一 慈禧太后专权体制的确立
在这一阶段中，清朝中央政府权力结构的变化主要有两个，首先是慈禧太后个人专权体制的确立，其次是总理各国事务衙门权力的扩张和定型。
朕奉两宫皇太后懿旨，本月初五日据蔡寿祺奏，恭亲王办事徇情、贪墨、骄盈、揽权，多招物议，似此劣情，何以能办公事！查办虽无实据，事出有因，究属暧昧，难以悬揣！恭亲王议政之初，尚属勤慎，迨后妄自尊大，诸多狂傲，倚仗爵高权重，目无君上，视朕冲龄，诸多挟制，往往暗使离间，不可细问，每日召见，趾高气扬，言语之间许多取巧妄陈。若不及早宣示，朕亲政之时何以用人行政。凡此重大情形，姑免深究，正是朕宽大之恩。恭亲王著毋庸在军机处议政，革去一切差使，不准干预公事，以示朕曲为保全之至意。至军机处政务殷烦，著责成该大臣等共矢公忠，尽心筹办。其总理通商事务衙门各事，宜责令文祥等和衷共济，妥协办理。以后召见、引见等项，著派醇郡王、钟郡王、郛郡王四人轮流带领。特谕。
二 总理各国事务衙门权限和官制的确定
至于总理衙门的权限，1898年（光绪二十四年）该衙门大臣奕劻曾陈述道：“我朝庶政分隶六部，佐以九卿，嗣因交涉日繁，复特设总理各国事务衙门，专办外交及通商事件。如法律隶刑部，税计、农商、矿政、造布事隶户部，学校事隶礼部，工务事隶工部，武备事隶兵部，铁路、邮政、游历、社会等项，亦均由臣衙门随时筹办。”继而又有刑部郎中沈瑞琳总括其职权说：
该衙门之设也，……不仅为各国交涉而已，凡策我国之富强者，要皆于该衙门为总汇之地，而事较繁于六部者也。夫铨叙之政，吏部主之，今则出洋大臣期满，专由该衙门请旨，海关道记名，专保该衙门章京，而吏部仅司注册而已。出纳之令，户部掌之，今则指拨海关税项，存储出洋公费，悉由该衙门主持，而户部仅司销核而已。互市以来，各国公使联翩驻京，租界约章之议，燕劳赉赐之繁，皆该衙门任之，而礼部主客之仪如虚设矣。海防事起，力求振作，采购战舰军械，创设电报邮政，皆该衙门主之，而兵部武库、车驾之制可裁并矣。法律本掌于刑部，自各国以公法相持，凡交涉词讼之曲直，悉凭律师以为断，甚或教案一出，教士多方袒护，畸轻畸重，皆向该衙门论理，而刑部初未与闻也。制造本隶于工部，自各国船坚械利，耀武海滨，势不得不修船政、铁政，以资防御，迄今开办铁路，工作益繁，该衙门已设有铁路、矿务总局矣，而工部未遑兼顾也。是则总理衙门之事，固不独繁于六部，而实兼综乎六部矣。
自同治十三年海防议起，鸿章即沥陈煤铁矿必须开挖，电线、铁路必应仿设，各海口必应添洋学格致书馆以造就人才。其时文相目笑存之，廷臣会议皆不置可否，王孝凤、于莲舫独痛诋之。曾记是年冬抵京叩谒梓宫，谒晤恭邸，极陈铁路利益，请先试造清江至京，以便南北转输。邸意亦以为然，谓无人敢主持。复请其乘间为两宫言之，渠谓两宫亦不能定此大计。从此遂绝口不谈矣。
1876年（光绪二年）文祥死后，虽增补了沈桂芬、李鸿藻、王文韶三位汉人官员为军机处和总理衙门大臣，但其素质和才能也均平庸低能，甚至还不如文祥。沈桂芬既是王文韶的业师，又是推荐者，两人一脉相承，皆以“应付之法”为术。至于李鸿藻，则如李鸿章所言，不仅“才短”，且于“洋务甚为隔膜”。每当总理衙门议事时，“王大臣十余人，莫有所主，惟视恭亲王言动为进止，王一启口，则群声相应，无一语得其要领”。因此，到1880年（光绪六年）之后，总理衙门已成为朝野士流攻讦的众矢之的，如清流派要员张佩纶曾公开批评他们：身为“谋国者，自居贫弱，而视敌为富强，颇有苟安之心，惮为远大之举。是故，言和则唯，言战则否；言偿款则有，言军饷则无；言调兵分防则勉为补苴，言增兵大举则相顾色骇。充此数弊，事机坐失，劳费转增。”
最高统治者和领导机构的这种平庸低能状况，既使在镇压太平天国中崛起的地方功臣大员扩展势力和自办洋务有了机会，也使作为这一时期主流的洋务新政不能形成为举国一致的国策和行动，各派各系各自为之，或为营造自己的派系和地方势力，或为牟取自己和集团的私利。