明崇俨事件的第二年春，太子李贤随二圣游少室山，一家三口看起来其乐融融。可是，一回到东都洛阳，武则天就开始“摘瓜”了。
太子本来在长安监国，武后命他随驾洛阳，李贤以为武则天要害死他，因此迟迟不肯动身，整天胡思乱想。果然，这次他前往东都真就出了大事。他这副心中有鬼神情不宁的样子，当然逃不过武则天的眼睛。她又伤心又怨恨：我的亲生儿子竟然怀疑我！竟然对我有这么深的敌意！你怎么不想想你的太子之位是谁给你的？一旦登基翅膀硬了，那还得了！
其间，太子做了什么史书上没有记载，但是永隆元年（680年）八月，武后却突然使人告太子贤谋反。高宗只好命令中书侍郎薛元超、黄门侍郎裴炎与御史大夫高智周等详查太子贤谋反事件。
这场东宫大搜捕，令太子贤和东宫学者们猝不及防。
不多时，众人在东宫马坊里搜出了惊人的物证——“甲胄数百领”！
藏这几百套甲胄干什么？难道李贤要谋反？
这时候，娈童赵道生在审讯中招认：是太子让他带人去杀的明崇俨！
这也许是事实，也许是酷刑之下的“自白”。这个疑点，永远也搞不清了。但这个罪，对太子来说并不太严重，不过就是唆使杀人。
比较严重的——几百领甲胄从何而来？
如果藏盔甲是事实，那武则天就不是小题大做。按照唐律，严禁个人与单位私藏武器，甲胄也在禁止之列。包括府兵，平时都不能存有武器，武器全部存于兵器库，出征打仗时再发给。冷兵器时代，谁要是藏个大刀长矛什么的，犹如现在民间私藏飞机大炮，那是相当危险的。《擅兴律》规定，百姓私藏盔甲一领，判徒刑一年半；若私藏三领，就处死。
这次在东宫一下搜出几百领盔甲，李贤是无论如何也洗不清的。
后世有人怀疑这些盔甲是武则天栽赃陷害，毕竟这种事武则天也不是没干过。但栽赃多半是偷偷塞入龙袍、印玺、文告这类小玩意儿。而现在的这几百领盔甲，用一队兵卒也得搬一阵子，这种大张旗鼓的栽赃如何掩人耳目？
当然，藏盔甲不等于就是谋逆，但说你谋逆，你是无法辩解的，不谋逆你藏盔甲干什么？
杀人、谋反，人证、物证全在。按照大唐法律和宫中的家法，“太子不德与庶子谋嫡并弃之”。
病重的高宗得知李贤杀人、谋反的事，几乎承不住这个打击。他偏爱这个聪明机智、身体强壮的儿子，由李贤接替他的皇位，他死也能瞑目了。他怎么也想不明白，好好的孩子怎么会出了这种事？
武后看着重病的李治，也有些迟虑，但还是坚定地说：“作为人子竟然想暗害父母，这种事情天地都不能容得！大义灭亲，古有明训，怎么能够赦免！”高宗以为皇后要处死太子，激动地说：“但，贤儿是你的儿子啊！”武后知道了丈夫的意思后说：“诏书我已派人起草了，他不再是太子……”武后说到这里几乎哽咽，“从小咱们那么爱他，赚了个谋反的结果，现在不加惩罚，以后会怎么样？后世又怎样看待我们？”
永隆元年（680年）八月，李贤被废为庶人，幽禁于宫中。又把从太子贤宫中搜出来的盔甲在洛阳天津桥南公开焚毁，向天下证明太子贤并没有受冤屈。
武则天对李贤的这个处理，被后世有些史家激烈抨击，说是“居心狠忍”。从人伦之常来看，当然可以这样说，但此事涉及的是古代的“政治正确”，武则天这样做，不仅在那个时代有她的法理依据，而且与今日很时髦的“程序正义”也很吻合。况且，接班人不合格就搞掉，这种事情还罕见吗？如果他很傻很天真，那么后果就会很严重。
李贤的那些狐群狗党，一个也没跑得了，全部伏诛。最先被拉出问斩的，是李贤曾非常宠爱的赵道生，东宫的相关官员们也受到不等的处分。
前面说到的那个只知哄太子开心的刘讷言，他的《俳谐集》在这次查抄中被搜出，高宗翻阅过后，大怒。这个不尽责的刘老师，因此被打发到振州（今海南三亚）面朝大海反省去了。
负责注释《后汉书》的左庶子张大安，以阿附太子罪被贬为普州（今四川安岳县）刺史。
高政，也就是给李贤痛说长孙家史的那个。他向李贤散布谣言，鼓动他仇视皇后，罪不容诛，但造谣蛊惑毕竟不犯死罪；而且他是长孙无忌的外甥，还是高士廉的孙子。高宗念及这双重的亲戚关系，就饶了他，把他交给他父亲高真行去教育。然而，这事的结果让李治大吃一惊。在政治高压之下，有的臣僚为了避祸，实在是反应过度。
高政他老爸高真行是负责保卫宫禁的左卫将军，很受信任。现在家中出了这么个逆子，真是又恨又怕，竟然和几个亲族一起，动用家法把高政给杀死了！而且杀得特别惨烈：高政刚进门，高真行把早已准备好的佩刀刺进喉咙，因他在左卫将军，刀法一定很好；高政的伯父、户部侍郎高审行又把佩刀刺入他的腹部；高政痛得哀号不止，堂兄高璇便用佩刀砍下他的头，然后把尸首拋到路上。只能说，极端的专制足以泯灭人性！
这应该不是高宗的本意，高宗听了这件事很生气，认为做得太过分，把高真行贬为睦州（今浙江淳安县）刺史，高审行贬为渝州（今重庆市）刺史。
其他的东宫属官，可能是由于罪责不大，皆免罪，各复本职。中书侍郎兼太子左庶子薛元超反戈一击，及时投靠了武后，留住了乌纱冠帽，
因为太子谋反之事受牵连的大概十多人。那些未获罪的太子宫属官们，个个高兴得手舞足蹈，唯有李义琰心情不好，因自责而泫然泣下。他深悔未能引导太子走正道，又没能瞒得住武后，以致李贤垮台，武后专权的局面仍将继续下去。
为缓和一下气氛，也是安慰病重的高宗，武后上表免除了杞王李上金和鄱阳王李素节的罪行，以上金为沔州刺史，素节为岳州史。（李上金是后宫杨氏所生，封杞王，后因犯罪被免官，禁于澧州。李素节是萧淑妃生，幼时为高宗喜爱封雍王，后淑妃失宠，被贬为申州刺史，降封鄱阳郡王，软禁于袁州。）义阳、宣城二公主曾被武后指婚给翊卫，也被放于外地。武后也请高宗下诏召回，封给官职。如此一做，议论稍为平息。
后来在永淳二年（683年），也就是高宗去世的那年，李贤又被迁至遥远的巴州（今四川巴中市）幽禁。
走的时候，太子妃和三个儿子也随行，一家人行装简陋，衣衫破旧，仆人们的装束就更狼狈了。以至于新太子李显心中不忍，上表请求，每年春秋由官府发一点儿衣服给他们一家，以示照顾。昨日鲜衣怒马，望之若仙；今日鹑衣百结，不及匹夫。
从此，这个聪明机智、满可继位的李贤，再也没能离开那闷热潮湿的地方。直到他三十二岁死在那里。
嗣圣元年（684年），武后三易年号，嗣圣元年改为文明元年，文明元年又改号为光宅元年。这一年，高宗驾崩，中宗李显继位不久就被武后废黜，另立幼子睿宗李旦。睿宗柔弱形同傀儡，武后自此完全把持朝政。
睿宗即位初，武后派左金吾将军丘神勣前去校检废太子李贤的宅第，李贤在流放地自尽。武则天得知后，大为惊骇，斥责丘神勣误会了自己的意思。于是，贬丘神勣为叠州刺史。但根据两《唐书》记载，李贤之死很可能出于武后的懿旨，这又成了一桩扯不清的官司。李贤死后，武后下旨以亲王礼在流放地下葬。
几天后，在宫城南侧的显福门进行了李贤的举哀仪式，文武百官排列于显福门左右两侧，以三声低泣和三声大哭抚慰死者的在天之灵。朝臣们遥想当年太子贤英武的仪态和不羁的微笑，已经是模糊不清了。仪式只是仪式而已，死者不在洛阳宫城，被葬埋于巴州荒凉的黄土之下，与追悼者本来就各处一界了。
神龙元年（705年），武后驾崩，中宗李显重新继位。唐中宗念及兄弟之情，第二年重开墓室，将李贤的遗体迁回长安，以亲王礼陪葬于高宗和武则天合葬的乾陵。经历了这么多年的分别，这对父子、母子，该是怎样的惆怅呢？如果真能地下有知，大概双方都会后悔曾经的举动吧。公元712年，李贤遗孀房氏病故，唐睿宗下旨追赠李贤为“章怀太子”，房氏为“章怀太子妃”，合葬于太子墓。