对于台湾取何种态度，也是清政府反复争论的问题，以鳌拜为首的保守势力极力压制进取台湾的主张，但是康熙皇帝一直主张进取台湾，在平定“三藩”之乱后，启用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划武装统一台湾。这样明清之际第二位主张台湾回归祖国怀抱的大将军、民族英雄施琅登上历史舞台，继承了郑成功统一台湾的千秋大业。而这位施琅将军却和郑芝龙、郑成功家族有着解不开的恩恩怨怨，但他终以统一大业为重，放弃私人恩怨，在血战澎湖消灭郑军海上主力，在形成强大军事威慑的前提下，以和平手段收复台湾，最终完成祖国统一大业。
据《清史稿·施琅传》记载：施琅，字逐公，福建晋江人。初为明总兵郑芝龙部下左卫锋。也就是说施琅早年也是追随郑芝龙的海匪出身。只是在老郑被明廷招安以后他才随芝龙担任了明朝的军职。顺治三年（1646年），清军进抵福建，郑芝龙投降，施琅追随也向清廷投降。随后随清军征服广东、勘定顺德、东莞、三水、新宁诸县。郑芝龙被清军掠去京城，郑成功背父坚持抗清流徙于东南海岛之间，曾经召唤施琅追随，施琅坚决不干。郑成功抓住了施琅，并扣押其家属。施琅设计脱身，施琅的父亲、弟弟、侄儿皆被郑成功所杀害。顺治十三年（1656年）施琅随从定远大将军世子济度击败郑成功于福州，因功受同安副将。顺治十六年（1659年）郑成功收复台湾，施琅提升为同安总兵。
康熙元年，施琅升任水师提督。这时郑成功已经去世。他的儿子郑经率兵攻打海澄，施琅派遣守备汪明等人率舟师在海门抵御，斩杀郑将林维，缴获战船军械。不几年，靖南王耿继茂、总督李率泰攻克厦门，郑军惊慌溃退，施琅招募荷兰水兵，以夹板船击溃郑经水兵，斩敌军首级二千余，乘胜取得浯屿、金门二岛，因功加右都督。康熙三年加靖海将军。
康熙十八年（1679年），郑经率师西征时，由其长子郑克臧奉命监国。克臧系郑经长子，生于康熙二年（1663年），系郑经之妾昭娘所生。由其岳父陈永华辅政。郑克臧年少，但明敏果断，有乃祖郑成功之风。在陈永华辅助下，郑克臧内戢兵民，外给粮糈，治理井井有条，凡事坚持原则，“虽诸父昆弟不少假”。郑经从大陆败归台湾后，仍委政于陈永华，由郑克臧监国。翌年（1681年）正月，郑经欲庆元宵，命居民张灯结彩，郑克臧闻讯，立即上启：“偏僻海外，地窄民穷，屡年征战，民不聊生。际兹清人整军备舰，准备东征，人心汹涌，何必以数夕之欢，而费民间一月之食？伏乞崇俭，以培元气，以永国祚。”郑克臧方正有为，使诸叔及奸邪之人深为畏惧，害怕由其继位，于己不利。因此，郑经一死，侍卫冯锡范便带头以传闻“监国非藩主（郑经）真血脉（系昭娘抱养之子）”为辞，与郑经之弟郑聪等人共谋，收回郑克臧监国之印，并杀之。当时郑克臧只有18岁。
郑克塽，郑经次子，生于康熙九年（1670年），系郑经之妻和娘所出。康熙二十年（1681年），姚启圣先后接到台湾傅为霖密禀，郑经已于本年正月二十八日病故。其长子郑克臧也被绞死。年仅十二岁的次子郑克塽继承延平王位。因年幼，由其叔郑聪辅政。郑聪贪鄙懦弱，诸事皆决于冯锡范和刘国轩。傅在密信中指出“主幼国虚，内乱必萌，内外交并，无不立溃，时乎时乎不可失也！”姚启圣据此上疏要求：“会合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴。”康熙于六月初七日与大学士等会议商定后，颁布谕旨：
郑锦（经）既优冥诛，贼中必乖离扰乱，应乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺万、方正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆。毋误事机。[1]
这里所说剿抚并举，实际上是“剿”为主，动用军事实力收复台湾，这是康熙皇帝决策武力进取台湾的的进军令。御旨即下，朝廷上下依然对于武装进取台湾有较大争议，首先福建前线的军事将领就有不同意见。对于畏敌不前观望犹豫的的将领，康熙皇帝断然采取措施。反对者中水师提督方正色被调任陆军提督，闽海前线最高军事指挥官——镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达调京侯用。以施琅果断替代方正色。康熙皇帝于七月二十八日向议政王会议宣布正式启用原任右都督施琅为福建水师提督总兵官、加太子少保衔。
施琅鉴于朝中情势复杂，为了能在征剿过程中加强与朝中的联系，提请皇帝派遣侍卫吴启爵“随征台湾”。兵部不准。康熙特批：“吴启爵在京不过一侍卫，有何用处？若发往福建，或亦有益，着依施琅请行。”施琅任内大臣十余年深知大内侍卫与皇帝的密切关系，受皇帝信任，请他随征，无异于身边增添一位监军和钦差大臣，一方面可以解除皇帝对其忠诚度的怀疑，因为，当时朝中有人认为他的大儿子施奇（化名王世泽）和族侄施亥均在郑军任职，施琅不宜担任前线要职。但是康熙力排众议，力主施琅担任前线水师提督，而且一直全力排除各种干扰，支持他的各项战略部署，做到用人不疑。另一方面吴启爵在关键时刻往来福建前线和北京宫廷之间，及时反映前线情况，传达皇帝旨意，对统一进取台湾方略的实施起了重要作用。这也是施琅后来在底定台湾后抢在姚启圣之前在皇帝面前奏捷的重要因素。
[1] 《清圣祖实录·卷九十六》，第14、15页。见《康熙大帝传》，吉林文史出版社，第149页。