在巢湖水师尚未前来归附的时候，元璋就已先行筹划起水军的事情了，用元璋的话说就是要未雨绸缪。
元璋特意派了人前去引诱蛮子海牙麾下的水军统领们，要他们来自己这边互市，结果趁机扣下了其中十九个善于操练水军的小头目，恩威并施之下令他们归附，让他们教授诸军习练水战。巢湖水师来附后，元璋即又命廖永安、张德胜、俞通海等人担任水军将领。
不久，为了检验训练效果，元璋决定演练一把，于是他亲率水军于峪溪口向蛮子海牙所部发起主动挑衅，并排开了阵势做出大打的准备。蛮子海牙见状，轻蔑地笑道：“狂妄小儿，以这几条破渔船就敢挑衅我大元水师！”
蛮子海牙立即领军出战，虽然元军战船高大，但行动有所不便，这已在元璋等人的预料之中。这时，廖永忠便对元璋建议道：“副帅，我水军船只虽小，利在灵活多变，可采用群狼斗猛虎之术！”
元璋当即采纳了这一建议，但见廖永安等人操舟如飞，左右奋击，对元军水师进行了各个击破，竟一举大败骄狂的元军。
这一战大大增强了众人南渡的信心。接着，元璋便准备乘新胜之威实施渡江计划，他立即召集诸将商议，其中不少将领都提议应当“直趋金陵”。
众人的这种想法已在元璋等人的预料之中，于是他示意冯国用站出来解释道：“鉴古才能知今，自古以来有无直趋金陵而侥幸得胜的？有是有的，但皆因事起仓促，长江江防未备，金陵城防也不周，如那宋高宗初年，便是如此！当时金军大举南下，在采石与慈湖两地受阻，又转而从马家渡寻求突破，此时皆因镇守金陵（时称建康府）的杜充颟顸无能，才令金军侥幸成功！”
“俺晓得那杜充，岳爷爷在他帐下时着实受了他不少气，这厮可不是什么好人，最后还投降了金国！”花云笑着插言道。
“是的，这杜充暴戾恣睢、刚愎自用，是个坏事之徒，文臣中的败类！”冯国用喘了口气，继续道，“其后三十年，金主完颜亮几十万大军南犯，眼见金陵一带防备森严，他只得挑选了一条老路，这就是咱们今天要说到的采石矶！想那隋朝灭南陈时，隋朝大将韩擒虎（也就是李卫公的舅舅）便是先行率军夜渡袭占了采石矶，后直陷建康拿住了昏庸无能的陈后主……不过好在南宋出了个主战派文官虞忠肃公允文，他当时虽然官卑职小，可硬是率领不足两万的队伍击败了十倍于己的强敌，取得了采石之战的大捷，不仅保住了南宋半壁江山，也让金主完颜亮死于非命！采石之战可谓气壮山河，震古烁今，大长了我中华志气！”
冯国用介绍完了历史教训，元璋便道：“如今江上戒备森严，那金陵城更是不容小觑，诸位想想，可有何进图良策？”
刚才还说得热闹的众人，此时都不言语了。当时郭天叙、张天祐、邵荣等人也参与了会议，郭天叙略有些不耐烦地说道：“元璋，有什么想法你就赶紧对大伙说吧，渡江之事是你发起的，你全权处置即可！”
“是啊，我等听你调遣就行了！”张天祐附和道。
“好，感谢主帅和右副帅的信任！”元璋拱了拱手，继续道，“欲取金陵，必自采石矶始，国用兄刚才也向大家说明了。采石矶才是南北的喉襟要害之地，一旦得了采石，才可进一步图谋金陵！”
“金陵就在咱们几十里处，采石可是在咱们二百里处，为什么绕那么远呢？”花云依然不解。
冯国用耐心解释道：“先绕道攻采石，那金陵守敌就鞭长莫及了；得了采石，我等才可以水陆两路人马进取金陵，如此胜算才大，此乃高屋建瓴之计！得了采石，也可以由此堵截住长江上游来敌，这样我等就不用担心三面受敌了，花老弟，明白了吗？”
花云思虑了一番，笑着应道：“这回俺老花有些明白了，刚才您的话太文，左副帅的话太绕，哈哈。”
众人跟着哄笑了起来，就这样大致确立了南渡方略。散会以后，元璋便对李百室、冯国用和徐达等亲信说道：“此番南下，如果在金陵立得住脚，可就算咱们鲤鱼跳过龙门了！可要确保万无一失啊！”
“副帅放心，我等必得天助！那蛮子海牙已经证明不是我等的对手，渡江成功已有九成的把握！”冯国用慨言道。
“副帅放心，我部早已摩拳擦掌、枕戈待旦了，但求必胜！”徐达慨言道。
“如今诸将齐心，乃是成功之象！”李百室补充道。
队伍就要南下了，元璋最放心不下的自然就是家属的事情，为此他回家后又特意对秀英叮嘱道：“此番不同于到他处，一旦被官军的水师封锁住，那我们彼此的联系就要中断，所以夫人自己要多加小心才是！我部过江之后，夫人可听从咱的号令，也护送家属们赶快渡江，良机稍纵即逝，千万不要拖延！”
“放心吧，你在前方多打胜仗，我们在后方才安全！”秀英果决地说道。
“还有一桩咱最放心不下的，如今天气炎热，途中又多舟车颠簸……”
秀英抢在元璋之前道：“嗯，我知道的，是小红吧！她身孕已有八九个月了，眼看就要临盆，我一定会加倍细心地照顾她的！你做好你分内的事情就好，如果小红有个三长两短，你唯我是问！”秀英知道此次南渡关系重大，所以她打起了十二分精神来，一应家事都管了起来，务必不让元璋多分心。
见秀英这么有把握，元璋便欣然道：“好，夫人办事，咱比对自己还放心！”
就在这时，朱文正吵吵着要见四叔，元璋便把他叫了进来。文正一进门便激动地说道：“此番渡江南下，四叔让侄儿也出战吧！”
元璋打量了侄子一番，面有难色道：“你小子才学了不到一年，武艺不精，你还是先留在后方保护家属吧，这里任务也很重！”
“后方家属的事，有耿再成他们呢！我武艺进步可大着呢，‘黑赵’师傅还夸我天分高、进步快呢，不信恁问婶娘！”
“的确进步很快，看来你们老朱家都是练武的好材料！”秀英在一旁对元璋笑道，接着她又转向了文正，“不过这往后日子还长着呢，战乱在十年八年以内恐怕也不能平息，依婶娘看，你还是先消停一阵吧！正所谓‘磨刀不误砍柴工’嘛，何必急于一时！”
“就是啊，那刀枪剑戟可不是闹着玩的，轻者残疾，重者没命，老叔当初是走投无路才投军的，何况咱好歹也学了四五年呢！”说着，元璋站起身拍了拍文正的肩膀，“你婶娘这里，正是用人之际，指使别人都有不方便之处，保儿、文英、文辉他们也还小，都倚靠着你这个老大哥呢！”
但朱文正还是不依不饶道：“四叔你把那邓愈介绍给我，就是要咱向他学习嘛，人家邓愈老弟都出来打拼两三年了，我总窝在家里，不太像话，总要经历下锤打才能有助成长嘛！”
元璋颇有些为难，只得道：“好吧，我就退一步，你也退一步！渡江之战你不要参与了，等到攻打金陵城时你再参战吧！此战可是关乎我部的前途，你若立了功，咱们全家脸上就都有光了！”
文正想了一会儿，道：“好吧！多谢叔父大人成全！”磕过一个头后，他便转身离开了。
望着侄子远去的背影，元璋不禁叹息道：“这小子油盐不进，有点不讲道理，许是过于放纵他了，咱的话他都敢不听！”
秀英随之叹道：“二十多个孩子呢，我也照管不过来，再说这孩子也老大不小了，性子不易改了！”
一切安排妥当后，这年的六月初，元璋便亲率徐达、冯国用、冯国胜、邵荣、汤和、花云、常遇春、邓愈、耿君用、廖永安、俞通海等将领各引舟船南下，以此揭开了渡江战役的序幕。
借着夜幕的掩护，征南船队准备出河口入长江，向上游进发。这时，只见船队后面几十里处黑云蔽天，没一会儿便雷电交加，大雨倾盆而下。于是，船队不得不暂时靠岸驻停。
这似乎不是什么好兆头，大伙的心里不禁有些发虚！元璋也有些暗暗着急，他只得再次向上天祈祷，希望赶快云销雨霁。不过，元璋表面上仍显得泰然处之，一如平常；众人见他如此，很快便安定了下来。
所幸第二天天气就好多了，黎明时分，将要入江时，元璋特意把船队分成两支：一支右军由西南方向，一支左军由东北方向，以钳形攻势杀向牛渚矶a。在分派任务时，元璋特意对邵荣说道：“咱亲自率领左军，右军就交由邵将军负责吧！”
邵荣拱手道：“请副帅放心，我邵某不攻上牛渚矶，愿提头来见！”
“邵将军好魄力！”元璋又转而对大家强调道，“采石是一个大镇、重镇，那里的守备一定相当严密。可是整个牛渚矶前临大江，防线过长，元军难为备御，而今我们兵发牛渚矶，其势必克！”这既是给大家打气，也是要大家做好克服困难的心理准备。
当时西北风顺，舳舮齐发，云帆蔽江。见此盛壮情景，军士们无不欢跃，群情一片激昂。元璋与徐达、廖永安等人一路，当他们快到达牛渚矶时，风力越发强劲，船只很快便靠上前去。
离岸还有十几丈时，只见元兵都在矶上严阵以待，弓弩齐张，甚至他们头上的盔缨都能看得清清楚楚；而船上的元璋所部一时间竟也未敢轻举妄动，顷刻之间，战场上出现了一种奇特的静穆！
短暂的沉默之后，突然，岸上一个元军小头目大喊了一声“贼兵来了”，双方才好似猛然从梦中醒来。霎时间，一片箭雨从岸上铺天盖地地射出，船上众人纷纷举起盾牌遮挡住身体，急风暴雨般的声响过后，船头上落满了箭杆！
船上众将士爆发出一阵阵呐喊，喊杀声中，船队顶着箭雨，快速向岸边冲去。打头的几条船上的将士换乘小船陆续登岸，很快就与元军战成一团，由于后续部队登陆速度太慢，兵力不足的义军被元军压制在滩头上，一时无法打开局面。
徐达的船尚排在后面，他远远看到岸上情形有些不利，于是命令常遇春等人换乘小船立刻去支援，必须一鼓作气杀出条血路来。元璋正在船上着急之际，但见常遇春飞舸而至，元璋于是大声向他喊道：“如今可不正是你一展身手之机？成败皆在此一举！”
a 今安徽当涂西北长江边，北部凸出部分即为采石矶。书中提到的“太平路”即今当涂一带。
常遇春手持一支能刺能啄的长戈，他挥舞了一下长戈向元璋示意，乃应声而起，奋戈直前。
常遇春先从身边的兄弟手上取过弓箭，瞅准了几个元军头目，将他们一一射翻，可谓箭无虚发。他身边的十几个人都跟着大声吆喝起来，其他将士受此鼓舞，也跟着欢呼起来！
元军的士气受到了打击，常遇春随即带着蓝玉及手下十几个兄弟一气冲到了岸边。元军很快扑了上来，围住了他们，常遇春见状，奋起一跃跳到岸上，顿时便如虎狼入了羊群，杀得元军纷纷后退。蓝玉等人也乘机上岸，开始接应其他人马登岸。
元璋在船上看得分明，只见一身披挂的常遇春一往无前，身中数箭却浑然不觉，大呼着左冲右突，真如说书里常言的威震逍遥津的张文远，或者单骑陷阵的李唐王的绝世风采，可惜就是缺少了一匹般配英雄的宝马！
“看来有朝一日定要给遇春配上一匹宝马了！”元璋这样想着，便有些走了神儿，待他回过神来时，只见遇春一人就已杀得元军遗尸遍地，好不壮观。包围他的元军无法抵御其锋芒，纷纷躲闪，顿时慌乱起来。元璋忍不住大声赞叹道：“好个常遇春，果然是个打先锋的料！”
后军人马受此激励，纷纷下水登岸，一齐向矶上涌去，元军越发惊骇，纷纷后退。
登陆区域越发扩大，徐达、花云、冯国胜等部也趁势杀上了牛渚矶，局面逐渐落到了元璋部的掌控之中，经过一个多时辰的激战，力不能支的元军终于溃退而去。大家乘胜追击，直扑采石，此时右军在邵荣的带领下也已成功登陆，左、右两军的主力会合后，居然不到半天时间就成功地攻占了采石。
采石不一日即告失守的消息一经传出，沿江元军堡垒无不震动，竟有不少望风而逃者。元璋闻讯不禁欣喜道：“看来首战取得大胜的意义确实非同小可！”
大部分将士不仅不知道元璋整个渡江作战的计划，甚至连夺占太平路的计划都不知道。为了让手下将士努力奋战，战前动员时，元璋只是告诉大伙说：“眼前咱们的粮食出现严重短缺，只有过江狠捞一把才能解决粮荒，否则都得饿肚子。”因此大多数将士都以为此次进占采石，只是为了抢些元军囤积在此的粮食财物，于是大伙把能带走的东西都打包后，便嚷嚷着要起身返回。
其实元璋早就看中了长江南岸的太平路这片富庶、险要的重镇——它南靠芜湖，东北接集庆路，地势开阔，又东倚丹阳湖，而湖周围的丹阳镇、溧水、宣城等处皆物产丰富。若能据此以为基本地盘，那是再理想不过的；如果仅仅抢些粮草就回，那就等于捡了芝麻而丢了西瓜，简直是愚蠢透顶！
元璋先去找郭天叙、张天祐二人沟通，他首先问郭天叙道：“主帅，你还要不要回滁州？”
“当然要回啊，不然家属怎么办？”郭天叙不假思索地说道。
“如果家属的事情可以妥善解决呢，你还想不想回滁州？”
郭天叙望了望张天祐，张天祐沉吟半晌后道：“其实，如果我等真能在江南立住脚，这江南自古繁荣，也是不错的选择嘛！但是万一立不住脚呢？保有滁州一带的地盘，也是必要的！”
元璋态度坚决道：“舅父，那恐怕是很难的，一则长江限隔南北，互相难以救助；二则如果坚持要保住滁州一带，就须投入很大的力量，这就牵制住了我们南下的一部分手脚！所以，要江南还是要滁州，只能二选一！”
郭天叙和张天祐都陷入了艰难的抉择，郭天叙突然问道：“如果执意留在江南，那将士们会答应吗？”
“此事请主帅放心！”
郭天叙显然有些动心了，他突然想通了一个问题，便笑问：“这整个南下计划，是否都是你小子事先故意给我等设好的局？”
元璋笑道：“局不局的在其次，如果没有主帅和舅父两位的首肯，咱哪里敢擅自做主？又如何能擅自做主？”
张天祐拍了拍元璋的肩膀，下定决心道：“好！元璋，我们都遵从你的安排，只要能打下金陵，咱们就不走了！”
过后，郭天叙和张天祐又把元璋的想法向邵荣做了通报，邵荣并无异议，但是他心想：“那姓朱的如此滑头，把我等玩弄于股掌之上，你们两个如果还不及时醒悟，那早晚会把性命赔进去的！”
不过邵荣也知道，跟着郭、张二人走下去绝没有什么好下场，所以也就没有跟他们点破，只得任由其自生自灭；一旦郭、张二人不在了，那他们的旧部就得由自己与郭天爵接管，而郭老三摆明了就是一个傀儡，自己与元璋分庭抗礼也就有了实力。
邵荣是个有心人，他觉得元璋可以取法之处甚多，所以处处模仿元璋等人的作为，因此在治军和用兵方面也有了长足进步。目前，他各方面的能力已不输徐达，前番他率领右军顺利攻下牛渚矶，也是其才能的一次集中展现。元璋看在眼里，又喜又忧。喜的是己方又多了一名可以独当一面的大将，将来势必有助于进一步在江南开拓；忧的则是未来自己同邵荣的关系，所谓“一山难容二虎”，邵荣又绝非甘居人下之辈，将来如何了局，也是难说的。
自己跟邵荣的问题太过敏感，元璋觉得跟谁都不能说，就是秀英都不行，因为秀英太仁慈，必然反对自己的“小算计”。他还在等待一位特殊人物的出现，那个人将会在这方面替他分忧。