之训练与指导，使每一保甲长均能兼政治警察之任务，并能领导所属人民，一致防制异党活动。”此外，拥管、教、卫多种权力于一身的保甲长作威作福，横行乡里，勒索民众的事情时有发生，从而引起相当程度的民怨。
二 推行行政三联制
推行行政三联制是国民政府战时政治制度建设的另一大动作，起初的直接目的是为改变行政效率低下这一状况；后来，国民党逐渐将其视为一项政治制度的新创造，表示在战争结束后仍将作为“国家基本制度之一种”而继续实行。
1938年初的国民党临时全国代表大会上便提出了“改善各级政治机构，使之简单化、合理化，并提高行政效率，以适合战时需要”的任务。陈仪在这次会议上提出了《改进行政机构以推进抗战时期政治经济设施的提案》，建议“国民政府设战时设计委员会，各省政府设战时设计室，聘请专家主管全国全省各种施政计划之草拟审核事宜”。此后，在国民参政会第一次会议上，罗隆基、秦邦宪等23名参政员又提出了调整行政机构、增加行政效率的提案，提议建立“调整行政委员会”。同年11月，行政院公布《行政效率促进委员会组织规程》，该委员会的职权是：考核中央及地方各行政机关之组织与职权分配并调整其相互关系，考核其财务收支并促进其合理化与经济化，考核其官吏任用奖惩办法及办事效率并督促其改进。以上这些分别提出的关于行政设计和行政考核的主张，可以视为后来实行的设计、执行、考核三联制的发端。
1940年3月，蒋介石在国民党中央人事行政会议上发表了《行政三联制大纲》，正式提出行政三联制。1940年7月，国民党五届七中全会通过了《总裁交议拟设置中央设计局统一设计工作，设置党政工作考核委员会以立行政三联制基础案》。蒋介石在提案中强调：“凡政治经济之设施，必经设计执行考核三者之程序，不有精密之设计，无以利事业之推行；不有切实之考核，无由察执行之进度。”而现在政府机关相互之间缺乏联系，进度迟滞，成效难期，因此有必要采取行政三联制。9月，国民党中央常委会第156次会议正式通过了中央设计局和党政工作考核委员会的组织大纲。不久，这两个机构即告成立。
所谓“行政三联制”，其基本设想是将行政管理过程中的设计、执行、考核三个环节明确区分开来，形成三个相对独立又互相联系的部分，以明确责任，提高效率。“设计”是为行政预先制定行动方案，作为行政的开始；“执行”是行政机关对设计单位提出的政策和计划加以落实，是对于设计的实施；“考核”既是对行政机关执行情况的监督考察，也是对下一个计划的反馈。这样，三个环节首尾相连，形成一个有机的行政系统。
行政三联制中主管设计的机构是中央设计局。该局直属国防最高委员会，其总裁由国防最高委员会委员长兼任。下设审议会、秘书处、设计委员会和预算委员会。审议会为设计局内最重要机构，由7至9人组成，以总裁为主席，负责审议政治、经济、建设之计划及预算，党政制度机构及重要法规之调整，重要政策之建议等事项。秘书处设秘书长1人、副秘书长2人，协助总裁管理全局日常事务。第一任秘书长为时任国民党中宣部部长、军事委员会参事室主任的王世杰。秘书处下设调查室，内分政治、经济、财政金融等专门小组，负责搜集资料，以作设计工作的参考。
主管考核的党政工作考核委员会也属国防最高委员会。其职掌考核中央及各省党务机关之工作成绩，中央各院、部、会及各省行政机关之工作成绩，设计方案之实施进度，现行法令之实施利弊，经济建设事业之进行，以及各机关经费、人事之状况等事项。党政工作考核委员会设委员长1人、副委员长2人，由国防最高委员会推举选定。委员11人，其中国民政府五院院长、国民党中央执行委员会秘书长、中央监察委员会秘书长、国防最高委员会秘书长等8人为当然委员，其余3人由国防最高委员会聘任。秘书长承委员长之命办理会务。委员会下设党务组和政务组，分掌国民党和国民政府系统的考核工作。委员会组织中央和地方考察团，每年对中央和各省市党政机关进行一次实地考察。考察团可调阅各机关文书档案，其考核意见经委员会议决后，呈国防最高委员会核办。
国民政府在现有的五权体制之外设立设计和监督机构，在制度上确是一项为它国所未有的“革新”。国民政府要员对此制度大加推赞。行政院副院长孔祥熙称：“行政三联制不是采取任何国家的一种制度，此项制度可以说是总裁以几十年从事军政党三方面工作的经验精心研究得到的结果。”国防最高委员会副秘书长甘乃光称：此举“在现代政治制度上并无先例”，“我们翻开各国行政学来看，要找行政三联制，是找不着的”。
然而，这种创新在体制上仍有难以圆满之处。一些机构难以在这三个环节中定位，如国民政府五院中的立法院与监察院的定位便较含糊，它们既非三联制中的设计和考核机关，又非纯粹的行政机关，其本身又兼有一定的设计和考核功能。故立法院和行政院都不愿被列入行政环节中，就连行政院的各部会也不甘居于“执行”之列。粮食部便在一份报告中指出：行政院各部门“本身原为计划督导机关，兼负设计、执行、考核之责，并非纯粹执行机关”。各部门都不愿作为纯粹的执行机关而处于任别人考察的地位。
因此，行政三联制的推行并不顺利。两年后，1942年11月召开的国民党五届十中全会也不得不承认，三联制实行以来“不免种种缺陷，对于行政效率未见显著进步”，一些机关不造送计划与不遵照计划执行，使行政三联制不免有“支节割裂，名不副实”之虞。因此，国民党决定加大力气向全国推行。国民党中央限定中央各机关必须在1943年3月底之前，各省市在6月底前，各县在9月前成立各级设计、考核机构。根据规定，除中央最高层设计与考核分设两个机构外，其余各级的党政机关均将设计与考核合并设立“设计考核委员会”或“设计考核处”。这样，到1943年行政三联制才得以全面推行。
行政三联制的推行并未获得理想结果。正如行政院副院长孔祥熙所承认，各单位在实施时普遍犯有“敷衍门面的毛病”、“不相联系的毛病”与“铺张扩大的毛病”，“字面所写的多与实际不符，或者连十分之二三都做不到”。经济部则坦承：“此制之推行，至多仅能维持原有之行政效率。”
三 战时经济的发展与困境
为增强国家经济力量，更有效地调动更多的资源为战争服务，国民政府加强了对公营企业的扶持，使战时的公营企业有了比较迅速的发展。
早在1938年10月，国民政府颁布的《非常时期农矿工商管理条例》便规定：“为适应非常时期的需要”，战时必需之各矿业、制造军用品之各工业和电气事业，“分别收归政府办理或由政府投资合办”，一些“为生活日用所必需者”，经济部亦可直接经营之；“经济部为适应非常时期之需要，对于指定之物品，得依公平价格分别收买其全部或一部”。此后，国民政府在其发布的文件中也一再强调要发展国家资本，使生产事业“国家化”。
战时公营企业的发展，可从对资源委员会的观察中窥见一斑。由于政府的倾斜，资源委员会经费来源相对可靠充足，它在战时获得迅速发展，成为近代中国最大的重工业企业集团。在钢铁工业方面，资源委员会共投资89023万元（折合战前币值约670万元），设立了大渡口钢铁厂、资渝钢铁厂等6家钢铁企业。在后方生铁总产量中，1940年时资委会产量仅占5.5%,到1945年已升至46.5%。在后方钢产量中，1941年资委会产量仅占5.8，到1945年已升至56%。在电器工业方面，资委会投资49862万元（折合战前币值397万元），设立了中央电工器材厂、中央无线电器材厂等5家电器企业。中央电器工业厂总厂设在昆明，有四大分厂，又在桂林、重庆、兰州等地设有分厂。在1938-1945年间，资委会电器业产值占后方该业总产值的78.6%。在机械制造业方面，资委会先后设立了中央机器厂、宜宾机器厂等5家工厂。在动力事业方面，资委会投入大量人力物力扩建煤矿，增设电厂，开发油田。抗战期间，资委会先后经办的煤矿有26家，其中有22家是与他人合办。先后自办或与地方合办的电厂有19家，装机容量在整个后方电业中所占比重达到52%。资委会开发的油田中比较成功的是甘肃玉门油矿。抗战期间，该矿生产原油29万余吨，提炼汽油、煤油、柴油共2000万加仑。资委会还设立了9家酒精厂，生产作替代燃料的动力酒精1440万加仑。抗战时期，资委会生产的**燃料达3625万加仑，约占后方总产量的44%。
资委会的工厂在大后方的工业中发挥了重要骨干作用。如中央机器厂有能力制造蒸汽锅炉、蒸汽轮机、内燃机、大型发电机、各种工作母机、纺织机械和其他机械等，是后方唯一的全能机器厂。大后方各工厂所需要增添的较大型的原动机和工作母机，大部分都依赖该厂供应。
国民政府的其他机关也经营着不少企业，如兵工署下属的若干大型兵工厂、钢铁厂、汽车配件制造厂、飞机制造厂等，军政部所属的酒精厂、焦油厂、被服厂、纺织厂等，交通系统所办的汽车修理厂、植物油炼油厂、水泥公司等。经济部、财政部、粮食部等都办有若干企业。此外，还出现了一批由各省地方政府组织的企业公司，如贵州企业公司、安徽企业公司、西康企业公司、湖南企业公司、江西企业公司、川康兴业公司等十多个省属企业公司，这些公司又统领着一些省营企事业，形成了省区的综合资本集团。这些公司的资本仍然是以中央的投资为主。如贵州企业公司，1942年时的资本总额中，贵州省政府与省银行的投资仅占17.5%,中国、交通、农民三大银行占80.9%,经济部占1.6%。
抗战时期，国家资本有较大发展，并控制了关键的产业部门。战前公营工矿业的生产仅占全部工矿业的15%左右，而到1944年时，已占到52%。公营企业在冶炼、电力、电器、机器、化学等部门占据了优势地位，金属矿和石油全部为国家所独占，纺织部门则公营和民营各半。
随着抗战的持久进行，国民政府在经济上面临着严重的困难。战前中国工业大多集中于沿海地区，抗战后能内迁的工厂只是很小的一部分。尽管内地工业在抗战过程中有了较大的发展，但就以大后方工业生产最好的1943年而言，各项主要产品的产值也才达到1937年的12%。战前，国民政府财政税收的80%来自于关税、盐税和货物税，其中关税占政府收入的50%左右。由于沿海各省被日军占领，中国政府的税收锐减，只有战前的46%,但政府的财政开支却与年俱增，仅庞大的军费开支就占了财政收入的60%-80%。此外，由于大批人口内迁，大后方人口由1.8亿增加到了2.3亿，这就使得内地的粮食和各项消费品变得更加紧张，许多物资的生产和供应都远远不能满足抗战及人民生活的需要。
为了应付战争，也为了解决最低的生活需要问题，国民政府曾采取了一些战时财经措施。田赋征实是战时所实施的一项重大的农业税改革，这是在通货膨胀的情况下，为了保证军队和公教人员的最低的基本口粮需要而采取的一项重大举措。1941年4月，国民党五届八中全会通过了《各省田赋暂归中央接管以便统筹而资整理案》，决定将原属各省管辖的土地税划归中央政府接管，并将田赋从货币形式改为实物税形式，实行田赋征实。6月，财政部提出征收原则，规定1941年度的田赋正、附税额每元折征稻谷2市斗，产麦及杂粮地区征收等价小麦或杂粮。1942年，征实标准又提高到每元税折征稻谷4市斗或小麦2斗8升。在田赋征实的同时，又以“不足供应军粮”为由实行粮食征购（1942年改为随赋征购），按官价从农民手中购取一定比例的粮食。
田赋征实、征购的数量在许多地方往往占到收获量一半甚至一半以上。如1942年四川稻田每亩平均产量4市石，而每亩所负担的征实、征购、县级公粮附加及地方积谷、加上收粮时溢收的15%的“折耗”，共达2石3斗8升，占每亩收获量的59.5%。在湖南滨湖10县，每亩的负担量达到了收获量的52.79%,云南也达到了49%。农民的负担大大增加，其田赋负担竟达到战前的5倍。
而征购的价格往往很低，有时只及市价的1/3.如1942年，云南昆明市1市石谷子的市价为604元，但该省的征购价仅为190元，仅达市价的31.5%;成都该年的平均市价为379元，但四川省的征购价仅为150元，为市价的39.6%;贵阳该年平均市价为334.5元，贵州省的收购价仅为100元，只及29.9%。此外，征购粮食付款时又搞所谓“三七搭成”，即只付三成现金，其余七成付给没有兑现希望的粮食库券或法币储蓄券，实际上等于剥夺。
对于征购的剥夺性质，民众看得很清楚。四川、贵州等地的民众代表提出了“废购增征”的建议，即将征购改为征借，农民不再要那无法兑现的券证，而要保留征借粮食的债权。1943年，四川省首先将征购改为征借。次年，各省全部改为征借。农民获得借粮票，作为借粮凭证。但实际上，这种债券也是空洞的，国民政府的还借只是一句空话。
通过田赋征实、征购或征借，国民政府获得了大量的粮食。1941年，征实、征购的稻麦共5200万担，1942年增至8700万担，1944年达9500万担，约占土地产量的一半。这些粮食的获得，保证了军队和城市的基本需要，但农民为此付出了巨大的代价。且在征收过程中又有很多弊端，政府官员管理不善，贪污行为严重，农民苦不堪言。对普通农民而言，征粮成为抗战时期的一大恶政。
在物资日益贫乏的情况下，为保证经济和社会生活的正常运转，国民政府推行了统购统销和专卖政策。全面抗战开始后，国民政府陆续通过资源委员会、贸易委员会和农本局等机构对农产品和棉布等日用品实行统购统销。1941年4月，又创立专卖制度，规定对盐、糖、酒、茶、卷烟、火柴等商品实行专卖，由政府专卖局统一收购和批发销售，以稳定生活必需品价格。1943年1月，国民政府实施《加强物价管制方案》，规定以1942年11月价格为最高物价限额，对粮食、棉花、燃料、纸张等生活必需品实行价格管制，同时实行生活必需品的配给制度。
统购统销和专卖制度一方面在一定程度上稳定了生活必需品的价格，有助于改善物资的供应，但另一方面也产生了弊端。统制和专卖机构在此过程中贱买贵卖，以大大低于市场或成本的价格收购，对生产者形成了掠夺。如棉花统购，1945年对河南、湖南及湖北三省棉花的核价，仅及市价的1/3.军用花、纱、布的收购，对生产者的掠夺则更为严重。1945年购进的军用花、纱、布市值1040亿元，但国库仅支出了108亿余元，国库节省开支的930多亿元实际上是由生产者们所承担的。资源委员会所收购的个旧锡，1943年时每吨的成本为27万元，但统购价格却低于成本一半。
如此统购统销的结果，造成了相关产业的萎缩。滇锡在1937年的产量为9187公吨，到1944年已减到1613公吨。湖南的钨锑矿由于官方的收购价太低，“逐渐赔本，逐渐停业，至31年（1942年）赔累不堪，无法维持，一百数十家公司炼厂乃全部停顿”。专卖政策还打击了农业生产者的积极性，丝、茶、桐油产区的农民普遍砍伐桑、茶、桐树，不愿继续生产。重庆市商会四团体的一份说帖道出了这一政策的恶果：“桐油全国产量约一百五十余万担，战时后方生产尚应产七八十万担。自被统购统销以来几等于零，无可统购，……蚕丝全国约十万担，战时后方应产二三万担，自统购统销以来，每年减至二千余担，不及十分之一。……猪鬃全国年产十二万担，战时后方尚应产七八万担，自被统购统销以来，年产不过二万余担。”
为弥补巨额财政赤字，国民政府大量发行纸币。在抗战爆发前，中国法币的总发行量为14.1亿元，到1941年12月时，发行量已激增10倍多，达151亿元；至1943年12月，发行量已达到754亿元；到1944年12月时，竟增至1895亿元。滥发钞票造成了严重的通货膨胀。据统计，在1938-1944年中，大后方城市零售物价平均每年上涨63%,1943年的上升率高达245%,1944年为250%。
国民政府采取的这些措施，尽管其立意是为了维持财政，以应付长期而残酷的战争，但是一些竭泽而渔的经济措施在起过短时期的积极作用后便显示出对长期经济发展的伤害。国统区的经济在经过最初几年的发展后，普遍出现了下降趋势。在工业生产方面，如以1938年的产量为100，随后两年发展较快，逐年升高，1939年为130.57,1940年为142.34.到1941年时出现下降趋势，为130.73.此后逐年下降：1942年124.37,1943年上半年为117.1，下半年为112.36,1944年上半年为93.67，下半年为89.83，可谓每况愈下。大量工厂停工减产，进而倒闭。1943年，重庆市871家工厂中，停工减产的有270家。各种农作物的产量也出现较大下降。以四川、湖南等省的稻谷产量为例，1939年产量为8.1亿石，1942年减到6.72亿石，1945年减到6.22亿石。
伴随着工农业萎缩，物价飞速上涨，大后方人民的生活水平也在急剧下降。与抗战之前相比，城市居民的实际工资下降了一半以上。倘以1937年的工资指数为100，到1944年时，工人的工资已降到了44，一般职员和教师则降为21.在城市居民中，军人、低级公务员、教师阶层的生活、生存受到了最严重的威胁。只有那些囤积居奇的奸商、贪污走私的官员们生活得花天酒地，他们与人民大众的对立更加明显化。
四 国民党政权的腐败与专制的发展
大后方出现经济危机的一个重要原因是存在于国民政府各级官员的腐败，这一腐败加重了政策失当的后果。这些官员利用战时手中集聚的权力或倚仗着各种关系，竭力为自己谋利，或从人民手中巧取豪夺，或将国家财产化公为私，被时人称为“发国难财”。政策的弊端和官吏的舞弊便造成了这样的现象：国民政府多一措施，民间即多受一次剥削和增加一层负担。
商品的统制、专卖给一些人提供了廉价收购、高价出售以获取高额利润的机会。对外汇的统制，则使少数腐败官员可以利用制定国家政策的机会攫取财富。在抗战期间相当长的时期内，外汇官价一直人为地维持不变，限定在1美元兑换20元法币的汇率上。但在重庆黑市上，1943年12月，1美元可换84.5元，1944年12月时上升到542.2元。少数有权势的人利用特权用官价买到大量外汇，再以黑市价格抛出，转眼之间便可获得惊人的暴利。因此，无论是统制或专卖、征购、征实、征借，其结果常常是使民众受累，贪官受惠。
在农村，农民承担了提供战时粮食、资金和人力的主要负担，但国民政府只是源源不断地从农民那里获得抗战所需的人力和经济资源，却没有通过社会、经济等方面的重大改革加惠于农民，而是继续和乡村中的封建势力结合在一起搜刮农民。这样，当抗战长久地拖延下去时，农民实已疲惫不堪。在一些地区，令人难以承担的抽丁抽税、敲诈勒索终于迫使农民走上了暴动求生的道路。豫湘桂战役中便发生了豫南鄂北的农民将国民党第69军第28师缴械的事件。在外敌当前之际，作为军队主要后备力量的农民起而反抗自己国家的军队，若非政治腐败至极、农民被逼入绝境，又何以至此？
国民党政府兵役制度的弊端和征兵中的腐败行为是造成军民对立的一个重要因素。在征集兵源的过程中，部队的负责军官往往与地方乡绅、乡镇保甲长相勾结，强拉壮丁、受贿替换、冒名顶替及虐待壮丁等弊端层出不穷。农民一旦被征入伍，政府对被征丁家庭又无妥善补偿措施，这势必会影响其家庭的生计，引起民众的反感。而被征壮丁往往受到非人的待遇，难得温饱，缺乏医护，还常受虐待、毒打。士兵被送往前线时形同押解，一路上生病死去的和逃亡而去的比例高得惊人。据统计，抗战中共征集壮丁14050521万人，送到各部队驻地成为新兵的只有12138194万人。尽管蒋介石因偶然发现了壮丁被虐待情况而于盛怒之下枪毙了兵役署长，但也无济于事。征兵制度存在如此弊端，它成为政府丧失民心的一大因素。
国民政府军是国民党政权的主要支柱。与前期比较起来，抗战后期国民政府军队的战斗力已大大地削弱。士兵们处境艰难。由于通货膨胀日趋严重，下级军官和士兵的生活水平严重下降。军队中的普遍现象是：三餐改为两餐，三菜一汤并为一钵大锅菜，最后是一钵不见油花的菜叶盐水汤。通货膨胀加剧后，士兵的伙食远不及一般的工人和农民。军人的待遇不仅偏低，还时常拖欠军饷；待军饷到部队后，又往往被一些军官所克扣。伙食的恶化带来了士兵体质的下降和衰弱。1943年，中国空运1800名新兵去印度接受训练，其中有68%的士兵因体格不合格而被淘汰。士兵体质之差由此可见一斑。一些军官竟去从事经商活动，有的甚至铤而走险去走私。在军中，吃空额的现象已非常普遍。军队中的这种状况，直接形成了两大恶果：一是士兵逃亡数增多。这既增加了部队非作战伤亡的损耗，又使各部队无法有计划、有系统地对士兵进行有效的作战技能训练，从而导致部队作战能力衰退。二是造成军纪废弛。士兵为了满足其生活需要，扰民违纪行为日益增多，招致民众的恶感。这也是1944年中在大后方多次发生“民变”的重要原因之一。
与社会危机和腐败现象同时发展的是政治上国民党一党专政趋势的进一步加强，后者在很大程度上既是前者的成因和催化剂，也使得任何对前者加以改善的努力都变得更为困难。抗日战争开始之后，为支撑长期战争，需要政府加强对社会资源的控制。国民党利用这一有利条件，逐步强化其一党专政。国民党在抗战期间拒不承认中国共产党和其他党派的平等地位，而自己则在各地竭力扩张组织。国民党提出了“全国党化”的口号，大肆宣传“中国人都有加入国民党的权利与义务，中国青年都有加入三民主义青年团的权利与义务”，在机关、学校、军队、工厂等部门实行集体入党。对政治上的异己势力则以各种方法加以压制。
中国共产党是国民党合作抗日的最大友党，也是其实现一党专政的最大障碍。尽管共产党无论在政治上还是在军事上都发挥着极其重要的影响，但国民党从维护自己的一党专政出发，总是千方百计地对共产党加以限制，并力图取消。太平洋战争爆发后，在美、英、苏密切合作的国际背景下，中国国共两党之间全面政治破裂的危险已经过去，国民党决策集团谋求以政治方法解决中共问题。1942年11月，国民党五中全会决定成立“特种研究委员会”，研究今后对中共的策略。国民党所设想的政治解决，是要中共听命于国民党的领导，要中共军队服从国民政府军事委员会的调遣并实行统一编制，要中共领导的抗日根据地实行国民政府的法律，其主要目的就是要中共交出军权和政权，而一切听从国民党。
1943年5月22日，共产国际执行委员会发布了《解散共产国际的决议》。6月10日，共产国际正式宣布解散。这一消息在有共产党活动的各个国家都引起了巨大的反响。国民党乘机提出：既然共产国际已经解散，那作为共产国际的一个支部的中国共产党也应该随之解散。国民党军队还在陕甘宁边区附近集中了16个师的部队，造成武力威胁的声势，重新引起国共关系的紧张。
其他党派的持不同政见人士也受到了国民党政府的迫害和压制。1940年底，国民政府以“煽动暴乱”为理由，宣布取消对国民党独裁表示不满的民主人士沈钧儒、章伯钧、史良等人的国民参政会参政员的资格。在公众舆论方面，国民政府规定了严格的新闻检查制度。对送检的稿子，检查员有权任意修改甚至扣发。国民党通过控制报纸、出版及威胁持不同政见的知识分子等手段操纵舆论。1939年以后，国民党担忧中共影响的扩大，曾对敌后抗日根据地进行了长达数年的新闻封锁。这些都导致知识分子和其他党派对国民党的专制统治产生不满。
1943年3月，蒋介石发表了由陶希圣执笔的《中国之命运》一书。这部书竭力为国民党一党专政的统治寻找历史根据，宣扬封建专制主义的思想、伦理、宗法制度和经济基础，把四维八德说成是中国的立国之纲。该书主张一个党、一个主义、一个领袖，对共产主义和自由主义都进行了攻击。它批评西方的民主制度不适合中国的国情，其意在压制人民的民主要求。因此，《中国之命运》的发表既引起了反法西斯盟国的不满，更受到了中国国内其他各党派和具有民主自由思想的知识界的批评。一位美国驻华文化官员在翻阅了这本书后，说他“实在感到震惊”，他“从未见到过有谁为达到某种政治目的而如此卑劣地竭尽歪曲历史之能事”。昆明的一些大学教授认为：这本书“是对著书立说的学术界的一种公然侮辱”，他们“带着蔑视和受辱的神情称它为无聊的废话”。
中国共产党对《中国之命运》提出了猛烈的批评。1943年8月16日，周恩来在《论中国的法西斯主义——新专制主义》中指出：“蒋介石的国家观，是伪托民族国家或全民政治之名，行大地主大资产阶级及一党专政之实，更确切地说，是新专制主义的个人独裁，是法西斯主义的特务统治。”周恩来认为，蒋介石的政权实已非常虚弱，“甚至连一党的专政也不敢采用，而愈要采用恐怖的手段，实行特务的统治和个人的独裁。”周恩来表示，“今天的世界究竟不同了，世界法西斯主义正走向死亡，中国法西斯主义决难独存”，中国人民决不会接受蒋介石的那一套。
《中国之命运》所鼓吹的“一个领袖”的主张，正是蒋介石在实际政治生活中所竭力追求的。在国民党和国民政府内，蒋介石个人独裁倾向的发展明显加快，权力日益集中于其一人之手。1943年，国民政府主席林森病逝，蒋介石接任主席职。林森在位时，曾嘲讽自己是“监印官”，位尊而无权。蒋介石接任后立即修改《国民政府组织法》。1943年9月，国民党五届十一中全会通过了新的《国民政府组织法案》，使原来虚位制的国民政府主席负实际政治责任。新法案规定：“国民政府主席为陆、海、空军大元帅”，“国民政府主席对中国国民党中央执行委员会负责，五院院长对国民政府主席负责”。而此前的规定是国民政府主席“不负实际政治责任，并不兼其他官职”，“行政院长负实际行政责任”，“在宪法未颁布以前，行政、立法、司法、监察、考试各院，各自对中央执行委员会负其责任”。蒋介石在抗战期间先后担任国民党总裁、国民政府主席、军事委员会委员长、行政院院长、四行（中央银行、中国银行、交通银行、中国农民银行）联合办事处主任、四川省主席，以及中央大学、陆军大学、中央政治学校、警察学校等学校的校长，此外还有其他各种兼职，集各种权力、职务于一身。
国民党专制统治的结果是特务政治的盛行。国民党的特务组织主要分属于国民党中央执行委员会调查统计局和国民政府军事委员会调查统计局两大系统。抗战期间，它们虽也从事搜集军事情报、暗杀汉奸等工作，但镇压政治异己势力始终是它们的重要职能。它们在全国许多地方都设立了名为“特训机关”的集中营，用以迫害共产党人及有左翼思想的人士。1943年5月，“军统”与美国海军情报部门合作，在重庆设立了“中美特种技术合作所”，其开设的许多课程都是以共产党为假想敌，以破坏共产党的地下组织为实例进行演习。国民党还在机关、军队、学校、工厂及各种社会团体中建立特务组织。这些特务组织独立于其他机构之外。他们的行动往往不受法律的制约，随意关押民众，没收财产，在社会上造成恐怖气氛。如著名经济学家马寅初因主张对发国难财的人征收临时资本税、没收不义之财，结果自己就被特务绑架、拘禁。