这个时候，中国相当一批中间派知识分子在抗日问题上之所以态度悲观，除了他们对国家分裂的现状充满忧虑外，很大程度上还在于这些大多有着海外留学背景，至少也是已经大量接受了西方观念的学者、教授们早已习惯于用一种现代化的眼光看待中国与日本及欧美各国之间的差距。无论是蒋廷黻还是王造时，无论他们对国民政府的对日政策有着怎样不同的看法，他们其实同样相信，以一个积贫积弱、整个社会基本上还处在中世纪的物质和精神状态之中的落后之国，去抵抗一个高度现代化的强国，无异于以卵击石。他们之间的重要分歧，并不在于要不要抵抗，甚至也不在于他们对国家的现状有多么不同的看法，他们实际上都相信，安内统一和增强国力是中国当务之急。问题是，他们对日本侵略中国的时间表有不同的看法。王造时等不相信日本会让中国赢得时间来造成现代国家的基础，而以蒋廷黻为代表的一批留洋归国的学者、教授却相信通过外交的努力，应当可以延缓日本侵略的步伐，从而争取在一个统一的政府即南京中央政府的领导下推进国家在政治、法制、经济以及社会各方面的建设。显然，这也正是“塘沽协定”签订后中日关系稍一缓和，蒋廷黻等人的看法会渐据主流的原因所在。
蒋廷黻等之所以会对南京国民政府寄予期望，当然不是看好国民党的独裁统治，而是因为他们注意到，无论国民党内部怎样争权夺利，内讧不已，也不论其是否说多做少，甚至言行不一，以蒋介石为首的南京中央政府毕竟在一点一点地推进着国家的统一，并且在坚持专制独裁制度的同时，虽非情愿却不得不小心翼翼地模仿西方以寻求国家的现代化。而这些点滴的进步，在他们看来，毕竟会潜移默化地影响中国社会，进而逐渐把国家引向现代化。
南京政府刚一成立，即加紧法制建设，相继制定和颁布了各种法律、法规。像《中华民国刑法》，就颁布于1928年3月10日，并于同年9月1日宣告施行。此法较之于晚清时期脱胎于日本旧刑法并在中国施行20余年的《暂行新刑律》，自然要更加符合时新的西法，且更贴近中国的国情。但新刑法起草时间短促，问题仍多，故南京政府很快即开始修法，在历时3年之久的过程中，立法院大量参考了刚刚公布不久的各国新刑法，包括1932年波兰刑法，1931年日本刑法修正案，1930年意大利刑法，1928年西班牙刑法，1927年德国刑法草案，以及1926年苏联刑法等。为此，刑法修改草案先后易稿4次，召开各方会议148次之多，至1934年11月修订工作才告完成，并于1935年1月正式公布，当年7月1日宣告施行。新法虽然继续保留了《危害民国紧急治罪法》《惩治盗匪暂行条例》等特殊刑法中的规定，但已将之容纳于内乱罪、外患罪、妨害秩序罪、强盗及掳人勒索罪等各章中，同时仿照西方最新立法的内容，增加了对少年犯的感化教育、对精神病人的监护，以及对吸食鸦片和其他毒品者及酗酒者施行禁戒，对感染有性病及麻风病者强制治疗等处分办法。与此同时，为区别民事与刑事案件，南京政府成立后，即迅速着手于《中华民国民法法典》的制定工作，起草者将民法与商法合一，在注重法理的同时照顾到与习惯法相兼顾。该法典内分债编、物权编、亲属编、继承编等各编，特别注意纠正宗法观念，不承认宗亲、外亲和妻亲之旧俗，仅将亲属分为血亲与姻亲两类；废除“宗祧继承”，只肯定财产继承；对子女继承权问题，废除传统的男子独占制，规定无论男女在财产继承上均享有同等权利，且明定配偶间有互相继承遗产的权利。这些规定，都明显地更加贴近了现代西方法律的精神。
除了刑法、民法等大法之外，南京国民政府还格外注重各项专门法的制定工作。如《劳工法》《工会法》《工厂法》《土地法》《诉讼法》等，均先后出台并颁布施行。其《工会法》虽然严格限制工会活动范围，但亦不能不以法律的形式允许工人有组织工会的权利。其《工厂法》则明确规定保护女工及童工，如凡不满14岁之男女均不得被雇为工人；14岁以上未满16岁者，则为童工，只得从事轻便工作。女工以从事轻便工作为限。成年工人每日工作时间不应超过8小时。其《诉讼法》则依据1930年颁布的《法院组织法》立法原则，废弃了清末以来各地施行的四级三审制，改为三级三审制，力求简化程序，减轻诉讼人的负担。凡民刑轻微案件，均以高等法院第二审为终审，不得再上诉于最高法院。凡重大政治刑事案件，其第一审即为高等法院管辖，而以最高法院第二审为终审。地方法院之审判，也以独任制为原则，只有案情重大者，才得用三人合议制。案件特别轻微者，亦可采用简易诉讼程序快速审结。
由于国民党以军领政，厉行一党专政、领袖独裁，加以地方实力派尾大不掉，形同军阀，置法律如儿戏的情况比比皆是。但是，国民政府的上述努力，仍然有其积极的意义。过去，全国1700多个县设有地方法院者不过10%-20%,80%以上的县仍采用县长兼理司法制度。1936年4月，国民政府明令各省必须于3个月后分3期筹设县司法处，作为向在全国各县普遍设立地方法院的一种过渡形式。1年以后，已成立县司法处620多个。各级法官且须经过考试方可从事相应的工作。为此，国民政府于1929年即开始举办法官训练所，第一批入学考试及格者184人，至1937年共办过4个班，培养了446名法官。1932年，国民政府颁布了司法官任用暂行标准14条，进一步强化了司法人员的任职资格。为提高现有司法人员的水平，1936年起法官训练所还承担起了调训现任法院推事及检察官的责任，以100人为一班，轮番训练，计已办2个推事班、2个检察官班。而司法制度的建立，相应地也推动了律师制度的形成。到1937年上半年，全国已有律师公会120余所。对律师资格的要求，也逐步严格。1927年曾规定，凡在国内外修过3年法政学者皆可取得律师资格；1933年则宣布，非专修法律专业者今后不得担任律师。
1935年，经国民党第五次全国代表大会及五届一中全会做出决议，经国民党中常会通过后送交立法院三读修正通过，第二年5月5日正式公布《中华民国宪法草案》。它虽备受争议，却也是相当一部分知识分子大体上予以肯定的一部国家根本大法。
1931年5月制定的《中华民国训政时期约法》第八十六条规定：“宪法草案，当本于建国大纲，及训政、宪政两时期之成绩，由立法院议定，随时宣传于民众，以备到时采择施行。”“九一八”和“一·二八”事变后，面对亡国危险，国内要求抗日救亡，同时实行宪政的呼声日渐高涨。国民党高层领导人孙科亦公开主张召集四届三中全会，实行宪政。在随后召开的四届三中全会上，他更联合伍朝枢、马超俊等20余名中央执行委员，联名提出《集中国力挽救危亡案》，其中特别提出：“为集中民族力量，彻底抵抗外患，挽救危亡，应于最近期间，积极遵行建国大纲所规定之地方自治工作，以继续实行宪政开始之筹备。”他们还提出应于1933年1-6月为宪法起草时间，1933年10月10日将宪法草案发表，以备国民研讨，作为提交国民代表大会的准备，1934年4月召开第一届国民代表大会，议决宪法，并决定颁布日期，力争于1934年10月10日为宪政开始时期。该提案在该次会议获得通过，会议决定由立法院起草宪法草案，1935年2月开国民大会，议决宪法，并决定宪法颁布日期。据此，1933年1月出任立法院长的孙科很快集中了40位相关专家，成立了宪法起草委员会，并于6月7日将初稿以起草委员会副委员长吴经熊个人名义发表征求意见。经过广泛听取社会批评意见和内部开会讨论修改，1934年2月23日完成了《中华民国宪法草案初稿》，于3月1日由立法院在报章上公布。该草案初稿公布后，再度受到各界众多名流学者的批评和质疑，孙科旋于6月再度邀请傅秉常、林彬、陶履谦等36人组成宪草初稿审查委员会，审查各方提出的批评或修改意见218条，决定采用意见216条，形成《中华民国宪法草案初稿审查修正案》，于7月再度由立法院在报章上公布，并印送各方征求意见。经过上述民主程序之后，立法院最终于10月16日完成三读，正式议定《中华民国宪法草案》，于11月9日送呈国民政府转国民党中央审核。
1934年12月10日，国民党四届五中全会召开，决定将宪法草案提交中央常务委员会审查。1935年10月，国民党中常会完成审查工作，并专门作出决议，提出宪法草案应注意与建国大纲及训政时期约法之精神相符，对政府行政权力限制不宜有刚性规定等意见，立法院据此再度逐条审查，于10月下旬完成三读，交11月1日召开的国民党四届六中全会讨论通过。四届六中全会通过后，11月12日国民党五大召开，通过《召集国民大会及宣布宪法草案案》。之后，再于12月2日召开的五届一中全会上通过了《召集国民大会及宣布宪法草案办法》和《召集国民大会日期及宣布宪法草案补充办法》等决议案，正式决定于1936年5月5日公布《中华民国宪法草案》（简称《五五宪草》），11月12日开国民大会。
《五五宪草》共8章148条。第一章总纲，规定国体、主权、领土、民族、国旗及国都。第二章人民之权利义务，规定：“中华民国人民在法律上一律平等；人民有居住、迁徙、言论、著作、出版、通信、信仰宗教、集会、结社之自由，非依法律不得限制之”；有财产、请愿、选举、罢免、创制、复决、考试等权利。第三章规定国民大会之组织职权及会期，代表之选举任期。第四章规定总统及行政、立法、司法、考试、监察各院之职权责任，总统、副总统及各院院长、立法委员、监察委员的任期。第五章规定省、县、市府的职权，省长、县长、市长、省议员、县议员、市议员的任期及选举。第六章规定中华民国之经济应以民生主义为基础，以谋国民生计之均足，并规定平均地权、节制资本、发展生产事业等事项。第七章规定教育宗旨，以及人民受教育机会一律平等，教育经费之保障，教育事业、学术研究之奖励等。第八章规定宪法的效力、解释、修正等。
《五五宪草》起草制定历时三年，开会百余次，广泛征求了社会各界的意见，数易其稿，在形式上和文字上具有某些民主的色彩。其所规定的中央政体，也属于一种民主政体，这正是它在部分知识分子当中受到肯定的主要原因。尽管事实上围绕着人民权利一章，一方面充分肯定人民应有的各种权利，一方面又以“非依法律不得限制”变相地允许立法机关制定种种单行法和特别法限制人民的权利，故社会各界对此意见不一，争论颇多。但其明文肯定人民的各种自由权，并以根本大法的形式确定中华民国为民主宪政体制，使倡导民主、自由和人权的各界人士有法可依，客观上仍有其一定的价值。
除部分自由派知识分子最关心的国家司法制度以外，像教育和科学研究也是他们关注的重点。国民党内部对于教育宗旨，究竟是“党化教育”“党义教育”还是“三民主义教育”，历来存在争议。还在广州政府时期，国民党人即提出“党化教育”问题，但南京政府成立后，在蔡元培主持下召开的全国教育会议却公开主张今后中华民国的教育宗旨应为“三民主义教育”。其具体实施则落实为15项原则，即发扬民族精神、提高国民道德、注重国民体格锻炼、提倡科学精神、厉行普及教育、男女教育机会均等、注重民族教育的发展、推广职业教育和训练服从纪律的习惯、团体协作的精神和行使政权的能力等等。这一方针虽然受到部分国民党人的公开批评，认为其没有突显党的地位和作用，“实有背于本党以党治国之主旨”，但在1929年国民党第三次全国代表大会上，“三民主义教育”的教育宗旨还是得到了相当的认可。大会通过的《确定教育宗旨及其实施方针案》明确规定：“中华民国之教育，根据三民主义，以充实人民生活，扶植社会生存，发展国民生计，延续民族生命为目的；务期民族独立、民权普遍、民生发展，以促进世界大同。”其实施方针共9条，主要要求各级学校应把三民主义教学与全部课外作业相联系；普通教育应以培养儿童及青年“忠孝仁爱信义和平”之国民道德为目的；大学及专门教育应注重实用科学，培养学生的专门知识技能；师范教育以培养道德上和学术上最健全，且具有独立工作能力的师资为主；农业教育则应着重于农民生产技能之提高和农民经济生活之改善。
与此相适应，南京国民政府成立后，没有完全延续广州政府时期教育行政委员会和武汉政府教育部的教育行政组织形式，而是模仿法国大学院制度，于1927年10月1日正式组建了大学院，以为全国最高学术和教育行政机关，蔡元培担任院长。院长以下再设教育行政部、学术研究院和国立学术机关。一年以后，由于蔡元培的改革受到批评，蔡元培等相继辞去大学院院长的职务，新改组的政府屈从于党内的压力，废止了大学院制，另设教育部，以蒋梦麟为部长，但教育的改革已成大势所趋，并未因此而完全中断。
以初等教育而言，中国自清末即有西式小学的创办，但直到南京国民政府建立时，中国的初等教育，无论是教材还是形式，都远未统一。南京国民政府成立后，陆续颁布了小学暂行条例、小学法、修正小学规程、实施义务教育暂行办法大纲和施行细则等，以统一初等教育。在学制上，国民政府各种法令、法规明确规定：幼稚园修业2年，招收满4岁至6岁的学童；小学修业6年，前4年为初级小学，后2年为高级小学，招收满6岁至12岁的学童；条件有限者或基于义务教育的目的，可单独设立初级小学或简易小学，甚至短期小学，但不得单独设立高级小学。在课程设置上，由蔡元培主持的大学院特聘有关专家学者担任起草和修订等工作，于1928年8月颁布了全国统一的《幼稚园及小学课程暂行标准》。这一标准由于没有突出“党义教育”，受到党内部分人的批评。次年由教育部颁布的小学课程暂行标准，就增加了“党义”一科。但随着国民党三大确定三民主义教育的方针，1932年教育部颁行的《幼稚园课程标准》及《小学课程标准》，即取消了党义一科，而将其融入国语、社会、自然等科目之中。新的标准中幼稚园的规定课程为音乐、故事和儿歌、游戏、常识、劳作；小学规定课程则为公民训练、国语、社会、自然常识、算术、劳作、美术、卫生、体育、音乐等。强调公民训练和劳作，其目的就在于具备整洁卫生的习惯、快乐活泼的精神、礼义廉耻的观念、节俭劳动的习惯、生活合作的知识、奉公守法的品德与爱国爱集体的思想等。为加强小学教育和义务教育，国民政府教育部强化了对师资的要求。凡任小学校教员或专科教员者，均须有师范学校或大学教育学院教育科系毕业的背景，否则必须经过主管教育行政机关所组织的小学教员检定委员会之检定。至1934年，全国幼稚园及小学教职员人数已达到57万人，幼稚园和小学生在学人数也持续增加。据不完全统计，1929年在学儿童占学龄儿童的17.1%,1930年增至21.8%,1931年增至22.16%,1932年增至24.79%,1934年增至26.27%,1935年增至28.91%,1936年增至30.88%。如加上义务教育推行后增设的短期小学中的学童，实际上1934年在学儿童所占学龄儿童的比例，已达35.91%,1936年则达43.42%了。
中学教育基于国民政府公布的中华民国教育宗旨，即“充实人民生活，扶植社会生存，发展国民生计，延续民族生命为目的；务期民族独立、民权普遍、民生发展，以促进世界大同”，鉴于民族危机的现实，特别注重培养学生的民族精神和生产技能。1932年国民党四届三中全会就此明确提出：今后普通教育当“注重发扬民族精神，灌输民族思想，以及恢复人民之民族自信力，而达到中华民族独立自由平等之目的”。同时，亦“应注重养成学生的生产技能及劳动习惯，使学校毕业之学生，均为生产分子”。强调培养学生的生产技能，根本在于中国当时的高等教育还远不能满足大批中等学校学生的升学深造的需要。因此，面对这一现实情况，1931年教育部特地颁文限制各省、市普通中学的设立，鼓励增设职业学校和在普通中学中设立职业科目，在乡村中学还要求增设或附设乡村师范或职业科。1932年7月，国民政府公布了《职业学校法》，共17条。次年3月进一步公布了职业学校规程，6月还发布了有关中小学师范职业学校规程注意事项，9月公布了职业学校实习规程，10月公布了各省市推进职业教育规程、各省市职业学校职业科师资检定及训练大纲、职业科教学科目及时数概要，等等。从国民政府颁发的有关各省市中等学校设置及经费支配办法中可以看出，其对职业教育的重视远超过普通中等教育。因其经费支配中用于职业教育者明显增加了，用于普通中等教育者明显减少了，依照这种办法，国民政府提供给各省市的中等教育经费，普通中学只能使用其中的40%,而师范学校则可用到25%,职业学校可用到35%。由于相信中等教育对国家极端重要，因此，国民政府明显地对中等教育严加垄断，不仅三令五申不得擅设私立中学，更要求考生不要投考未经立案的私立中学。在师资问题上，国民政府于1932年11月专门通过《中等学校教职员服务及待遇办法大纲》，废除了过去的钟点制，改为对教师在课程设置上的专任制，一方面为稳定教师队伍，另一方面也意在强化教师对学校和学生的责任感，使教师在对学生传输知识的同时，也负起训管之责。在课程设置上，国民政府特别强调统一和必修。除“党义”一科经历了加入后又被取消的情况外，其他课程的设置前后变动不大。所有普通中学都必须将公民、国文、史地、英语、算学和自然（含理化）列为必修外，同时对劳作、图画、音乐和体育的要求也都有统一的要求。同时，在原有体育训练科目的基础上，又针对初、高中分别增设了童子军训练和军事训练的科目。
自中华民国成立以来，高等教育制度历经变革。1912年，政府就已宣布改革学校系统，颁布了大学令和专门学校令。1913年又进一步将大学分为文、理、法、商、医、农、工等科，以文、理两科为主，文科兼法、商两科，理科兼医、农、工一科以上者才能称之为大学。其余单科者，如农业、工业、商业、法政、医学、药学、商船、音乐、外国语等，则为专门学校。1927年南京国民政府建立后，大学院成立并负责管理全国学术及教育行政事宜。根据院长蔡元培的建议，于6月拟定大学区组织条例，模仿法国学制，实行大学区制，首先在广东、江苏、浙江三省试行。1928年1月，大学院进一步将大学区组织条例加以修订，规定大学名称即以所辖区域的名称为名，并规定暂在浙江、江苏两省试行。在江苏，将国立东南大学和江苏省立各专科学校合并为江苏大学（后因学生反对改名为“中央大学”）；在浙江，将浙江省立各专科学校合并为浙江大学。而这一年9月，北平政治分会也通过决议，将其所辖区域内的大学和专门学校合并为北平大学。此举在三地均遭到学生的激烈反对，至1929年6月不得不停止试行。7月26日，国民政府公布大学组织法。8月又公布大学规程。其主要内容是将大学分为国立、省立、市立和私立4种。大学各科改称学院，如文、理、法、教育、农、工、商、医各学院，凡具备3个学院以上（得包含理学院或农、工、医各学院之一）者，均可称为大学。规定教员分教授、副教授、讲师、助教4种职称，兼任教员不得超过全体教员的1/3.大学修业年限，医学院5年以上，其余为4年，专科学校修业年限为2年或3年（医学专科学校应为5年）。凡专科学校之设立，均应以教授应用科学、培养技术人才为目的。
国民政府对高等教育的经费投入逐年增加。1928年仅为1024万元，1934年增至1812万元，1936年增为2295万元，8年增长一倍以上，增速超过同期学生增长速度。
经过几年的摸索和试验，高等教育的发展取得了明显的成绩。公立和私立学校的发展比较顺利，各主要大学的科研工作也得到了相应的开展。清华大学、北京大学、中山大学、交通大学、北平师范大学、北洋工学院等，以及私立的如南开大学、辅仁大学、燕京大学、东吴大学等，都成立了自己的研究所，多者达十二三个。教育部为此亦于1934年制定了《大学研究院暂行组织规程》，规定各大学应努力发展研究院，以便招收大学本科毕业生，研究高深学术，并供给教员以研究的便利。提出争取从1936年开始，每年新成立大学4-6所。凡兼有3个研究所者，均得称为研究院。当然，实际掌握并不十分严格，从得到批准和相应资助的大学研究院即可了解这种情况。如：清华大学研究院，内含文科研究所（中国文学部、外国语文部和历史部）、理科研究所（物理部、化学部、算学部、生物部）、法科研究所（政治部、经济部）；北京大学研究院，内含文科研究所（中国文学部、史学部）、理科研究所（数学部、物理部）、法科研究所（暂不招生）；中山大学研究院，内含文科研究所（中国语言文学部、历史部）、教育研究所（教育学部、教育心理部）、农科研究所（农林植物部、土壤部）；中央大学研究院，内含理科研究所（算学部）、农科研究所（农艺部）；武汉大学研究院，内含工科研究所（土木工程部）、法科研究所（经济部）；北洋工学院研究院，内含工科研究所（采矿冶金部）；南开大学研究院，内含商科研究所（经济部）、理科研究部（化学工程部）；燕京大学研究院，内含理科研究所（化学部、生物学部）、法科研究所（政治学部）、文科研究所（历史部）；东吴大学研究院，内含法科研究所（法律学部）；金陵大学研究院，内含理科研究所（化学部）、农科研究所（农业经济部）、文科研究所（历史部）；岭南大学研究院，内含理科研究所（生物部、化学部）。据教育部统计，全国专科以上学校教员中，1934-1936年间作专题研究者有1066人，占全体大学教员总数的14%强，其中理、工、医、农等实科研究课题有754项，文法类370项，实科研究占有绝对主导地位。
在大学院所中，清华大学的物理学研究在当时国内堪称一流。吴有训、叶企荪、赵忠尧、萨本栋、周培源等，均为国内物理学一流人才。除吴有训、赵忠尧等在国际物理学界有较大影响外，该所还培养了一批优秀人才，如施士元、王淦昌、赵九章、何汝楫、张宗燧、钱伟长、钱三强、王大珩等，均成为中国物理学界的栋梁之材。北平协和医学院则在生物化学领域居于国内领先地位，赵承嘏、吴宪、张锡钧、陈克恢等均学有专长。北京大学汪敬熙对大脑皮层的构造有深入研究，曾昭伦、孙承谔在有机化学方面取得了相当成果。清华大学的熊庆来是中国数学研究的奠基人之一，该研究部的郑之蕃、赵访熊、华罗庚和研究生陈省身，以及浙江大学的陈建功、苏步青等，都是在国际数学界取得了重要成绩的一代专才。而在人文科学研究方面，大学中的学术人才就更是占尽优势。如胡适、孟森、顾颉刚、嵇文甫、陈垣、蒋廷黻、陈寅恪、金毓黻、吕振羽、梁漱溟、冯友兰、汤用彤、金岳霖、潘光旦、吴景超、俞平伯、朱自清、黄侃、何廉、马寅初、陈岱孙、周甦生、张奚若等，都是史学、哲学、社会学、语言学、文学、经济学、法学方面的领军人物。
大学教育的正规化和研究所的相继设立，使得学位授予工作日渐重要起来。1935年4月，国民政府明确规定，各校得开始授予学位。学位分为学士、硕士、博士3级，获有硕士学位并在研究院继续研究2年以上，或在高校任教3年以上者，经审查合格均可申请授予博士学位。学士学位，凡有权授予的学校可从当年7月1日开始正式授予。研究生在校期限原则上初为3年，后改定为2年。中国高等学校学位授予工作，亦由此逐渐实行起来。但研究生教育这时尚在起步阶段，清华大学自1929年起开始招收研究生，到1935年在校研究生已有55人，全国研究生总数则达到数百人。
就学术研究而言，南京国民政府建立之初即给予了相当的重视。在此之前，无论政府还是民间，对自然科学的研究都没有给予足够的关注。五四运动之后，国内各界对科学的重要性已有相当认识，但正式的研究机构却屈指可数，影响甚微。南京政府刚一成立，就在1927年7月8日公布的《大学组织法》中明确提出要设立中央研究院。10月，中华民国大学院成立后不久，蔡元培院长亲自召集王世杰、宋梧生、吴承洛、张奚若等数十名学术界知名人士组成中研院筹备会及各专门委员会，筹设理化实业研究所、社会科学研究所、地质调查所和观象台4个研究机构。次年，大学院改组为教育部后，国民党中央政治会议又通过了中央研究院组织法，并于当年11月正式公布。该法规定中央研究院为中华民国最高学术研究机关，直属国民政府，其任务主要在实行科学研究和指导、联络、奖励学术研究。其评议会应为全国最高学术评议机关，中央研究院院长蔡元培为评议长，并聘任专门学者30人组成评议会。该院下设物理、化学、工程、地质、天文、气象、教育、动物、植物、历史、语言、国文、考古、心理学、社会科学各研究所。该规定指出，于必要时可加设其他研究所。国内学术专家、科学研究机关或团体，以及外国科学专家、学术上有重要发明或贡献者，经评议会通过，都得被选为该院个人名誉会员、团体名誉会员或名誉通讯员等。
国民政府对学术研究的关注，从其经费支持上即能看得很清楚。中央研究院（简称“中研院”）成立之初，政府核准的经费即为120万元，即每月10万元。除1927年度因内战原因，中研院实得经费为每月5万元以外，1928年度以后每月均在10万元以上，以后还有所提高。以当时物价水平，这笔经费对吸引人才和保证研究人员全身心投入学术研究，显然有相当作用。以1929年为例，中研院研究员最高一级薪金达每月500元，助理人员的最低月薪为60元，而当年国内一个五口之家的平均月消费仅12.21元，收入较高的上海银行界职员也在100元以下。当时收入最高的大学教授月薪在200-400元，可见在中研院工作的收入确实不菲。除了政府经费以外，中研院还受到了社会各界，特别是庚款基金管理机关的重要资助。如中华教育文化基金董事会从1929年起，分3年补助中研院物理、化学、工程3所50万元建设经费，并资助历史语言研究所每年3万元。中英庚款董事会则从1934年起，分3年补助中研院科学仪器设备制造费10万元，同时还积极赞助中研院的试验场、实验馆以及田野考古工作。
中央研究院正式宣告成立为1928年6月7日，但就在它成立前后，各研究所就已经开始设立并开展学术研究工作了。1928年1月设立了地质研究所，5月设立了社会科学研究所，7月设立了物理研究所、化学研究所、工程研究所，10月设立了历史语言研究所，1929年2月设立了天文研究所、气象研究所，5月设立了心理研究所，1930年1月设立了自然历史博物馆（后改为动植物研究所）。由于蔡元培坚持学术自由，兼容并包，广罗人才，因此各研究院内汇集了一大批十分优秀的学术人才。如物理学家丁燮林，化学家王琎、庄长恭，工程学家周仁、王季同，地质学家李四光、翁文灏，气象学家竺可桢、涂长望，动物学家王家楫，天文学家高鲁，历史学家傅斯年、陈垣、陈寅恪，经济学家陈翰笙，社会学家陶孟和，语言学家赵元任，考古学家李济，等等，均为当时国内顶级的学术人才。到1931年，全院已有研究人员235人，其中专任研究员53人，特约研究员50人，兼任研究员4人，名誉研究员2人。其中，历史语言研究所和考古研究所是院里实力最强的研究所之一。梁思永和李济等主持的山东龙山的发掘工作，发掘出中国第一处新石器时代遗址；他们主持的河南安阳殷墟发掘工作，发掘出殷代宫廷建筑遗址、王陵墓葬和大批刻字甲骨、石器、陶器和铜器等，证实了殷商文化的存在，并将中国有文字可考的历史向前推进了1000年。至抗战前夕，历史语言研究所出版各类专著（包括论文集）17种，研究所集刊7卷，收入论文183篇，出版史料丛书5种36册，在中研院各研究所中成绩斐然。地质研究所成立以后，研究人员即分赴各省进行实地考察研究，足迹遍及大江南北十数个省份，调查路线，勘测矿产，研究地形地貌，对江西庐山、南岭西段以及宁镇山脉的考察尤为详尽。1936年，李四光完成和出版了中国人自己撰写的第一部地质学专著——《中国地质学》。气象研究所的高空测候和历代气候状况及各地雨量、水旱灾情况的研究，都取得了重要的成绩。其与各地合作，设立气象观测所，培训测候人员，使全国范围内天气预报的科学程度与准确度大为提高。工程研究所在上海先后建成陶瓷试验场、钢铁试验场和棉纺织染实验馆，对于提高国内陶瓷、钢铁和棉纺工业的水平、引进国外新技术，都发挥了重要作用。
中央研究院的成立，也推动了其他科研机构的产生。鉴于平津地区还集中有不少专门人才，国民政府于中央研究院成立后不久，即决定设立北平研究院。1929年9月9日，北平研究院正式成立，设有物理学、化学、生物学、动物学、植物学、地质学6个研究所，以后又增设了镭射研究所、药物学研究所和史学研究所。到1938年，该所共有研究员35人、助理员约50人，核定经费每月5万元，实发3万元左右。该研究院在物理、化学、地质等方面取得了相当的成绩。尤其是镭射研究所，它是中国独有的一门专门研究放射性物质及X光的学科，代表了中国科学研究的新的方向，该所所长严济慈1935年当选为法国物理学会理事，在西方国家刊物上发表了大量物理学研究论文，在国际物理学界有一定影响。
受到国民政府重视学术研究的影响，各地政府、各级机关、企业实体以及广大学者同仁，也纷纷成立各种学术团体和研究机构。1928年全国共有学术团体和研究机构41个，到1933年已增至100个，1935年更达到144个，8年里增加了2.5倍。中央政府有实业部地质调查所，年经费6万元，集合了丁文江、翁文灏、杨钟健、黄汲清、裴文中等一批著名学者，与中央和地方各大地质研究机构通力合作，在矿产、古生物学、岩石、地文、土壤、工程地质等方面展开了广泛的调查研究，绘制了一批全国地质图。其发掘的第一个北京猿人头盖骨化石，以及当时所知中国最早的石器和人类用火遗迹等，成为研究人类进化的最重要材料之一。由当时工商部长孔祥熙呈请设立、在实业部领导下的中央工业试验所，常年经费为9万余元，主要从事新式造纸技术和汽油、柴油替代品的试验，以及耐火材料的研究和活性碳的研制等。在农矿部指导下的中央农业试验所则为全国稻麦杂粮和蔬菜等优良新品种的培育与推广、蚕桑优化、药剂治虫、家畜防疫等作出了许多努力。同时，地方政府也设立众多的工业试验所、化学试验所、地质调查所，民间创办有中国西部科学院、北平静生生物调查所、黄海化学工业研究社、中华化学工业研究所、中国科学社生物研究所、中国营造学社、中国物理学会、中国化学会、中国经济学会、中国植物学会、中国工程师学会、中国纺织学会、中国古物保管委员会、上海雷斯德医学研究院等。仅在1934年，中央研究院、北平研究院、实业部地质调查所等23个全国主要学术机构年经费已达280多万元，全国科研经费超过400万元。1937年2月，国民党五届三中全会通过设置“总理纪念奖金”的议案，准备拨置300万元奖励基金，以息金奖励社会科学、自然科学及文艺、教育方面有突出成绩者。这也就难怪抗战爆发前的几年里，大批留学生学成归国，全国仅专门从事自然科学研究者，就已经超过了3万人。