与官府的贪鄙无能形成鲜明对照的是下层社会的**与活跃。尽管中国传统时代的社会组织从宏观上说相当稳定，但社会各阶层之间的流动始终存在。不仅地主与农民之间已不存在什么不可逾越的鸿沟，就连所谓天潢贵胄的帝王之后也不能世代保持其贵族身份与地位不变。为人们所熟知的一个典型，就是三国时代的风云人物刘备。史籍明载刘备为中山靖王刘胜之后，论起辈分，还是汉献帝的叔叔，但他本来的身份仅是布衣，“少孤，与母贩履织席为业”，实际上已沦落到了社会的最底层。战国时代的孟子说过：“君子之泽，五世而斩；小人之泽，五世而斩”，表明这位一代宗师以哲人的锐敏最早注意到这种社会流动的现象。唐人刘禹锡的“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”，则以美文学的诗句揭示了门阀贵族不过是历史的短暂插曲。秦末农民起义领袖陈胜的“王侯将相，宁有种乎”和《西游记》中孙悟空的“皇帝轮流做，明年到我家”，更以农民造反者的快人快语道出了居于社会下层的人们对至高无上的皇权以及将相之位的觊觎，当然同样也反映了他们对上层社会生活的向往和憧憬。
与其相应的是，作为社会下层群众的集合体的各种民间宗教组织和其他结社组织，也始终在滋生和发育着。到了清代，主要是在18世纪中叶以后，随着人口的空前增长，被现代学者称作“秘密社会”的各种教门、会党组织日益活跃起来。所谓秘密社会，是指那些具有秘密宗旨和教义，按照较为严格的秘密仪规从事特殊的宗教、社会和政治活动的秘密团体。但在本质上，秘密社会始终是作为被抛向社会底层的人们的自救互助性组织而存在，代表和反映了这些现存社会秩序造反者的利益、愿望和信仰。乾隆中期以后，中国日渐减缓的经济发展与缓慢而不断增长的人口之间的矛盾渐趋突出。城乡大量存在的所谓游惰人口，以及农村中为数众多的处于破产边缘的贫苦农民，成了秘密社会孳生的最好土壤。
清代的秘密社会名目繁多，但大体上可归结为以白莲教为主体的教门系统和以天地会为主体的会党系统两大类。根据第一历史档案馆军机处录副奏折相关案卷目录的记载，清代的教门主要有白莲教、在理教、先天教、无为教、大乘教、清茶门教、八卦教、天理教等各种名目，而会党则有天地会、三合会、三点会、双刀会、小刀会、哥老会、江湖会、花会等各种名目，总计有215种。如果加上各地方志和其他文书的记载，估计不会少于三四百种。当然，这其中包括了同一组织的许多变名。而这些众多教门、会党的名目，绝大部分是在1755年（乾隆二十年）以后才出现的。
教门与会党在社会成分、组织结构、思想信仰和地区分布等方面，都有一些差别：
首先，秘密教门的领导常是一些有文化知识的衙门书吏、被革生员、星相医卜、和尚道士之流，其基本群众是农民、手工业者、矿工、水手、城市贫民等；会党的头目大多是散兵游勇、江湖侠客，其基本群众主要来自破产劳动者游民。
其次，秘密教门通常采取传教的方式吸收徒众，大多根据农村聚族而居的社会结构，按照血缘关系、姻亲关系、乡土关系需求发展，一般是由教主、教师直接传教于门徒弟子，即“口传密授”，并以烧香施符为招募徒众的不二法门；会党则采取开山立堂、结盟拜会的方式招募群众，凡持传抄印发的会簿、票布，即可纠集伙众，十百为群，不序年齿，结拜兄弟。
第三，秘密教门的宗教色彩较浓，大都宣扬弥勒佛下凡和劫变观念，崇奉“真空家乡，无生老母”等信仰，以入教可以“免劫保家”动员群众，抗议现实的苦难，向往美好的未来；会党的宗教色彩比较淡薄，虽然也崇拜关公等偶像，但主要是将其作为忠义的典范，宣扬“桃园结义”、“梁山根本”、“瓦岗威风”，比较注意现实的利益，很少幻想虚无缥缈的未来彼岸世界。
最后，秘密教门主要分布在中国的北方，华北地区黄河流域特别盛行，秘密会党主要活跃于中国的南方，天地会在福建、两广、湘赣等地特别活跃，哥老会在长江流域各省尤其昌盛，因此有所谓“北教南会”之说。但这也是相对的。清代白莲教在南方活动较少，但并没有绝迹。而其在南方势力的日渐削弱，主要是与会党在南方的崛起有关。
白莲教的起源，可追溯到南宋时期的白莲宗。其初创时是融合佛教天台宗识法和净土宗弥勒念佛等信仰的净业团体，在传习过程中逐步形成了劫变观念和弥勒降世信仰，发展到明季又吸取了罗教所创“真空家乡，无生老母”的信仰。所谓真空乃宇宙永恒之根本，为万物之源；所谓无生即不生不灭。无生老母为宇宙之至高无上之神，也是人类的祖先。她在天地初开之时，曾遣九十六亿皇胎儿女下凡投奔东土。但这些皇胎儿女贪慕尘世荣华，受了物欲之迷，失却本性。无生老母怜其儿女，欲招其返回家乡，侍养身旁，享极乐世界，乃于青阳、红阳二期，降下大道，差遣诸佛，下凡临世，搭救众生，仅度四亿儿女，剩下九十二亿皇胎儿女要尽在红阳、白阳变换世界之时，普降差遣弥勒佛度回家乡。由此可见，白莲教的相关信仰，对于社会下层群众为摆脱贫穷苦难的孜孜追求，有着莫大的鼓舞。但其“无父无君”的叛逆思想却为统治阶级所不容，清王朝对白莲教等“邪教”严行禁止，对其“为首”、“为从”之人都加以残酷镇压。然而白莲教的各支派在清代还是得到了广泛的传播，其反叛的活动也不时发生。
1774年，山东寿张等县年岁歉收，地方官额外加征，引起民众不满，传习清水教的王伦自称“真紫微星”，乘势起事，并先后攻陷寿张、阳谷、堂邑、临清等地。王伦起事虽仅历时一个多月便遭到清朝政府军的镇压，但其发生在承平已久的所谓盛世，因而对统治当局仍不啻是晴空霹雳，引起了很大震动。
乾隆末年，因各种社会矛盾的激化，白莲教的各支派又乘势而起。仅湖北、四川、陕西、河南边界地带，就有混元教、西天大乘教、收元教等三大支派在活动，其活动方式由秘密转向公开，其活动内容也逐渐由宗教传布转向组织群众性的政治斗争。白莲教势力的迅猛发展，引起了清朝官府的恐慌，清政府于1794-1795年相继捕杀了这三大支派的绝大部分首领，其各派分支组织也几乎被破坏殆尽。各地官吏以收捕白莲教徒为借口，株连无辜，对民户强行敲诈勒索，不遂所欲，即诬以邪教治罪，激起广大人民群众的义愤。1796年（嘉庆元年），湖北的白莲教徒以“官迫民反”为号召，首先揭竿而起，很快便席卷川楚陕等省。这次大起义，前后历时9年之久才告失败，参加群众多达数十万，抗击了清王朝从全国16个省调集的军队，使清政府耗费了2亿两军饷，相当于当时4年的全国财政收入。川楚陕白莲教大起义，成了清王朝由盛转衰的分水岭。
此后，又有1813年波及河南、山东、直隶三省的天理教起事。这次起事，虽为时不到两个月，但有内廷太监参与，且一度突入紫禁城内，因而被嘉庆帝认为是“汉唐宋明未有之事”。他于起事的第三日即颁朱笔《遇变罪己诏》，指出“变起一时，祸积有日”，并为此斥责了中外臣工“因循怠玩”的大弊。但他也吸取以往株连无辜的教训，一再强调“但诛叛匪，不诛邪教。……其平日虽系习教，而此次并不谋逆，亦不深究”，并要求“刊刻简明告示，广为晓谕”。
白莲教等秘密教门由于植根于贫苦民众之中，即使某个地区的某个组织被消灭了，它的教义、教仪仍会传下来，并改头换面，在其他地区重新出现。其教徒也极其顽强，即使一部分遭到屠戮、充军，其幸存者也会继续从事传教的活动。白莲教在嘉庆末年一度消沉后，于道光年间又有所表现。北方各省都屡有发现习教传徒以及起获经卷的案例上报。道光帝在1832年（道光十二年）说：“习教传徒，久干例禁，近来匪徒故态复萌，实堪痛恨，必应密速查拿，认真办理，以期净绝根株。”但其有生力量毕竟遭到摧残，且一经发现，即遭查禁，已不可能再掀起大规模的群众抗争活动。
与北方秘密教门系统的渐趋衰微形成强烈对照的，是南方秘密会党系统的日益活跃。
清代最主要的秘密会党为天地会，活跃于南方数省及海外华侨中间。其名取自“一拜天为父，二拜地为母”之意，会内则通称洪门。传说中的天地会起源甚早，为明朝遗老于康熙年间所创，且以“反清复明”为宗旨。所谓洪门，也被认为取自明太祖年号洪武。天地会内部的秘密文件《西鲁序》等也透露其可能创立于康熙年间。但这些显然晚出的传说或文件，并不能为天地会的真实起源提供可靠的依据。档案史料则表明，天地会起于1761年（乾隆二十六年），为福建漳浦县的洪二和尚，即万提喜，俗名郑开所创。福建漳、泉一带，为南明政权反抗清王朝的最后基地之一，也是清王朝禁海令的直接受害地区，“民情犷悍”，其纠众结会习俗久已有之。《清实录》中所提及的清代早期会党，如小刀会、父母会等，就都发生在漳州府属之长泰、漳浦、海澄等县，前者且有驻军之兵丁参与其中。天地会吸收了这些早期会党的组织形式和结拜方式，但又独创了“开口不离本，出手不离三”，“取烟吃茶，俱用三指”，以及“木立斗世”等暗号。“五点二十一”或“三八廿一”则暗喻洪门，也是天地会特有的象征。
天地会成立之初，即在闽粤、闽浙的边界地区迅速传播，并图谋举事。1768年，在漳浦县发生了以卢茂为首“编造诡名悖逆诗词，并分散花蓝布号，煽诱各村庄愚民，聚匪百余人，欲图抢劫县城”的事件，惊动了清廷。乾隆帝下令“务即密速查拿，尽法严行惩治”，“毋令一人漏网。不但首凶宜正显戮，即助逆各犯，亦当按律骈诛，不得稍存姑息之见”。但在暗中指使的万提喜还是漏网了。1783年，福建平和人严烟将天地会传入台湾。1787年1月（乾隆五十一年十一月），台湾即爆发了天地会发动的有数十万群众参与的大起义。起义军建号“顺天”，并推举为人慷慨豪爽的林爽文为大盟主。举事之初，即杀死残民以逞的台湾知府孙景燧等贪官污吏。其起义告示说：“照得本盟主因贪官污吏，剥民脂膏，爰是顺天行道，共举义旗，剿除贪污，拯救万民。”又说：“本盟主为众兄弟所推，今统雄兵猛士，诛杀贪官，以安百姓。贪官已死，其百姓各自安业。惟藏留官府者死不赦！”清王朝花了一年多时间，先后调遣福建、广东、广西、浙江、湖南、四川、贵州等7省10余万兵力，动用军费1000万两，才将其镇压下去。清王朝于此总算认识到天地会动员和组织群众的能力。“靖台湾”之举被乾隆帝自诩为十全武功之一。《大清律例》中更具体规定了惩办天地会的律例。但天地会还是从福建、台湾一带传至浙赣、两广、两湖、云贵等广大地区，甚至传布到南洋。其名目则有添弟会、三点会、三合会、仁义会、串子会、双刀会等数十种之多。其结拜仪式和隐语暗号等渐趋严密复杂，反抗官府（反清）的意识也渐趋强烈。原在四川的啯噜会也在天地会的影响和渗透下，逐步发展为晚清时期在长江流域具有很大势力的哥老会。其后进一步发展为以“青红帮”并称于世的“红帮“（”青帮”与漕运和罗教有关，乃是从教门系统发展演变而来）。
天地会能在南方取得支配地位，并继白莲教之后成为最活跃的秘密社会组织，有其历史的原因。乾隆年间兴起的天地会，似乎更具有“近代”的色彩。它以开山立堂、结盟拜会的方式招募群众，标榜“忠义堂前无大小”，成员彼此之间以哥弟相称，一般会众也“多得与闻秘密之事”。至少在形式上看，天地会要比以传教的方式吸收徒众、实行教主的家长制统治的教门更“民主”些。天地会宗教信仰淡薄，注重现实的利益，也更适合那些流动性很强的“江湖”游民的需要，从而在一定程度上折射出中国南方商品交换的发达和人口流动的频繁。
天地会的组织形式也很具有生命力。它的各个山堂互不隶属，彼此独立，但又有一套相互识别、联络的暗号隐语。不同山堂的弟兄也有相互协助的义务。这使得它在处境恶劣时便于隐蔽分散，保存有生力量，不致一网打尽，条件适宜时又能迅速传播扩散，相互联络一气，造成极大声势。