随着北伐军事的节节推进，南方革命队伍的分裂迹象日渐显露。矛盾主要在国共两党之间展开，同时也牵涉到国民党内部的派系倾轧。迁都之争，迎汪复职，提高党权运动等，均是国共之间和国民党内不同派系之间激烈冲突的反映，而矛盾的焦点则集中于蒋介石一身。在军事方面，势力日涨的唐生智对蒋介石的总司令地位构成挑战和威胁。在政治方面，蒋介石极度忧虑鲍罗廷、中共和国民党左翼亲汪势力对其权位的颠覆，而后者有意想使国民党的高层权力格局回复到“三二〇”事件之前的状态。
其实，蒋介石从“三二〇”走向“四一二”，从尝试“限共”，到最终走向武力清共，经历了一个相当复杂的过程，其间充满着各种必然和偶然的因素，并非从中山舰事件之后即处心积虑地准备清党反共。与此同时，中共和共产国际对蒋介石的认知和态度也有一个变化的过程，并非从中山舰事件之后即毫不迟疑地将斗争矛头对准蒋介石。