一 台湾民众的反割台斗争
《马关条约》签订的当天，台湾民众即从台湾的洋行处获悉割台的消息。“凶耗达于台，台人骤闻之，若夜午暴闻轰雷，惊骇无人色，奔走相告，聚哭于市中，夜以继日，哭声达于四野。”次日，总理衙门将割台已成定局的情况正式电告署台湾巡抚唐景崧，令唐出示劝令全台绅民，“勿得逞忿一时，致罹惨害”，“免滋事端，致碍大局”。清政府漠视台湾广大民众权益，将台湾割让日本的行径，立即激起了全台绅民无比愤慨，一场波澜壮阔的反割台运动迅速在全台范围内兴起。这次运动的重要领导人是前工部主事丘逢甲。
丘逢甲（1864-1912）又名仓海，字仙根，号蛰仙。所著诗文常署“南武山人”或“海东遗民”。南宋末年丘氏先祖定居广东嘉应州镇平县（今蕉岭县），清乾隆年间曾祖迁居台湾彰化县。丘逢甲出生于台湾苗栗县。1889年中进士，授工部主事。因无心仕途，告假省亲，回台湾主讲台中、台南各书院。中日战争爆发后，丘逢甲对日本侵占台湾的野心十分警惕，首倡组织义军，防范日军进犯。1895年3月，丘逢甲正式组成义军10营，奉命防守台北后路。
割台消息传至台湾的第二天，丘逢甲立即请唐景崧代奏，质问朝廷：“和议割台，全台震骇。自闻警以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽二百余年，所以养人心士气，正为我皇上今日之用。何忍弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战？臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民惟有开仗，谨率全台绅民痛哭上陈。”
4月19日，唐景崧接到总理衙门复电，大致谓：“割台系万不得已之举，台湾虽重，比之京师则台湾为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。又台湾孤悬海外，终久不能据守。”又言：“交割台湾，限两月，余限二十日。百姓愿内渡者，听；两年内，不内渡者作为日本人，改衣冠。”此电传出后，台北绅民罢市抗议，拥入巡抚衙门，哭声震天。唐景崧鉴于台湾绅民强烈反对割台，接连电奏吁恳，两月之内达20次之多。甚谓：“祖宗缔造之艰，史册具在，传至二百余年，失自皇帝之手，天下后世谓皇上为何如君？他日更何以见祖宗于地下？臣为祖宗守土地，惟有与台为存亡，不敢奉皇上割台之诏。”又质问道：“弃地已不可，弃台地百数十万之人民为异类，天下恐将从此解体，尚何恃以立国？且地有尽，敌欲无穷，他国若皆效尤，中国之地可胜割乎？”清廷仍以和议已有成说，悉置不答。
丘逢甲等绅士连日会商固守之计。众皆认为：“万国公法有民不服某国可自立民主之条，全台生民百数十万、地方二千余里，自立有余。”前驻法参赞陈季同提出“民政自主，遥奉正朔，拒敌人”之策。这一主张得到丘逢甲赞同。5月15日，丘逢甲等以全台绅民的名义电告总理衙门及各省大吏，表示了“自主保台”的决心。电文说：
台湾属倭，万民不服。迭请唐抚院代奏台民下情，而事难挽回，如赤子之失父母，悲惨曷极！伏查台湾为朝廷弃地，百姓无依，惟有死守，据为岛国，遥戴皇灵，为南洋屏蔽。惟须有人统率，众议坚留唐抚台仍理台事；并请刘镇永福镇守台南。一面恳请各国，查照割地绅民不服公法，从公剖断，台湾应作何处置，再送唐抚入京，刘镇回任。台民此举，无非恋戴皇清，图固守以待转机。
清廷竟然不顾台湾绅台的吁请，于5月18日令李经方前往台湾，与日本使臣商办交割台湾事宜，表示“中国并无不愿交割之意”。20日又下诏“将唐景崧开缺，令其来京陛见，并令文武各员陆续内渡”。至此，台湾绅民终于完全绝望。
5月21日，丘逢甲等台湾绅士集议于台北筹防局，确定了自立民主之策。遂铸金印一颗，文曰：“民主国之宝印”；制长方形“蓝地黄虎”旗，“虎首内向，尾高首下”，以示面向大陆，臣服中朝。共议推唐景崧为总统。25日，丘逢甲率绅士齐聚巡抚衙门，向唐景崧献国旗及总统印。唐景崧身着朝服，北面受任。“台湾民主国”正式宣告成立，改年号为“永清”，寓永远隶属清朝之意。当天，唐景崧致电总理衙门：“台民前望转机，未敢妄动，今已绝望，公议自立为民主之国……遵奉正朔，遥作屏藩。俟事稍定，臣能脱身，即奔赴宫门，席藁请罪。”同时发布文告，晓谕全台：“当此无天可吁，无主可依，台民公议自立为民主之国”。“惟是台湾疆土，荷大清经营缔造二百余年，今须自立为国，感念列圣旧恩，仍应恭奉正朔，遥作屏藩，气脉相通，无异中土。”台民亦张贴布告称：“今已无天可吁，无人肯援，台民惟有自主，推拥贤者，权摄台政，事平之后，当再请命中朝，作何办理。”表示誓死保卫台湾：“惟台湾土地政令，非他人所能干预。设以干戈从事，台民惟集万众御之。愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台。”
唐景崧对外称“台湾民主国总统”，对内则仍称“抚台”。总统之下设立内务、外务和军务三个衙门，任命俞明震为内务大臣、陈季同为外务大臣、李秉瑞为军务大臣，诸大臣对内则称“督办”。其余地方民事，仍由府、厅、县照旧办理。此外，还设立了议院，推举台湾首富大仆寺卿林维源为议长。但林维源辞不就任，仅推举了数名议员。众人又推举台湾军务帮办刘永福为大将军、丘逢甲为台湾义军统领。台湾民主国的成立，完全是台湾广大绅民在清政府弃台不顾的情况下，为了保卫台湾不被日本侵占而采取的保卫祖国领土完整的一种特殊的民间抗日举措，是为保台而建立的抗日救亡政权，并非是要脱离中国而“独立”。
清政府割台时，台湾的守军有100余营，4万余人，团练义军共3万余人。饷银器械方面，除藩库存银40万两外，署两江总督张之洞奏拨100万两，士绅林维源捐助100万两，向民间借了20万两，其他富商巨室也捐助了一部分。库存炮药土药有4万多磅，各炮台储有一定火药。毛瑟枪弹有280多万发。但在台湾的防务上仍呈现出不利形势。唐景崧出于个人猜忌以及守军内部不和，将刘永福所率黑旗军调往台南，道员林朝栋所部10营调往台中，而以临时招募的广勇驻守台北，削弱了台北的防务。清廷更是谕令在台官员限期内渡，福建水师提督杨岐珍、台湾镇总兵万国本及统兵官廖得胜、余致廷等先后率部退回大陆，致使清军营数大为减少。
当台湾官绅自主保台之际，日本也做侵占台湾的准备。5月10日，日本政府任命海军大将桦山资纪为台湾总督兼军务司令，率军占领台湾。6月1日，李经方乘德国商轮“公义”号抵达台湾海面，次日，日本政府所派台湾民政局长水野遵与李经方商定台湾交割文据，并由桦山资纪署名盖章。在此之前的5月29日，日军已经发动了对台湾的进攻。
攻占台湾的日本陆军有两支：一支由台湾总督桦山资纪亲自指挥的总督府直属部队，共6700余人；另一支由陆军中将北白川能久亲王指挥的近卫师团，共14500余人。5月27日，两支日军搭乘运兵船在军舰护航下在琉球中城湾会合，桦山即命令近卫师团进攻台湾，选定在三貂角附近海湾登陆。29日下午，日军近卫师团开始在三貂角附近的澳底登陆，驻守此地的清军仅有总兵曾照喜新募的两营，在日军进攻下很快溃退。30日，日军占领通往基隆的险要之地三貂岭。奉命前来防守的弁目吴国华率粤勇400余人与日军探骑相遇交火，击退敌人。6月2日，日军一部向瑞芳镇进犯。督办全台营务处俞明震、记名提督张兆连和陈得胜、广东守备刘燕等率所部守军顽强抵抗。双方发生激战，陈得胜战死，俞明震、张兆连负伤，清军战死30余人，被俘30余人，日军死伤19人。瑞芳镇失陷。3日，日军主力分三路向基隆发起进攻，因力量悬殊，守军且战且退，至下午5时，日军攻占基隆港，同时又进攻扼基隆至台北的通道狮球岭。知县胡友胜率粤勇4营孤军苦战，至下午6时，狮球岭失守。
外围险要尽失，台北危在旦夕。在此危急关头，清廷于6月2日竟以“现在和约既定，而台民不服，据为岛国，自己无从过问”为由，谕令东南沿海各省督抚对向台湾运送兵勇军械之事“设法禁止，免滋口实”。这给台湾官绅的保台活动带来十分不利的影响，驻守台北后路的总兵余清胜即以不敢违背清廷旨意为由率所部5营投敌。
6月4日，基隆、狮球岭失守后的溃兵涌入台北城，官民乱作一团。俞明震力劝唐景崧退守新竹，与林朝栋、刘永福两军会合，以图再举，唐未采纳。缉捕营官李文奎冲进抚署，要求唐景崧亲往八堵督战。唐见大势已去，急忙从抚署后门脱身，微服潜入沪尾德国洋行，两天后乘德国轮船内渡厦门。唐景崧逃走后，台北人心惶惶，溃兵抢掠藩库存银，城内火光四起，秩序大乱。丘逢甲闻唐景崧内渡，痛哭怒言：“吾台其去矣！误我台民，一至此极！景崧之肉，其足食乎！”他派出义军指望阻止溃兵的抢掠以维持局面，但终因力单不支而无力挽救，只得率义军撤退至台中，在新竹一带继续抗击南侵的日军。后日军以丘逢甲首倡台湾自主，“嫉之甚，严索之”。丘逢甲不得不辗转离台内渡，临行前写下了悲愤的《离台诗》六首，其中两首写道：“宰相有权能割地，孤臣无力可回天。扁舟去作鸱夷子，回首河山意黯然。”“卷土重来未可知，江山亦要伟人持。成名竖子知多少，海上谁来建义旗？”表明他仍然对台湾回归祖国寄予无限期望。
6月7日，日军占领台北。9日，日军占领沪尾。11日，北白川能久率近卫师团司令部进驻台北。15日，桦山资纪从淡水乘火车抵达台北。17日，设台湾总督府于台北，并举行所谓“始政典礼”。后来，日本政府便视此日为其在台湾殖民统治的开始，定为所谓的“始政纪念日”。
二 台湾军民浴血抗日
台湾民主国失败和官绅纷纷内渡之后，吴汤兴、姜绍祖和徐骧领导的三支义军以及刘永福率领的黑旗军成为抗击日军、保卫台湾的中坚力量。
占领台北的日军决定向位于台北南面的新竹发起进攻，企图打通南侵的道路。新竹原无防营驻守，台北失陷之前，防军傅德升、谢天德部北上驰援，抵达新竹。义军吴汤兴、徐骧、邱国霖、吴镇洸等部以及前台湾镇总兵吴光亮1个营、提督首茂林和傅宏禧各2个营，亦会集于新竹，共1万余人。众推吴汤兴为抗日义军首领。6月11日，吴汤兴集众列营，祭旗誓师。次日又发布告示，揭露日军侵略罪行，号召人民奋起抗战，然后率义军由新竹沿铁路北上，以迎击南侵之日军。因吴汤兴义军皆来自新竹、苗栗二县，故有“新苗军”之称。
日军近卫步兵第2联队第4中队沿铁路南下，沿途强征台民为夫役，运送辎重。6月14日日军占头亭溪，所征夫役全部逃走。日军一面派兵进驻中坜以为据点，一面南下至大湖口火车站前扎营。此时，义军已经切断了日军后路。吴汤兴、徐骧率义军从东、西两面发起攻击，日军仓促应战。“日军恃众，惟发排枪，弹如雨下，鲜命中。吴军多山民，善狙击，弹无虚发，日军仆者相续。”至16日凌晨，日军始突围退回中坜。21日，日军后续主力凭借优势炮火反扑至大湖口车站，遭到义军顽强抵抗，未能得手。22日，日军径攻新竹。义军在饷械不济的情况下奋力苦战，牺牲50余人，击毙日军14人；为避免更大伤亡，暂时撤出城外。在此之前，新竹县知县王国瑞及提督首茂林第2营已经弃城内渡。新竹失陷。
占据新竹的日军很快陷入城外义军的包围，不断遭到义军的伏击。6月23日，义军300多人三面围袭日军的中坜兵站，激战5小时。25日，50余名义军在头亭溪竹林中伏击护送粮食的日军骑兵小队和步兵中队，打死打伤日军10人。同时，义军五六百人向新竹发起反攻，战斗持续5小时多。义军的袭击使日军南下进程受阻，迫使桦山资纪改变既定的“南征”计划，企图先行扫**这一带的抗日义军，控制台北新竹间的局势，并发布《台湾人民军事犯处分令》，规定凡抗拒日军、破坏交通等一律“罪当死刑”。
在此期间，还有三支抗日义军活跃于台北、新竹之间。第一支以胡嘉猷为首，他们于6月28日、7月1日两次在安平镇抗击日军进攻，打死打伤日军40余人。第二支以苏力为首，他们于7月13日在三角涌附近伏击并全歼日军一支35人的护粮队；两天后，再次伏击日军骑兵队，打死敌人19人。第三支以江国辉为首，他们于7月13日在福德坑、大嵙崁一带围袭南侵日军，造成日军粮食断绝。7月16日，南侵日军集中大部兵力实施报复，纵火焚烧大嵙崁市街。因敌我力量悬殊，义军最后失利。苏力突围后内渡。江国辉被俘后英勇就义。同时被俘的150余名义民也全部被日军用刺刀刺死。
台湾民主国任命的台湾府知府黎景崧受抗日义军的影响，也召集台湾、彰化、云林、苗栗四县官绅组织“新楚军”4营，以副将杨载云为统领。吴汤兴所统率的新苗军则已发展为6营。两军配合作战，共同打击敌人。7月10日，抗日联军集中兵力对新竹发动规模更大的第二次反攻。新楚军将领傅德升、陈澄波分别率队攻东门和西门，吴汤兴率义军攻南门，杨载云随后策应，徐骧、姜绍祖则分别从北路、东路攻城。从上午8时起，各路义军先后发起进攻，反复争夺，战斗激烈。在日军猛烈炮火的轰击下，义军既无大炮又乏枪弹，只得陆续撤退。姜绍祖率队刚至城下，即遭到日军三面合围。姜绍祖率余部退入一宅院继续抵抗。日军以大炮轰击，又纵火烧房。义军50余人被烧死及枪杀，姜绍祖等119人被俘，囚于新竹县监狱。次日，姜绍祖与7名义军战士成功越狱。不久，姜绍祖在一次抗日战斗中壮烈牺牲。7月25日，吴汤兴、杨载云率军对新竹发动第三次反攻。日军凭借优势火力固守，义军伤亡惨重，仅牺牲者即达130余人，最后被迫南撤。
义军的失利除了兵力分散、武器落后以及缺乏统一指挥之外，内部矛盾重重也是一个重要的因素。台湾府知府黎景崧自攻新竹之后，出于拥兵自雄的私心，不愿请刘永福的黑旗军北上增援，坐失良机。苗栗县知县李烇因筹饷事与吴汤兴发生不和，双方俱禀刘永福以求公断。刘永福遂派部属吴彭年前来台中协调。7月19日，吴彭年率黑旗军700人抵达彰化。黎景崧又拉拢随吴彭年前来的副将李维义担任新楚军的统领，李维义遂分带黑旗军300人而去。这不仅排斥了吴彭年的领导作用，也使李烇与吴汤兴的矛盾未得及时化解，而多谋善战的新楚军统领杨载云则无端被撤职，这一切给继续抗日的前景蒙上了阴影。
8月8日，伏见贞爱亲王率领日军第2师团混成第4旅团从基隆登陆后进入台北城，侵台日军的军力大大增强，使集结于新竹的近卫师团可以全力进攻抗日联军。当天，在军舰的配合下，日军近卫军团分三路倾巢出动，向抗日联军的前沿驻地尖笔山发起进攻。当时，新楚军和新苗军仅有兵力约5000人，仅为日军兵力的1/3.在日军猛烈进攻下，抗日联军被迫后撤。10日，日军又向新楚军大营所在地头份街发起猛攻。大营很快被日军攻破，李维义急忙逃脱。杨载云拼死力战，中弹殉国。13日，日军前卫部队向集中于苗栗东畔山上的抗日军发起猛攻。吴彭年率部力战，击退敌人多次冲锋。黑旗军亲兵营管带袁锡清、帮带林鸿贵奋勇抵抗，双双阵亡。战至下午4时，吴彭年见伤亡过重，便下令南撤至大甲。苗栗知县李烇则事先奔逃，后内渡福州。14日上午，日军占领苗栗。
日军占领苗栗后，即开始进攻台中北面的大甲。吴彭年和徐骧率部预先在大甲溪一带设伏。8月22日，日军涉水渡河，刚一上岸，即遭到吴彭年所率伏兵的突袭，仓皇败退，回渡及半，徐骧率伏兵又从对岸树林中杀出。日军腹背受敌，溃不成军，伤亡惨重。这一仗，抗日联军击毙日军50余人，缴获大量枪械。吴彭年收兵途经海口，又夺取了停泊港内的数艘敌军粮船。大甲溪阻击战是黑旗军与义军联合抗日的成功范例，极大地鼓舞了台湾军民的抗日斗志。日军不甘心失败，于23日再次猛攻大甲。黑旗军与义军正与敌鏖战之际，驻守后路大营的李维义竟然弃营而逃。吴彭年、徐骧因后路为敌所断，被迫率部退守彰化，大甲溪遂被日军占领。
退守彰化的吴彭年率有黑旗军1个营及新楚军4个营，吴汤兴、徐骧各率有新苗军1个营。吴彭年见兵力不足，电请刘永福派兵增援。刘永福所派黑旗军4个营及旱雷营1个营从台南抵达彰化，守军兵力有所增强，总共有3000余人。吴汤兴以彰化城东险要八卦山为布防重点，依靠此天然屏障进行阻击。
8月27日夜，日军近卫师团主力从距黑旗军驻营仅1.5公里的大肚溪上游偷渡成功，直扑八卦山东侧。次日晨5时半，日军开始向黑旗军正面防线炮击，掩护6个中队的步兵分3路向八卦山炮台发起攻击。东路战斗十分惨烈，吴汤兴、徐骧身先士卒，麾军力战。吴汤兴不幸中弹牺牲，守军伤亡殆尽。徐骧率余部20余人从后山突围。7点10分，八卦山落入敌手。正在西路督战的吴彭年见八卦山竖起日旗，立即亲率黑旗军300人夺山。日军居高临下，猛放排炮密弹。黑旗军伤亡惨重，吴彭年身中数弹，壮烈牺牲。黑旗军守备王德标坚持抵抗，直至闻彰化失守，方才突围撤退。在此之前，彰化知县罗树勋及其子云林知县罗汝泽出城逃匿，后内渡福建。知府黎景崧偕李维义循海至台南，后又逃往厦门。
日军占领彰化后，分兵三路继续南侵。台中诸城皆失，台南形势危急。刘永福所部能战之兵不足10营，且粮饷匮乏。为了抗击来犯之敌，刘永福重新部署兵力，派王德标率亲兵营守嘉义，令副将杨泗洪节制诸军，北上御敌；同时招抚各地义军首领，号召各地乡民“联庄”抗日自卫。于是，台南各地义军首领纷纷应招。刘永福檄大莆林义军首领简成功总统义军11营，与义军林义成部合为一军，联合抗敌。
9月初，杨泗洪率黑旗军与义军北上反攻，将驻守大莆林的日军骑兵大队及步兵第2联队第2大队包围，采取声东击西战术，使日军无法突围。9月6日，黑旗军和义军对大莆林发起攻击，日军拼死突围，杨泗洪率军截击，重创敌人。激战中，杨泗洪不幸中弹牺牲。日军北撤，退至彰化县境的北斗镇，抗日联军乘胜收复台中之云林县。
三 台南保卫战
抗日联军收复云林后，继续与日军在浊水溪对峙近一月，困守北斗的日军陷入抗日联军的包围袭击之中。进驻彰化的日军伤亡及患病者甚众，据9月份统计，仅患霍乱、痢疾、脚气等病的官兵即达4274人，占近卫师团作战人员编制14569名的近1/3.日军难以继续南侵。对抗日联军来说，战局有望出现转机。然而由于长期的激烈战斗，黑旗军和义军损失过大，粮饷不济，兵力不足，也无力组织有力的反攻。相反，日本政府为了尽快占领全台湾，从辽东半岛抽调第2师团共3.4万多人，增援近卫师团，使侵台日军总兵力达到约4.5万人。同时组成“南进军司令部”，任命台湾副总督高岛鞆之助中将为司令官，重新制订了作战计划，决定以近卫师团全部出彰化，经嘉义，正面进攻台南；第2师团主力分别从基隆、大连湾乘船，在澎湖岛集结，然后从台南的前侧面和后背面登陆发动攻击。
10月3日，陆军中将北白川能久亲王率近卫师团出彰化南下，一路遭到抗日联军的阻击。北白川能久严令各部队限期到达嘉义。8日，日军三面包围嘉义，次日发动总攻，以炮火轰毁东、西城门，突入城内。黑旗军和防军顽强抵抗，因力量悬殊而不敌，王德标率余部撤退至曾文溪，嘉义知县孙育万奔回台南。日军攻陷嘉义。
日军第2师团则于10月10日分两路自澎湖岛出发。伏见贞爱亲王率混成第4旅团乘19艘运输船，由“浪速”等3舰护卫，从台南前侧面的布袋嘴港登陆；陆军中将乃木希典率第2师团大部乘30艘运输船，由“吉野”等5舰护卫，于10月11日从台南后背面的枋寮港、蕃仔仑间登陆。“吉野”等6艘军舰则进攻台南重要海口打狗港，从三面形成对台南的合围。
嘉义失陷，台南成为孤城。刘永福曾一再派人渡海向两江、闽浙、两广总督告援，清廷却严令禁止运粮械济台，使之陷入外援既断、粮饷告罄的困境。刘永福不禁仰天悲叹：“内地诸公误我，我误台民。”正在无计可施之际，代表洋商利益的英国驻台南领事胡力穑向刘永福提出议和之策。刘永福无奈之下，通过胡力穑于10月10日转交致日舰队司令官有地品之允中将函，表示愿意停止抵抗，但须与日军先立条约，要求日军不得加罪残害台湾民众，不可侮辱所部兵勇、随员，并照会闽浙总督派船运返内地。次日又致函桦山，再次提出“戢兵息火，伸修和议”。高岛代表桦山复书拒绝刘永福议和之请，要求刘永福“唯有自缚前来求哀于军门之一途”。10月13日，刘永福致书高岛说：“如不愿进行和议，本帮办自不必安抚各民，各民既不服，自必相率诉以决战。不得民心，空取其土地，竟有何用？且双方一旦攻战，胜败之数，岂能预期？唯有残害生灵耳。本帮办系本爱恤人民之意，始出于此和议。即使本帮办无以取胜于此战，亦可率旧部退入内山（番地），或尚可支持数年，且不时出战，此地岂能安居乎？”表示若不允和议，即将率部继续抵抗。
侵台日军登陆后，立即遭到台南军民的抵抗而推进迟缓。10月11日，从布袋嘴港登陆的日军在南进途中遭到当地乡绅林碧玉率领的义军的顽强抵抗，林与其长子皆英勇战死。日军伤亡亦不少。10月13日，日军1中队行至东石村时又被义军七八百人包围，激战7小时，日军死伤19人。
从枋寮港、蕃仔仑间登陆的日军当天上午首先进攻东港、枋寮间的加冬脚，第4联队第3中队行进至加冬脚村头，立即遭到黑旗军的猛烈狙击而陷入困境，伤亡52人。最后增援的日军赶来并纵火烧村，才迫使黑旗军撤退。10月14日，日本1大队和1中队进至东港附近的桥沟溪一带，遭到清军的伏击，伤亡94人。19日上午，日军第2师团的1个大队北进至二层行溪南，风山义军首领郑清率部潜伏于甘蔗地里狙击日军。日军以大炮猛轰，激战3小时，义军40余人英勇战死，郑清始率余部退入山中。
日军凭借兵力和武器上的优势，从海陆两面发动猛烈进攻。10月14日上午6时40分，日本舰队司令有地率“吉野”等6艘军舰向打狗炮台发动攻击，掩护陆战队乘20余只汽艇强行登陆。刘永福之三子刘成良指挥守军还击，因不敌日舰的猛烈炮击，被迫率部撤回台南。下午4时18分，日军完全占领打狗炮台。
日本混成第4旅团从北路向台南急速推进，于10月18日上午向王爷头发起进攻。王爷头为海岸道路之要冲，前面有急水溪及广漠的平野战地，又有为防潮水或划盐区而设的高2-3米的堤坝，为阻击敌人的有利地形。李翊安奉刘永福之命率翊字军2营在此防守，与4营义军配合，出没于布袋嘴附近，威胁日军的粮道，袭击日军守备队，使日军南进严重受阻。日军从上午6时开始进攻，遭到翊字军及义军的顽强抵抗，至下午5时，日军始攻占王爷头。这一仗日军死伤22人，其中大尉以下军官6人。翊字军及义军则阵亡300多人。
日军逼近台南府城北路的最后一道防线曾文溪，此地距台南仅17公里。刘永福急令总兵柏正材统军并兼领王德标七星队及林义成、简精华等义军，以及徐骧所率先锋营700人赶至曾文溪严密布防，总兵力共4000多人，准备进行最后的抵抗。
10月19日凌晨，日军混成第4旅团以两个中队佯攻黑旗军正面阵地，伏见贞爱亲率7个中队从曾文溪上渡涉渡，于晨5时逼近黑旗军右翼，发起猛攻。守军急起应战，拼死抵御。徐骧率部与敌激战，大呼：“丈夫为国死，可无憾！”不幸中炮牺牲。总兵柏正材随之阵亡，王德标下落不明，林义成、简精华突围而出，守军战死200余人，伤者更众。
与此同时，从南部登陆的日军第2师团所属第3旅团直逼台南后路，台南完全陷入日军南北夹击、三面包围之中，危在旦夕。10月18日，刘永福召集部将会议，决议“退守关帝庙庄，据山以守”。次日，曾文溪失守消息传来，刘永福到白莲庵求神问签，“见签语不佳，郁郁不乐，仍无决断主裁，且粮饷已罄，人心已变，将有哗溃之虞”。适两广总督谭钟麟派人带信来，促刘永福内渡。刘永福“睹此情形，无论如何，拼死亦要内渡回也”。当夜，刘永福率其子刘成良及部属10余人乘英国商船的“爹利士”号内渡厦门。日舰“八重山”闻讯追赶，在厦门口外约20公里处赶上。因刘永福藏于船长舱内，躲过搜索。10月22日，刘永福在厦门上岸，后赴广东。
10月20日，“吉野”等4艘军舰驶进安平港内。次日黎明，日军第2师团前卫司令官山口素臣率部从小南门进入台南府城。10月27日，桦山资纪发布告示，声称“台湾全岛已全部平定”。
在这次侵台战争中，日军付出了惨重的代价。侵台日军近4.9万人，随军夫役2.6万多人，战死者4600余人，负伤者约2.7万人。日军近卫师团长、陆军中将北白川能久亲王及第2旅团长、陆军少将山根信成也在侵台战争中患重病而死。侵台日军死伤的人数比甲午中日战争中死伤的人数多了近一倍。
日军占领了台南后，台湾民众的抗日斗争并未停止，继续坚持了长达七年之久的抗日游击活动，涌现出一批著名的抗日志士，特别是北部的简大狮、中部的柯铁虎、南部的林少猫，被称为抗日义勇军中的“三猛”。直到1902年，在日军的残酷镇压下，台湾民众自发的抗日斗争才转入低潮。
四 日本殖民统治的建立
日本侵占台湾后，一面残酷镇压台湾民众的反抗斗争，一面建立对台湾的殖民统治机构。日本内阁设台湾事务局，内阁总理大臣伊藤博文、参谋总长川上操六分任正、副总裁。1896年3月，台湾划归拓殖省管辖。日本在台湾实行总督制，总督府设台北。日本政府在任命桦山资纪为台湾总督的同时，颁布了《关于赴任之际的政治大纲的训令》。1896年3月又颁布《台湾总督府条例》，规定台湾总督为管理台湾的最高军政首脑，授予独裁统治的特权。总督府初设民政、陆军、海军三局，并设参谋部，以参谋长辅佐总督，并监督各局之业务。全岛行政设三县（台北、台中和台南）一厅（澎湖），县下设支厅。第四任总督儿玉源太郎统治时，总督府内改置警察本署及总务、财务、通讯、殖产、土木五局，行政则改为府、厅两级制，全岛及澎湖共设20个厅。
1896年4月，日本政府颁布了第一部统治台湾的基本法《关于在台湾实施法令之法》（即是年的《第六十三号法律》，简称《六三法》），明确授予台湾总督颁布具有法律效力的命令即律令的权力，使台湾总督成为集行政、立法、司法和军事为一体的独裁者。在日本统治台湾初期的10余年间，台湾历任总督依据《六三法》颁布的律令达174件，以血腥的暴力手段强化了日本当局在台湾的殖民统治。如1898年11月颁布的第24号律令，即《匪徒刑罚令》，规定对反抗日本殖民统治的台湾民众，轻则施以徒刑，重则处以死刑。根据这一血腥法令，仅1898-1902年短短几年间，惨遭屠戮的台湾同胞就多达11900余人。1911年梁启超应台湾士绅林献堂之邀赴台考察，目睹台湾总督的独裁统治，曾深有感触地说：“此间百无所有，惟有一总督府耳。总督，天帝也。”
为了强化对台湾民众的统治，日本殖民当局在台湾建立了严密的警察制度。1895年9月28日和10月7日，日本警察759名分两批抵达台湾，开始建立各级警察机构。总督府内的内务局升格为内务部，成为专管警务的机构；又分别在台北县、台中县和台南县设立警察部，在澎湖设置警察课，在其他重要枢纽地区的基层行政机构内设置警察署。至1896年7月，各级警察机构共配置警力230名、巡查1387名，共计1617名。1897年6月，日本第三任台湾总督乃木希典颁布《三段警备法》，将台湾山地划分三种地带，即山泽、村落以及两者之间的中间地带，分别由军队、警察以及宪兵与警察负责警备。1898年，第四任台湾总督儿玉源太郎宣布废除《三段警备法》，将维持和治理台湾社会治安权力全部移交警察机关，进一步扩大了警察的权力。1901年，日本殖民当局在台湾地区设置的各级警察机构已达1043所，警察人数为10043名。警察以日本人为主体，虽然从1901年起也录用台湾人，但数量很少。警察除执行一般的警务外，还担负保甲、行政、户口、刑决、收容、取缔、卫生、税捐、征役以及外事等种类繁多的特别事务。日本殖民当局通过建立严密的警察制度，对台湾民众的思想和行动实行无孔不入的全面钳制。所以，台湾的行政系统，“虽是总督府——各厅各课——人民，而事实上，总督透过警察与人民相接，以巡查充任税务、卫生、农政等诸般政事，人民耳目所见之官吏，唯有警察而已”。
1898年8月31日，台湾总督儿玉源太郎发布第21号律令，制定《保甲条例》，实行“以台治台”政策，继承和强化了台湾旧有的保甲制度，其组织为10户1甲，10甲1保，各置甲长和保正1人，协助警察维持治安，整理户籍，改良风俗，缉捕罪犯，并规定保甲内所有居民订立约规，负有连坐责任，强迫居民互相监视，互相告发，以加强日本的殖民统治。
殖民当局对台湾人民实行高压统治的同时，开始推行对台湾的经济掠夺、控制和整顿的政策。总督府下设财务局，管理台湾经济。占领台湾初期，因殖民当局军费浩繁，日本政府对台湾财政实行补助。儿玉源太郎任总督时提出“殖产兴业”为中心的20年财政计划，通过发行公债，筹集资金，兴办铁路、邮电、港口等官营企业以及其他民间企业来谋求台湾的财政独立。为实现以上目标，事先开展了土地和林野调查、币制改革以及建立金融体制和交通体系等“基础工程”，以奠定殖民地经济的基础。
1898年，总督府在台湾设置“临时土地调查局”，公布《台湾地籍令》和《土地调查规划》，对台湾的土地资源及其所有权进行了历时6年的普查。1904年宣布取消一切大租权，由官方对大租权人发给补偿金。1905年又公布《土地登记规则》，强迫农民进行土地所有权申报，凡不能证明所有权的土地概归官有。土地调查的结果，田园面积从调查前的366987甲增至633065甲，赋课收入由86万余元增至298万余元，确立了一地一主的近代土地制度，为总督府的财政提供了重要的财源。1895年日本殖民当局颁布《林野取缔规则》，规定“凡无地契及其他可资证明其所有权的山林原野，悉为官有”。据此，除土著居民居住的“番界”以外，大批林野被殖民当局所霸占。
殖民当局通过设立银行和改革币制，将台湾金融体制也纳入了日本的体系。1899年经殖民当局特许设立的台湾银行成为日本殖民统治时期的最高金融机构，取得了代理金库和发行纸币的特权，并在台湾各地遍设分支机构，开展存放款、贴现和汇兑等金融业务。台湾银行创立之初的大部分资金用于认购公债和向当局贷款。1900年发行的2210万元公债，全部由台湾银行认购。其后共再发行15次，由日本国库和台湾银行共同认购。1905年以后，产业和贸易金融业务才逐渐开展。1904年6月，台湾银行发行金币兑换券，后来取消了银币的流通，将台湾的币制完全纳入日本的体制。
殖民当局还通过对台湾外贸关税政策的调整，企图截断台湾与大陆的经济联系。1899年，废除清政府制订的《协定关税率》，另行颁布《改定关税定率法》，提高15%税率，以阻止与大陆的贸易往来。迫使台湾对外贸易由传统的对大陆输出为主，转向对日本输出为主，台湾遂成为日本专用资源的供应基地。
为推行“殖产兴业”的政策，总督府拟发行6000万元公债，1899年经日本帝国议会修正，削减为3500万元。1899年开始投资建设基隆、高雄的港口，1908年完成南北铁路405公里。在发展官营事业的同时，又吸引日本财团投资台湾制糖业。1900年12月，在当局提供6%年息的保证下，三井会社出资100万元成立台湾制糖株式会社，并于次年在台南桥仔头建立台湾第一家现代化制糖厂。同时也一度鼓励本地人设立小型糖厂和改良糖廍，但随后即支持日资糖厂对小型糖厂和改良糖廍实行收购和兼并，使台湾糖业成为日本人的一统天下。总的说来，“殖产兴业”政策主要有利于殖民当局的官营事业和日本财团的民营企业。
为掠夺台湾的资源，殖民当局在台湾普遍实行商品专卖制度。1896年3月设立台湾制药所，对鸦片实行专卖。1899年5月和8月，设立台湾盐务所和台湾樟脑局，对食盐和樟脑实行专卖。1901年6月正式在总督府内设立专卖局，下设8个专卖分局、11个办事处，并附设有6个专卖品制造工厂、3个实验工厂和1处度量衡所，共有员工2.7万余人。殖民当局通过对鸦片、樟脑、食盐、酒类和烟草等商品实行专卖，低价购进，高价售出，攫取厚利。专卖收入始终成为总督府财政岁入首位，从1897年的14.5%增加到1905年41%。
鸦片的专卖政策尤其反映了殖民当局对台湾民众的掠夺和残害。鸦片在日本国内是禁食的毒品，亦严禁在台湾的日本军人和日本居民吸食，殖民当局规定凡提供鸦片及吸食器具给日本军人和居民者均处以死刑，但却允许甚至鼓励台湾人吸食，规定凡经过台湾总督府指定的医院医生鉴定，而获准领取鸦片吸食许可证的台湾人便可到台湾专卖局特设的专卖商店购买、吸食。专卖政策使台湾吸食鸦片的人数从1897年的5万多人迅速增加到1901年的17万人。总督府通过垄断鸦片的制造，然后以比成本高3倍的价格销售，攫取了高额利润。1897年鸦片专卖收入153.98万元，1902年增至300.84万元，1906年又增至439.55万元。
学校教育方面则实行民族差别教育。将小学教育分为小学校、公学校和教育所三种，小学校师资、设备最好，专收日本学童；公学校师资、设备较差，专收台湾儿童；教育所由警察担任教学，专收“番族”儿童。1902年，台湾总督府的教育支出中，小学校学生人均教育经费为67元，而公学校学生的人均教育经费仅36元。小学校按日本国内的统一教学大纲，对学生进行系统的教育；公学校则以普及日语为其主要教学内容，汉语课每周仅开2课时。中等教育最初完全为适应在台日人升学需求，开设有台北中学和台南中学。在台湾士绅的一再要求下，直至1915年才允准台湾人出资设立台中中学，收台湾人子弟入学。学校采行日本式管理，教学内容侧重于台湾地方需要的实用性科目，以满足殖民地建设对中、低级人力资源的需求。师范教育早期是国语学校附属的师范部，分专收日本学生的甲科和专收台湾学生的乙科。1899年始设立独立的师范学校，只限于培养初等教育的师资，中等以上学技师资均来自日本国内，或是日本国内大学毕业的台湾人方可担任。对日本殖民当局在台湾推行的教育，日本人也直言不讳地说：“大体上，即以将作为中华民族的台湾人同化于日本为其根本方针。”
日本虽然通过军事、政治、经济和文化的种种高压政策，在台湾建立起殖民统治，但台湾人民反抗殖民统治的斗争从来没有停息，从民众自发的武装起义到地方绅士领导的议会请愿运动，从青年学生的抗日活动到以工农大众为主体的民族解放运动，此起彼伏，连绵不断，用鲜血和生命在近代中国人民反帝斗争史上写下可歌可泣的篇章，充分表现了台湾人民时刻都与祖国的命运连在一起、渴望回归祖国的爱国情怀。