武汉失守后，中国抗日战争进入与日军战略相持阶段。中国抗日军事作了一系列的调整。

一　调整军事战略方针

抗战初期，中国军队抗御日军进攻，掩护国力西移，实行持久消耗战略，节节抵抗，主要进行阵地防守作战。为总结前一时期的作战经验教训、部署进入战略相持阶段后的对日作战，军事委员会于1938年11-12月间先后在湖南省南岳衡山和陕西省武功召开高级军事干部会议，进行研讨。

军事委员会制订《国军第二期作战指导方案》，确定作战方针为：“国军应以一部增强被敌占领地区内力量，积极展开广大游击战，以牵制、消耗敌人。主力应配置于浙赣、湘赣、湘西、粤汉、平汉、陇海、豫西、鄂西各要线，极力保持现在态势。”针对日军已经占领中国东部、中部地区的情况，新阶段的战略方针突出强调在敌后开展游击战，牵制消耗敌人战力。同时，军事委员会要求“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人，策应敌后方之游击部队，加强敌后方之控制与袭扰，化敌后方为前方，迫敌局促于前线，阻止其全面统制与物资掠夺，粉碎其‘以华制华’‘以战养战’之企图。”

二　战区重新划分

1938年11月下旬南岳军事会议期间，军事委员会重新划分战区，增设指挥敌后战场作战的苏鲁战区和冀察战区，以加强敌后游击作战；取消广州、西安、重庆各行营，改设桂林行营、天水行营，分别由白崇禧、程潜任主任，统一指挥南北两战场各地区之作战。

南岳军事会议重新划分战区为：

第一战区，河南省北部及安徽省北部，司令长官卫立煌；

第二战区，山西省全境及陕西省东北部，司令长官阎锡山；

第三战区，浙江、福建两省全境及江苏省、安徽省南部，司令长官顾祝同；

第四战区，广东省、广西省，司令长官张发奎；

第五战区，安徽省西部、湖北省北部、河南省南部，司令长官李宗仁；

第八战区，绥远省、宁夏省、甘肃省、青海省，司令长官朱绍良；

第九战区，湖北省南部、江西省西部及湖南省全境，司令长官陈诚，薛岳代；

第十战区，陕西省，司令长官蒋鼎文；

苏鲁战区，江苏省北部及山东省，总司令于学忠；

冀察战区，河北省及察哈尔省，总司令鹿钟麟。

三　整训全国军队

南岳军事会议还确定对全国军队进行整顿、建设、训练。整训计划：全部军队分3期轮流抽调至后方整顿训练，每期整训4个月，1年之内完成全国军队整训。具体步骤是：将全国部队的1/3分派到敌军的后方担任游击，以1/3的部队布置在前方对敌抗战，抽调1/3的部队到后方整训4个月；经整训的部队仍调回前方作战，或担任游击，调换第二批部队到后方整训；其他部队依次进行。

但1939年军队轮流整训任务并未完成，只完成了两期（1939年1-5月，6-10月），其后继续进行，至1941年共整训了74个军中的198个师，约占全国部队的2/3.

四　设立国防最高委员会

中国抗日战争进入战略相持阶段后，国民政府进一步增强和完善战时军政体制。

1939年1月，国民党第五届中央执行委员会第五次会议通过《国防最高委员会组织大纲案》，决定设立国防最高委员会，代替1937年8月设立的国防最高会议。

该大纲规定：国防最高委员会为国民党中央执行委员会所设置，统一党政军之指挥，并代行中央政治委员会之职权。中央执行委员会所属之各部会及国民政府五院、军事委员会及其所属各部会，兼受国防最高委员会之指挥；国防最高委员会以国民党中央执行委员会和监察委员会之常务委员，国民政府五院院长、副院长，军事委员会委员等为委员，以国民党中央党部、国民政府暨行政院和军事委员会等机构各部门之负责人为执行委员。由此，国防最高委员会不仅是战时国家最高决策机构，而且是战时国家最高执行机关。它是在国民党中央执行委员会领导下统一指挥党、政、军各系统运作的战时一元化权力中枢。大纲规定：“国防最高委员会设委员长一人，由本党总裁任之。”担任国民党总裁的蒋介石，法定成为国防最高委员会委员长。这样的体制，因应战时集权的需要，也增强了国民党一党掌控政权的机制，并加强了蒋介石个人独裁的权力。

太平洋战争爆发前，由于中国尚未对日本宣战，国民政府未正式设立战争体制下的大本营。而国防最高委员会实际上起了大本营的作用。

五　加强抗战国防动员

为适应战时全国动员的需要，国民党决定发动“国民精神总动员运动”。1939年3月11日，国民党中央决定在国防最高委员会之下设立精神动员委员会，由蒋介石任会长。12日，国民政府公布《国民精神总动员纲领》《精神总动员实施办法》《国民公约誓词》，规定精神总动员的目标、要求和具体办法。其中规定各省、市、县组织各级国民精神总动员会，各同业公会、学校、机关每月集会，宣讲总动员纲领，宣读誓词。1939年5月1日，国民党决定正式开展全国国民精神总动员运动。当天在重庆召开有3000余人参加的总动员誓师大会。国民精神总动员运动强调“国家至上，民族至上”，“军事第一，胜利第一”，“意志集中，力量集中”。由于中国实行的是国民党一党统治的训政体制，这些动员全国力量投入抗战的口号，自然也起着用三民主义统一全国思想、全国服从国民党领导的宣传作用。

为了抗战征集兵员的需要，1939年2月，国民政府军政部设立兵役署，负责全国兵役工作的指导。